Dès 1876, des personnalités suisses, comme Gustave Moynier, soutiennent activement la politique du roi des Belges au C. (Belgique). En 1889, la Suisse conclut un traité d'amitié, d'établissement et de commerce avec l'Etat indépendant du C., alors sous souveraineté personnelle du roi des Belges. Pendant que des officiers, des administrateurs, des commerçants participent à la colonisation belge, des intellectuels, la plupart protestants et romands, prennent la défense des indigènes et fondent en 1908 la Société suisse de secours aux esclaves africains, présidée par René Claparède, qui multiplie les publications critiquant les colonisateurs. Dans l'entre-deux-guerres et après 1945, l'essor des échanges économiques et financiers confère une grande importance au C. belge dans les rapports de la Suisse avec l'outre-mer. De 1956 à 1965, une agence de l'Office suisse d'expansion commerciale favorise les relations avec l'Afrique australe. Ouvert en 1928, le consulat à Léopoldville (auj. Kinshasa) est transformé en consulat général en 1958, puis en ambassade en 1962. Des firmes suisses vendent des biens d'équipement, des produits chimiques, des textiles, des montres, ou effectuent des travaux de génie civil ou de transformation. Les achats suisses consistent en cuivre importé via la Belgique, zinc, aluminium, café et bois tropicaux. Après avoir décidé le 27 mai 1960 de reconnaître la République démocratique du C. (dont l'indépendance proclamée le 30 juin est marquée par des troubles), le Conseil fédéral organise l'évacuation de 94 Suisses et met à la disposition de l'ONU et d'autres organisations internationales des moyens financiers et humains; 78 Suisses apportent une assistance technique, médicale et administrative. Un accord bilatéral de 1980 prévoit une indemnisation très partielle pour les Suisses lésés dans les années 1960 et 1970. Dès 1960, une assistance technique (éducation, santé, bourses) est apportée en collaboration avec les Eglises protestantes. Négociés dès 1965, deux accords de commerce et de protection des investissements sont signés en 1972. Toutefois, l'évolution du pays, appelé Zaïre de 1971 à 1997, ne permet pas la réalisation des projets lancés à cette époque. Le nombre des Suisses recensés passe de 19 en 1902 à 97 en 1907, 170 en 1931, 415 en 1949, 1215 à fin 1959, 760 à fin 1962, 432 en 1986 et 160 en 2000. Le nombre des Zaïrois en Suisse passe de 85 en 1960 à 530 en 1985, 1660 en 1990 et 2815 en 2000. Leur intégration se heurte à la politique fédérale d'immigration: les requérants d'asile sont très rarement acceptés et les expulsions provoquent des polémiques, notamment en 1985 et 1988. Les flux financiers entre les deux Etats sont multilatéraux (Club de Paris, Banque africaine de développement) et bilatéraux (de 1980 à 1989, quatre accords de rééchelonnement de dettes pour 58 millions de francs). Le président Mobutu entretient personnellement des relations étroites avec la Suisse, même si son régime y est de plus en plus critiqué. Lors de la prise de pouvoir par Laurent-Désiré Kabila en 1997, le Conseil fédéral bloque, par mesure de prudence, les avoirs de Mobutu en Suisse (toujours gelés en 2006).