Im Aug. 1939, besonders nach Bekanntwerden des dt.-sowjet. Nichtangriffspakts vom 23.8., erschien der Krieg unabwendbar. Noch bevor am 1.9. die dt. Wehrmacht Polen überfiel, waren am 29.8. die Grenzbrigaden sowie Teile der Flieger- und Fliegerabwehrtruppen aufgeboten worden. Am 30.8. wählte die Bundesversammlung Henri Guisan zum Oberbefehlshaber und Jakob Labhart zum Chef des Generalstabes (Oberbefehl). Der Bundesrat erteilte den Befehl zur allg. Kriegsmobilmachung (Aktivdienst).
Am 3.9. erklärten die Westmächte Deutschland den Krieg. Da 6-7 franz. Divisionen an der schweiz. Westgrenze lagen, konnte der Generalstab eine alliierte Entlastungsoffensive durch die Schweiz in den beinahe truppenleeren Süden Deutschlands nicht ganz ausschliessen. Um die Grenzräume zu sichern, stellte die Schweizer Armee Deckungsdivisionen auf, die am Abend des 4.9. bereit standen. Nach der Niederlage Polens Anfang Oktober verlagerte die Wehrmacht ihre Verbände an die Westfront, wo Ende Oktober eine dt. Offensive gegen Frankreich erwartet wurde. Während des Winters 1939-40 kam es jedoch zu keinen grösseren Aktionen, was der Periode den Namen Drôle de Guerre eintrug.
General Guisan liess die gegen Deutschland gerichtete Limmatstellung zum Bezug vorbereiten und ausbauen. Grössere Truppenentlassungen erfolgten erst Ende November. Nach einem Konflikt zwischen Generalstabschef Jakob Labhart und General Guisan um die Aufstellung der Armee berief Guisan am 26.3.1940 Jakob Huber zum neuen Generalstabschef. Guisan liess mit Wissen des Chefs des Militärdepartements Bundesrat Rudolf Minger eine allfällige Zusammenarbeit mit der franz. Armee im Falle eines dt. Einmarsches vorbereiten. Das geschah unter rigoroser Geheimhaltung über Verbindungsoffiziere beider Länder. Nach der Besetzung Frankreichs durch Deutschland fanden die Deutschen die Akten der neutralitätspolitisch heiklen Absprachen in Dijon (nicht in La Charité-sur-Loire wie gemeinhin behauptet).
