Conquistata dall'Impero ottomano nel 1516, la Palestina rimase una provincia araba fino alla conclusione della prima guerra mondiale; dal 1920 venne posta sotto mandato della Gran Bretagna, potenza che si trovò a fronteggiare il nazionalismo arabo e il Sionismo. Nel novembre del 1947, l'Assemblea generale delle Nazioni Unite decise la suddivisione del Paese in uno Stato arabo e in uno Stato ebraico. Il 14.5.1948, i membri del Consiglio nazionale ebraico, presieduto da David Ben Gurion, proclamarono l'indipendenza di I.
In Svizzera ebbero luogo 16 dei 22 congressi sionisti (il primo si tenne nel 1897 a Basilea), ma il movimento sionista non godette del sostegno attivo né della maggioranza degli ebrei sviz. né delle autorità fed. prima della fine della seconda guerra mondiale. Chaim Weizmann (primo pres. del futuro Stato di I.) dal 1898 soggiornò a più riprese in Svizzera, e vi allacciò diversi contatti. Durante la prima metà del XX sec., alcune org. ebraiche attive sul piano intern. si stabilirono in Svizzera. I ricordi contrastanti dell'atteggiamento della Svizzera negli anni 1933-45 hanno tuttavia segnato le relazioni bilaterali: se da un lato la Svizzera è lodata come terra d'asilo, dall'altra è criticata per la politica molto restrittiva applicata dalle autorità fed. nei confronti degli ebrei. Preoccupato per il mantenimento di buone relazioni con i Paesi arabi del Vicino Oriente, il Consiglio fed. attese la decisione di altri Stati prima di riconoscere I. de facto il 28.1, de jure il 18.3.1949. In seguito vennero conclusi diversi accordi bilaterali riguardanti in particolare i servizi aerei (1951 e 1952), gli scambi commerciali (1956), la soppressione dell'obbligo del visto (1967), la sicurezza sociale (1984) e la doppia imposizione (2002).
L'esperienza dei kibbutz suscitò in Svizzera la simpatia degli ambienti socialisti e cooperativistici; centinaia di giovani vi soggiornarono negli anni 1960-70. Favoriti dal ruolo degli ebrei nella storia culturale, gli scambi artistici, scientifici e intellettuali fra i due Paesi trovarono concreta espressione nell'allestimento di esposizioni, in concerti e in pubblicazioni di autori come Friedrich Dürrenmatt. Fondato nel 1951, il villaggio sviz. per bambini di Kiriath Yearim è un simbolo della collaborazione interreligiosa. Nel 1967, durante la guerra dei Sei Giorni, una forte ondata di simpatia per I. si manifestò fra gli Svizzeri, portati dalla propria esperienza storica a identificarsi con la lotta di un piccolo Stato circondato da nemici. Questo atteggiamento si ripropose negli anni 1969-71, in occasione di un episodio di spionaggio militare a favore di I. (Alfred Frauenknecht), e durante la guerra del Kippur (1973). L'influenza nel parlamento fed. dell'Ass. Svizzera-I., fondata nel 1957, consentì al suo pres. Pierre Aubert di ottenere nel 1975 una riduzione dei sussidi previsti dal Consiglio fed. in favore dell'UNESCO per protestare contro le critiche mosse allo Stato ebraico da parte di questa org.
Questo atteggiamento di simpatia per I. si attenuò dopo l'invasione del Libano (1982), la prima Intifada (1987) e soprattutto con la seconda Intifada (2000). Le relazioni diplomatiche erano già state turbate dalla dichiarazione di Gerusalemme quale capitale di I. (1950) e dagli incontri avvenuti fra rappresentanti del DFAE e dei Palestinesi in particolare dal 1975. Un caso di spionaggio emerso nel 1998, quando alcuni agenti del servizio segreto israeliano (Mossad) furono sorpresi a installare dispositivi di intercettazione in uno stabile, ha pure generato una certa tensione. A più riprese il Consiglio fed. ha affermato il diritto di I. all'esistenza e alla propria sicurezza entro confini internazionalmente riconosciuti, ma anche il diritto del popolo palestinese a determinare il proprio futuro. Il Consiglio fed. insiste inoltre sul rispetto delle convenzioni di Ginevra, ritenendo in particolare che gli insediamenti israeliani nei territori occupati violino la quarta convenzione (protezione della pop. civile in caso di guerra), e sostiene il processo di pace avviato a Madrid nel 1991, al quale partecipa fornendo il proprio contributo in diversi ambiti multilaterali, in particolare nel quadro della missione intern. di osservazione a Hebron, istituita nel 1997. Fra il 2002 e il 2005 ha deciso di ridurre la cooperazione militare con I., importante negli anni 1970-90. Il 12.10.2003 alcune personalità della società civile israeliana e palestinese hanno elaborato, con il sostegno di negoziatori sviz., un documento noto con il nome di Iniziativa di Ginevra, che propone una soluzione particolareggiata a tutte le questioni del conflitto fra israeliani e palestinesi. Il DFAE ha sostenuto questo progetto nell'ambito dei suoi programmi di promozione civile della pace e ha organizzato la pubblica sottoscrizione del documento l'1.12.2003 a Ginevra, nonostante le riserve del governo israeliano e delle autorità palestinesi. Nel 2005, sotto l'egida della Svizzera, è stato firmato a Ginevra un accordo fra la Stella di Davide Rossa e la Mezzaluna Rossa palestinese, al fine di risolvere il problema del riconoscimento di un emblema aggiuntivo in seno al movimento della Croce Rossa.
Con lo sviluppo degli scambi commerciali e finanziari a partire dagli anni 1930-40, I. è divenuto uno dei partner economici più importanti della Svizzera. Negli anni 1980-90, le esportazioni verso I. (macchinari, orologi, prodotti chimici, apparecchi elettronici) costituivano l'1,2-1,8% del totale delle esportazioni sviz. Dal 1993 le relazioni commerciali avvengono nell'ambito del trattato di libero scambio fra I. e l'AELS. Nel 2003, l'1,6% delle esportazioni di I. (metalli preziosi, gioielli, prodotti farmaceutici) era destinato alla Svizzera, che a sua volta forniva il 6,2% delle importazioni israeliane. La Svizzera era allora il terzo partner commerciale di I. dopo l'Unione Europea e gli Stati Uniti. Nel 1991 gli averi e gli impegni in I. iscritti a bilancio delle banche stabilite in Svizzera ammontavano a 744 e 1884 milioni di frs., mentre gli averi e gli impegni a titolo fiduciario raggiungevano 13 e 2256 milioni. Nel 2000, questi importi ammontavano a 1405 e 5715, risp. 587 e 5208 milioni.
Un consolato venne aperto a Giaffa nel 1927, trasferito a Gerusalemme nel 1942 e chiuso nel 1952. Aperto nel 1949, il consolato di Tel Aviv fu trasformato in legazione nel 1951 e in ambasciata nel 1958. Il numero di Svizzeri residenti in I. era di 70 nel 1930, oltre 240 nel 1939, 470 nel 1953, oltre 2000 nel 1975, ca. 4000 nel 1986 e 11'570 (di cui 9151 con la doppia cittadinanza) nel 2005. I. è il Paese asiatico con il maggior numero di cittadini sviz. Nel 2005 i cittadini israeliani in Svizzera erano 1121.