Indépendant de l'Espagne depuis 1821, rattaché à la République fédérale d'Amérique centrale de 1823 à 1840, le S. devint une république autonome en 1841. Déchiré par des luttes intestines pour le pouvoir, il fut régulièrement dirigé par des militaires à partir de 1931. La Constitution de 1983 a fait du pays une démocratie présidentielle centralisée.
Durant les premières décennies après l'indépendance, le S. ne présenta aucun intérêt pour le commerce et l'émigration suisses. Il fallut attendre l'essor de l'industrie du café dans les années 1870 pour qu'une petite colonie suisse s'établisse dans le pays. Un traité d'amitié, d'établissement et de commerce fut signé entre les deux Etats en 1883. Le Conseil fédéral nomma en 1913 le premier consul honoraire à San Salvador, la capitale. Le consulat fut transféré en 1920 à San Miguel, où quelques Suisses s'étaient installés comme planteurs de café. Rétabli dans la capitale en 1948, il fut ensuite élevé au rang de consulat général en 1959 et d'ambassade en 1968. La mission diplomatique fut impliquée à la fin des années 1970 dans la guerre civile qui opposa l'armée à la guérilla de gauche. L'assassinat du chargé d'affaires suisse à San Salvador, Hugo Wey, entraîna la fermeture de l'ambassade en 1979. La Suisse rouvrit une agence consulaire en 1982, transformée en consulat général honoraire en 1997.
Pour améliorer sa balance commerciale, le S. tenta dans les années 1920 et 1930 de frapper les importations en provenance de Suisse (chocolat, fromage, montres, broderies) par des surtaxes douanières, mais y renonça devant des menaces de réciprocité. Après l'expiration du premier traité de commerce en 1937, la valeur des exportations suisses continua d'augmenter, grâce notamment, après 1945, aux textiles, aux machines et aux produits chimiques. Un nouvel accord commercial fut signé en 1954 et des aides à la balance des paiements furent accordées en 1992 et 1994. Au début du XXIe s., le solde de la balance commerciale était favorable à la Suisse. Le café représente le principal article d'importation. Les relations bilatérales se sont améliorées avec la fin de la guerre civile (1992) et la Suisse a renforcé son engagement dans la politique de développement au S. En 1996, les deux Etats ont ratifié un accord concernant la promotion et la protection réciproque des investissements. En 2009, 506 Suisses (dont 457 doubles nationaux) vivaient au S. et 161 Salvadoriens en Suisse.