Der Begriff Alchemie umfasste im Mittelalter und in der frühen Neuzeit einen vielgestaltigen Denk- und Erfahrungsbereich, der spekulative Naturerkenntnis und experimentelles Ergründen der natürlichen Stoffe verband. Ziel der Alchemie war die Veränderung und Veredelung der Materie mittels eines universellen Wirkstoffs (Elixier, Stein der Weisen), der kranke Körper gesund und unvollkommene Metalle vollkommen machen könnte.
Im Gegensatz zu den benachbarten Ländern scheint die Alchemie auf dem Gebiet der heutigen Schweiz bis zum Ende des 15. Jahrhunderts kaum Anhänger gehabt zu haben. Selbst die wichtigen Alchemie-Handschriften des Mittelalters in schweizerischen Bibliotheken sind meist ausländischer Provenienz und kamen erst später in die heutigen Sammlungen. Die erste systematische Sammlung von Alchemie-Manuskripten, zu deren ersten Benützern auch Paracelsus gehörte, legte Bartholomäus Schobinger (1500-1585) in St. Gallen an. Das wohl erste auf helvetischem Boden (Freiburg) redigierte alchemische Buch, das einflussreiche "Coelum Philosophorum" des Philip Ulstadt (1525-1535 fünf Ausgaben) fand in der Schweiz keinen Verleger. Bald darauf aber wurden die wichtigsten alchemischen Texte oft erstmals in der Schweiz und in immer umfassenderen Sammelausgaben bis ins 18. Jahrhundert gedruckt. Den Anfang machte 1545 Samuel Apiarius in Bern mit der "Alchemia" des Pseudo-Geber und sechs weiteren Klassikern der Alchemie. Ihm folgte Guglielmo Grataroli mit seiner 53 Titel umfassenden Sammlung "Verae Alchemiae Artisque Metallicae vera doctrina", die 1561 bei Pietro Perna in Basel erschien. 1572 druckte Perna vier weitere Sammlungen mit insgesamt 88 Klassikern der arabischen und lateinischen Alchemie, darunter die "Auriferae Artis, quam Chemiam vocant, antiquissimi Authores", die 1613 auch auf Deutsch veröffentlicht wurde. Auf den Druck von pseudoepigrafischen Schriften eines erfundenen Lehrers des Paracelsus, Salomon Trismosinus, hatte sich inzwischen ein ungenannter Verleger in Rorschach ("Aureum Vellus oder Guldin Schatz", 1598-1604) spezialisiert. Ab 1628 wurde Genf dank der Verlegerfamilie de Tournes zum wichtigen Nachdruckzentrum alchemischer Publikationen, die erst 1702 mit der bis heute unerreichten "Bibliotheca chemica curiosa" des Genfers Jean-Jacques Manget (141 Titel in zwei Foliobänden) ihren Abschluss fanden.
Durch die schroffe Absage des Paracelsus (1493-1541) an die Alchemie als "Goldmacherkunst" geriet die Alchemia transmutatoria allmählich in den Hintergrund zugunsten der Alchemia medica (Chemiatrie oder Iatrochemie) und anderer praktisch-technologischer Anwendungen. Während sich aber Konrad Gessner (1516-1565) und Kaspar Wolf (1532-1601) in Zürich, Renward Cysat (1545-1614) in Luzern und Angelus Sala (1576-1637) in Winterthur auf die Letzteren beschränkten und die Tradition der "Destillierbücher" fortsetzten, entwickelte sich aus der kosmosophischen Gedankenwelt des Paracelsus eine Philosophia chymica, die Naturwissen und Religion zu einem Ganzen verschmolz und sogar den biblischen Schöpfungsbericht als alchemistischen Prozess auffasste. Darum forderte der Thurgauer Thomas Erastus in seinen "Disputationes de medicina nova Th. Paracelsi" (Basel 1571-1573) die Todesstrafe für die Paracelsisten. Als Stadt des Paracelsan revival galt Basel zwischen 1560 und 1600 als obligater Treffpunkt der gelehrten Alchemiekenner aus ganz Europa. Natürlich befanden sich unter diesen auch schillernde Gestalten wie etwa der in Berlin wohnhafte Basler Leonhard Thurneysen oder auch jener rätselhafte Alchemist aus Schottland, Alexander Seton alias William Alexander, dem es 1603 in Basel offenbar gleich zweimal gelungen war, Blei in Gold zu verwandeln. Durch diese brillant durchgeführte Transmutation wurde Raphael Eglin angespornt, mit einigen Gleichgesinnten das in Zürich seit einem Jahrzehnt bestehende Verbot der Alchemie öffentlich zu unterlaufen. Auf sie berief sich auch Bartholomäus Schobinger der Jüngere, als er 1607 ein bevorstehendes Alchemie-Verbot in St. Gallen zu verhindern suchte. In Genf wurde die Alchemie 1590 auf Betreiben von Theodor Beza verboten, und von 1597 datiert der erste von mehreren Abschieden der eidgenössischen Tagsatzung, wonach "die Alchymisten und Goldmacher überall fortgewissen und auf Betreten bestraft werden" sollten. In St. Gallen wurde 1603 David Zollikofer hingerichtet, da er 200 falsche Dukaten als "alchemisches Gold" in Umlauf gebracht hatte. Mit einer Strafe von 100 Gulden kam 1600 ein Barbier von Schaffhausen glimpflich davon, "der durch Alchymei sich unterstanden Gold zu machen", während die Obrigkeiten in Zug und Beromünster "alle Distillieröffen und Instrumenta zerschmettern" liessen. Sogar in Basel hatte der Rat 1592 der Schlossherrin von Pratteln bei hoher Geldstrafe geboten, die im Weiherschloss errichteten Öfen abzubrechen und keinem Alchemisten mehr Unterschlupf zu gewähren.
Mit dem Einzug der protestantischen Hochorthodoxie nahm die Begeisterung für die Alchemie in der Schweiz drastisch ab, ganz im Gegensatz etwa zu Deutschland. 1625 bezeichnete Heinrich Schobinger den aus Rheinfelden stammenden Johann Friedrich Eggs als den einzigen noch praktizierenden Alchemiker in Basel. Dafür spielte ein Jahrhundert später die Alchimia mystica eines Jacob Böhme in der Theosophie und in der religiösen Freimaurerei in der Schweiz eine immer grössere Rolle. Zur gleichen Zeit hatte sich aber die Chemie endgültig von der Alchemie abgekoppelt, und so konnte die Alchemie mit all ihren Visionen, Allegorien, Decknamen und magischen Vorstellungen angesichts des Rationalismus der Aufklärung nicht länger bestehen: Sie wurde bald zu einem Kapitel aus der "Geschichte der menschlichen Narrheit" abgewertet. Es bedurfte einer gewaltigen Forschungsarbeit, um die unbestreitbaren Verdienste der Alchemie auf technologischem, philosophischem, soziokulturellem, religiösem, kunsthistorischem und sprachgeschichtlichem Gebiet wieder sichtbar zu machen.