25.9.1825 Glarus, 1.3.1879 Glarus, reformiert, von Glarus. Sohn des Cosmus (->). 1850 Anna Katharina Iselin, Tochter des Johann Rudolf, Hauptmanns. Gymnasium in Zürich, Rechtsstudium in Zürich, Heidelberg und Berlin, 1846 Dr. iur. Als Gegner der militärischen Auflösung des Sonderbunds nahm Joachim Heer auf eidgenössischer Seite nur mit schweren Bedenken am Sonderbundskrieg teil. In Glarus stieg er über das Zivilgericht (1848), die Standeskommission (1851-1857) und das Amt des Landesstatthalters (1852-1857) zum Landammann (1857-1875) empor. In seiner Amtszeit entstanden das Glarner Fabrikgesetz von 1864 und das Steuergesetz von 1867. 1857 in den Nationalrat gewählt (Präsident 1863, 1869-1870), vertrat Heer die liberale Mitte und wirkte in zahlreichen Kommissionen als Vermittler und "Brückenbauer" (Jakob Dubs) zu radikalen und katholischen Kreisen, so ab 1865 in den Kommissionen für die Verfassungsrevision von 1874, als eidgenössischer Kommissär im Zürcher Tonhallekrawall (1871) oder während des Kulturkampfs in der Jurafrage (1875). 1867 und 1868 war Heer in Berlin als ausserordentlicher Gesandter beim Norddeutschen Bund.
Nachdem er bei Bundesratswahlen ab 1863 wiederholt Stimmen erhalten hatte, wurde Heer 1875 zum Bundesrat und zugleich zum Vizepräsidenten gewählt. Er stand 1876 dem Post- und Telegraphendepartement, als Bundespräsident 1877 dem Politischen Departement, 1878 dem Eisenbahn- und Handelsdepartement vor. In seine Ressorts fielen die Vorbereitung eines neuen Posttaxengesetzes und die Ausführung des Fabrikgesetzes von 1877. Seine herausragendste Leistung war indes die Lösung der Gotthardkrise in Konferenzen der Subventionsstaaten (Luzern, Juni 1877), der Kantone und der Bahngesellschaft, deren Ergebnis Heer in der Botschaft zur Nachsubvention von 1878 präsentierte. Gesundheitliche Gründe zwangen ihn Ende 1878 zum Rücktritt. Joachim Heer gehörte in Bern zum einflussreichen Kreis der sogenannten Bundesbarone. Von auf Ausgleich bedachtem Naturell, sah er sich auch als Historiker und lebte dem politischen Idealbild des dienenden republikanischen Staatsmannes nach.