Politische Gemeinde des Kantons Basel-Landschaft, Bezirk Arlesheim. Ehemaliges Bachzeilendorf auf der Terrasse eines östlichen Ausläufers der Blauenkette am Weg über den einst wichtigen Plattenpass. 1156 Fefingen. 1771 47 Häuser; 1820 250 Einwohner; 1850 270; 1900 347; 1950 429; 2000 2027.
Zahlreiche paläolithische, neolithische und bronzezeitliche Funde sowie Reste von Schnurkeramik in der Schalberghöhle deuten auf eine frühe Besiedlung des Gebiets um Pfeffingen, vor allem im Gebiet der Chlus, hin. Im Mittelalter entstanden um Pfeffingen verschiedene Burgen, um die Mitte des 13. Jahrhunderts die von den Schalern als Eigengut erbaute Burg Schalberg, die vermutlich ebenfalls von den Schalern im 13. Jahrhundert erbaute Burg Engenstein, die um die Mitte des 13. Jahrhunderts von den Münch erbaute Burg Münchsberg und die Burg Pfeffingen. Das mehrmals verwüstete Dorf gehörte zur Herrschaft Pfeffingen, die um 1000 als Schenkung Heinrichs II. zum Basler Domstift kam und Mitte des 12. Jahrhunderts als bischöfliches Lehen an die Grafen von Thierstein-Pfeffingen ging. Nach deren Aussterben 1519 fielen Herrschaft und Burg Pfeffingen 1522 an den Bischof von Basel. Fortan verwaltete dort ein Landvogt die Herrschaft Pfeffingen, zu der die Dörfer Pfeffingen, Aesch, Duggingen und Grellingen sowie das Blutgericht in Therwil und die hohe Gerichtsbarkeit in Pfeffingen und Reinach gehörten. Der Pfeffinger Vogt hatte das Salzmonopol in der Vogtei inne. Die Bedeutung des Dorfs sank, als der Landvogteisitz wegen der Baufälligkeit des Schlosses 1702 nach Aesch verlegt wurde.
Pfeffingen bildete das kirchliche Zentrum des Birsecks mit Kollatur beim Basler Bischof; seiner Pfarrkirche waren Aesch (bis 1803), Duggingen und Grellingen (bis 1841/1842), Himmelried, Nenzlingen sowie Reinach (bis 1511) unterstellt. Die 1322 erwähnte Kirche mit Martinspatrozinium geht auf Vorgängerbauten aus dem 7.-8. Jahrhundert und dem 12. Jahrhundert zurück. Der bestehende Bau wurde vor 1343 begonnen, im 17. Jahrhundert umgebaut, 1949-1954 restauriert. Obwohl Pfeffingen kein Burgrecht mit Basel einging, nahm es um 1527 den reformierten Glauben an und wurde 1588 nach einem missglückten Versuch von 1582 vom Bischof rekatholisiert.
Nach dem Ende der fürstbischöflichen Herrschaft 1792 und dem Zusammenbruch der kurzlebigen Raurachischen Republik kam Pfeffingen zu Frankreich, gehörte 1793-1800 zum Departement Mont Terrible, 1800-1815 zum Departement Haut Rhin. 1815 wurde die Herrschaft Pfeffingen geteilt: Aesch und Pfeffingen kamen zum Kanton Basel, bei der Kantonsteilung 1832 zum Kanton Basel-Landschaft; Duggingen und Grellingen kamen zum Kanton Bern (seit 1994 Kanton Basel-Landschaft). Im 20. Jahrhundert wurden infrastrukturelle Aufgaben vor allem im Verbund mit Aesch gelöst: 1919 Kreissekundarschule Aesch-Pfeffingen, 1967 Alters- und Pflegeheim Aesch-Pfeffingen, 1978 regionale Wasserversorgung Aesch-Dornach-Pfeffingen, 1986 Busverbindung mit Aesch und Dornach. Lange war Pfeffingen ein Bauern- und Weinbauerndorf. 1964 schloss die Milchgenossenschaft Pfeffingen; zu den wenigen Bauernbetrieben am Ende des 20. Jahrhunderts gehören die ehemaligen Versuchs- und Musterbetriebe der Basler chemischen Industrie. Seit 1960 erlebt Pfeffingen vor allem aufgrund der Lage am Blauenhang und guter Verkehrsverbindungen ein starkes Bevölkerungswachstum und eine rege Bautätigkeit (1964 Ortsplanung Quartier Bergmattweg), wofür ehemaliges Rebland erschlossen wurde.