Die im Schwarzwald gelegene Benediktinerabtei St. Blasien führt ihren Ursprung auf die von Sigemar gegründete und 858/859 erwähnte cella Alba zurück. Sie ging in den Besitz des Klosters Rheinau über und erhielt von diesem Ende 9. Jahrhundert Blasiusreliquien. Durch den später als fundator verehrten Einsiedler Mönch Reginbert wurde die cella nach Mitte des 10. Jahrhunderts neu belebt. Zwischen 1049 und 1065 löste sich St. Blasien aus der Abhängigkeit von Rheinau und erhielt 1065 ein Immunitätsprivileg König Heinrichs IV. In der klösterlichen Überlieferung galt Abt Beringer als erster und der 1064 erwähnte Abt Werner (✝︎1068) als zweiter Abt des Klosters. St. Blasien hatte in dieser Zeit enge Beziehungen zu Rudolf von Schwaben und zum Bistum Basel, dessen Bischöfe vermutlich Herzog Rudolf von Schwaben als Vögte gefolgt sind. Um 1072 schloss sich St. Blasien der Reformrichtung des Klosters Fruttuaria (Piemont) an. Die Vogtei über St. Blasien ging 1125 an die Zähringer und nach 1250 an die Habsburger über. Von der Ausstrahlung des Klosters zwischen dem 11. und 13. Jahrhundert zeugt die Gründung der Priorate und Frauenklöster Bürglen, Weitenau, Berau, Gutnau, Sitzenkirch (alle Südschwarzwald), Ochsenhausen (Oberschwaben) und Wislikofen (Aargau); kurze Zeit waren auch das Aargauer Kloster Muri (1082-1085/1086) und das Emmentaler Kloster Trub (um 1125-1128/1130) Priorate von St. Blasien. Eine Gebetsverbrüderung mit der Abtei Saint-Victor in Marseille wurde 1083 abgeschlossen. Ihr folgten zahlreiche weitere Verträge. St. Blasien hat die Klöster Alpirsbach (Kinzigtal, Mittlerer Schwarzwald), Wiblingen (südlich von Ulm), Erlach (St. Johannsen), Stein am Rhein, Ensdorf (Oberpfalz), Ettenheimmünster (Ortenau), St. Walburg (Elsass), Sulzburg (Südschwarzwald) und Fultenbach (bei Augsburg) besiedelt. Göttweig (Niederösterreich) berief 1094 den Prior Hartmann aus St. Blasien und schloss sich damit dessen Reform an. Zwischen 1143 und 1147 wurde der Sanktblasianer Mönch Frowin als Abt ans Kloster Engelberg berufen, das sich unter ihm dank des einzigartigen Skriptoriums zu einem Zentrum der Klosterreform entwickelte.
Der Konvent war in der Frühzeit ein Doppelkloster. Der Nonnenkonvent wurde Anfang des 12. Jahrhunderts nach Berau verlegt. Er beeinflusste das Kloster Fahr und die Klöster Sulzburg und Sitzenkirch. Nach der Reformzeit konzentrierte sich St. Blasien auf den Ausbau seiner Grundherrschaft. Diese war im 14. Jahrhundert in 13 Ämtern organisiert, wovon drei, die Propsteien Basel, Klingnau und Zürich, im Gebiet der heutigen Schweiz lagen. Durch die Reformation verlor St. Blasien Besitz in Württemberg, der Markgrafschaft Baden-Durlach und im Kanton Zürich. Die 1613 erworbene reichslehenbare Herrschaft Bonndorf wurde 1699 mit den Ämtern Blumegg, Gutenburg und Bettmaringen zur Grafschaft Bonndorf zusammengefasst, die die Grundlage für die Erhebung in den Reichsfürstenstand 1746 bildete, während das Kloster mit seinem übrigen Besitz vorderösterreichischer Landstand blieb. Dabei nahm der Abt ab 1666 das Präsidium der Prälatenbank der Breisgauer Landstände ein. Die letzte Blütezeit des Klosters fiel ins 18. Jahrhundert. Unter Fürstabt Martin Gerbert (1764-1793) entstand der grossangelegte Plan einer Germania Sacra. Nach dem Brand von 1768, der Bibliothek und Archiv beschädigt hatte, wurde das Kloster im klassizistischen Stil wieder aufgebaut und im Dom Gräber für die frühen Habsburger eingerichtet. Deren Gebeine holte man aus dem Basler Münster (Königin Anna, erste Gemahlin von Rudolf I.) und Königsfelden. 1803 fiel das Kloster an den Herzog von Modena und 1806 an das Grossherzogtum Baden. Nach der Säkularisation 1807 übertrug Kaiser Franz I. dem Konvent zuerst das Chorherrenstift Spital am Pyhrn ob der Enns (Oberösterreich) und 1809 das Kloster St. Paul im Lavanttal (Kärnten). Dort bestand er noch am Anfang des 21. Jahrhunderts fort. 1809 errichtete der Zürcher Johann Georg Bodmer im ehemaligen Kloster St. Blasien eine Textilmaschinenfabrik, der sich unter anderem 1811 eine Spinnerei anschloss. Seit 1934 befindet sich in den Klostergebäuden ein Jesuitenkolleg.