Die Klimatologie befasst sich mit der Erforschung des Klimas, insbesondere mit klimatischen Veränderungen und deren Ursachen sowie dem Klimasystem. Dazu werden Daten aus der Meteorologie benutzt. Die Klimageschichte hat sich im letzten Viertel des 20. Jahrhunderts als Spezialdisziplin etabliert. In der Schweiz wird sie vor allem von Christian Pfister betrieben.
Ab dem 16. Jahrhundert begannen sich einzelne Forscher intensiv mit dem Klima auseinanderzusetzen. In Zürich machte Propst Johannes Haller 1547-1575 täglich Notizen zu den Witterungsverhältnissen. 1708 begann Johann Jakob Scheuchzer in Zürich mit Messungen von Temperatur, Niederschlag und Luftdruck. Ihm folgte 1755-1803 Johann Jakob d'Annone in Basel. Ab 1760 bzw. 1778 liegen kontinuierliche Messungen von Temperatur, Niederschlag und Luftdruck aus Genf vor. Mit Hilfe des Genfer Observatoriums begannen die Mönche auf dem Grossen St. Bernhard 1817 mit Messungen.
Die Ökonomische Gesellschaft Bern richtete 1760 ein erstes Netz von zehn Messstationen ein. Im internationalen Messnetz der vom Pfälzer Kurfürsten Karl Theodor gegründeten Societas Meteorologica Palatina, das von 1781 bis zum Einmarsch französischer Truppen 1793 bestand, waren das Observatorium Genf und die Station der Mönche auf dem Gotthard Hospiz eingeschlossen. 1863 errichtete die Schweizerische Naturforschende Gesellschaft ein erstes landesweites Beobachtungsnetz. Es wurde 1881 von der 1880 gegründeten Schweizerischen Meteorologischen Zentralanstalt (bis 1996 Schweizerische Meteorologische Anstalt SMA, seither MeteoSchweiz) in Zürich übernommen. Gemäss internationaler Vereinbarungen werden seither morgens, mittags und abends Augenbeobachtungen und Instrumentenablesungen protokolliert. Rund 350 Niederschlagsmessstationen sowie 20-30 Aerostationen entlang von Sichtflugrouten ergänzten im 20. Jahrhundert dieses Netz von 80-120 Stationen. Im Verlauf des Zweiten Weltkriegs nahm in Payerne eine Radiosondierstation mit täglichen Ballonaufstiegen ihren Betrieb auf. Der Flugwetterdienst Zürich-Kloten empfing 1956 die ersten Wetterradarbilder. Mit dem Aufbau eines automatischen Messnetzes (des sogenannten Anetz) an rund 70 Orten wurde seit 1978 der grösste Teil des alten Klimanetzes abgelöst. Diese automatischen Stationen ermöglichen es, statt der angenäherten Tagesmittelwerte ohne Nachtdaten die wirklichen 24-Stundenmittel zu berechnen. Ab 1950 entstanden ergänzende Messnetze zur Bio- und Umweltmeteorologie (Phänologie, Pollen- und Sporenflug, Allergiebelastung). Ein automatisches Ergänzungsnetz (Enet) mit zusätzlichen Wind-, Temperatur- und Schneedaten wird seit 1991 vom Eidgenössischen Institut für Schnee- und Lawinenforschung in Davos betreut.
Die klimatologischen Beobachtungen werden seit 1864 jährlich in den «Annalen der Schweizerischen Meteorologischen Anstalt» publiziert. Als Ergänzung der Jahrbücher der SMA erschienen 1959-1988 total 30 Beihefte mit Normwerten für die üblichen Klimaperioden 1901-1930, 1931-1960 bzw. 1901-1960. Zum letzten Abschnitt 1961-1990 gab die SMA vier Bände heraus. Wesentliche Beiträge zur Klimatologie der Schweiz stammen von den meteorologischen bzw. geografischen Instituten von Basel (Max Bider, Walter Schüepp, Charlotte Urfer), Bern (Eduard Brückner, Rudolf Wolf, Heinrich Wild), Locarno-Monti (Flavio Ambrosetti, Eleno Zenone), Zürich (Gian Gensler, Walter Kirchhofer, Fritz Mäder, Bernard Primault, Max Schüepp, Heinrich Uttinger) sowie, was die Westschweiz betrifft, von Max Bouët. Die moderne Klimatologie befasst sich insbesondere mit anthropogenen Einflüssen wie Luftverschmutzung und Treibhauseffekt (Erwärmung) und der Entwicklung des Risikoklimas (Umwelt). Mittels des sogenannten Risk-Managements wird versucht, die Folgen von Anomalien und Naturkatastrophen auf ein tragbares Mass zu beschränken.