Das auf einer Länge von 180 km an die Schweiz angrenzende französische Departement Doubs, das 1790 aus der Teilung der Provinz Franche-Comté (Freigrafschaft Burgund) hervorgegangen war, unterhielt stets enge Beziehungen zu seinem Nachbarland. Mit der Gründung der Arbeitsgemeinschaft Jura, zu der die Region Franche-Comté sowie die Kantone Bern, Waadt, Neuenburg und Jura gehören, gewannen diese Beziehungen 1985 einen offiziellen Charakter.
Die Französische Revolution führte nicht zum Unterbruch der Wanderungsbewegungen. Von den Einwohnern von Besançon aufgefordert, gründete der in Le Locle ansässige Genfer Uhrmacher Laurent Mégevand dort 1793 eine Uhrenfabrik. Neben wirtschaftlichen Interessen stand dahinter die Absicht, die dortige jakobinische Partei zu stärken. 1850 Migranten, darunter 300 bis 400 aus Le Locle, zogen zur Unterstützung des Unternehmers nach Besançon; sie vermochten sich allerdings nicht zu integrieren und kehrten deshalb zum Teil in ihre Heimat zurück. Das Unternehmen endete schliesslich mit einem finanziellen Fiasko; als Mégevand 1814 starb, war er ruiniert. Dennoch überlebte das Uhrmachergewerbe in Besançon. Die Zahl der Schweizer Arbeitskräfte in Besançon blieb hoch: Über 1850 stellten diese 8,6% der Bevölkerung (1851 41'295 Einwohner insgesamt). Nun gelang auch – nicht zuletzt infolge der Einrichtung einer reformierten Kirchgemeinde 1845 – ihre Integration. Um 1880 erreichte die Uhrenindustrie der Franche-Comté ihren Höhepunkt; sie beschäftigte das gesamte Departement und exportierte grosse Mengen von Einzelteilen in die Schweiz.
1891 zählte das Departement 309'017 Einwohner einschliesslich der 14'545 Ausländer, darunter 9461 Schweizer. Seit 1945 hat sich ein beträchtlicher Pendelverkehr entwickelt; 2000 betrug die Zahl der französischen Grenzarbeiter 9307. Diese wohnen in Frankreich, wo die Lebenskosten niedriger sind, und arbeiten in der Schweiz für einen vergleichsweise hohen Lohn. In Krisenzeiten allerdings werden die Grenzarbeiter jeweils vor den Einheimischen entlassen.
Auch in der Käseproduktion hat die Zusammenarbeit eine lange Tradition. 1827-1833 zogen zum Beispiel infolge wirtschaftlicher Schwierigkeiten 108 vorwiegend aus dem Greyerzerland stammende Käser in die Region Haut-Doubs. Bis zum Zweiten Weltkrieg zog das Departement Doubs den Hauptnutzen aus diesem Austausch. Allerdings lagen auch die Weiden, die von Schweizern und den Bewohnern des Departements gemeinsam bewirtschaftet wurden, stets in seinem Gebiet.
Zahlreiche Strassen verbinden das Departement Doubs mit der Schweiz. Im Zeitalter der Eisenbahn wurden nicht weniger als fünf grenzüberschreitende Linien eröffnet: 1860 die Linie Pontarlier-Neuenburg durch das Val-de-Travers, 1875 die Strecke Pontarlier-Vallorbe über den Jougne-Pass, die 1915 durch die Verbindung Frasne-Vallorbe durch den Mont-d'Or-Tunnel ersetzt wurde, 1884 die Linie Besançon-Le Locle über Morteau sowie 1872 die Strecke Montbéliard-Pruntrut über Dasle und Delle. Heute bestehen nur noch zwischen Pontarlier und Neuenburg, Besançon und Le Locle sowie Frasne und Lausanne Zugverbindungen.
An der gemeinsamen Grenze ereigneten sich manchmal Zwischenfälle. Einen solchen aus dem März 1831 überliefert ein Bericht des Unterpräfekten von Pontarlier: Guillaume-Henri Dufour, der spätere General, hatte als Generalstabschef den Auftrag, die Verteidigung der Schweiz zu organisieren. Um Pläne anzufertigten, verbrachte er drei Stunden in der Klus von Jougne, worauf Frankreich die Grenze überwachen liess. Rund zwanzig Jahre später ordneten die französischen Behörden wiederum strenge Grenzkontrollen an, diesmal wegen der republikanischen Flüchtlinge, denen die Schweiz Gastfreundschaft gewährt hatte. Schwerwiegendere Probleme stellten sich der Schweiz im Januar 1871, als die von den Preussen bei Pontarlier eingekreiste Bourbakiarmee um Asyl ersuchte. Am 1. Februar wurde der Vertrag mit dem Schweizer General Hans Herzog über die Aufnahme der Ostarmee geschlossen. Eine ähnliche Konstellation ergab sich im Juni 1940, als französisch-polnische Truppeneinheiten bei Goumois (französische Gemeinde und ehemalige schweizerische Gemeinde) und Les Verrières (Grenzdorf bestehend aus einer französischen und einer schweizerischen Gemeinde) in der Schweiz Zuflucht suchten.