Unter der Zoologie als Teilgebiet der Biologie wird die Wissenschaft von den tierischen Lebewesen verstanden. Zur klassischen Zoologie gehören die Paläozoologie, Zoogeografie, Anatomie, Funktionsmorphologie, Physiologie, Embryologie, Ethologie, Stammesgeschichte und spezielle Zoologie, die sich mit der Entstehung der Artenvielfalt, deren ökologische Einfügung und der Systematik befasst. Bis in die 1970er Jahre hinein bestanden an allen Universitäten und an der ETH Zürich zoologische Institute. Nach 1970 setzte eine Umgruppierung von Teildisziplinen wie der Genetik, Molekularbiologie, Proteonics und Systembiologie ein, die sich mit fächerübergreifenden Themen beschäftigen, sowie deren Integration in instituts- oder gar hochschulübergreifende Kompetenzzentren. Ältestes und bekanntestes dieser Zentren ist das 1971 gegründete Biozentrum der Universität Basel.
Als Begründer der Zoologie in der Schweiz korrespondierte der Zürcher Universalgelehrte Konrad Gessner mit den bedeutendsten Gelehrten seiner Zeit, vor allem mit Guillaume Rondelet in Montpellier, Pierre Belon in Paris und William Turner in London, die ihn mit Informationen und Belegmaterial von Tieren aus den neu entdeckten Kontinenten und aus Afrika versorgten. Gessner schuf mit der vierbändigen "Historia animalium" (1551-1558) ein tierkundliches Referenzwerk, das bis ins späte 17. Jahrhundert hinein Geltung hatte. Seine Angaben über Verbreitung, lokales Auftreten und Lebensraum europäischer Tierarten erweisen sich als zuverlässige Eichdaten für faunistische und umweltrelevante Veränderungen in den letzten 500 Jahren. Im 18. Jahrhundert waren vor allem Albrecht von Hallers physiologische Arbeiten sowie Charles Bonnets Entdeckung der Parthenogenese bei Blattläusen und seine Studien zur Regenerationsfähigkeit der Würmer bedeutsam. Ebenso profilierte sich Abraham Trembley als Pionier der experimentellen Entwicklungszoologie. Er führte am Süsswasserpolypen Transplantationsexperimente durch. Louis Agassiz wandte sich im Verlauf seiner Forschertätigkeit der Rezentzoologie zu und führte 1848 die Zoologie als Fachgebiet an der Harvard University in Cambridge (Massachusetts) ein. Das von ihm dort gegründete Museum of Comparative Zoology wurde unter dem Namen Agassiz-Museum weltbekannt. Einer seiner Mitarbeiter war Carl Vogt, ab 1852 Professor an der Akademie bzw. Universität Genf. Vogt förderte die Ichthyologie (Fischkunde) und wurde mit seinen Schriften und Vorträgen ein Wegbereiter der Evolutionslehre. Für die europaweite Verbreitung zoologischer Kenntnisse sorgten unter anderen Heinrich Rudolf Schinz mit seiner illustrierten "Naturgeschichte und Abbildungen der Menschen und der Säugethiere [...]" (1827, zweite Auflage 1840) und Friedrich von Tschudi mit seinem populären "Thierleben der Alpenwelt" (1853). Wichtige Beiträge zur Embryologie und vergleichenden Anatomie leistete in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts Lorenz Oken. Mit ihren anatomischen, histologischen und embryologischen Forschungen traten im 19. Jahrhundert Albert Kölliker und Wilhelm His hervor. Einer der produktivsten Forscher war der ab 1875 am Eidgenössischen Polytechnikum Zürich wirkende Conrad Keller. Er erforschte Evolutionsphänomene wie die Mimikry und widmete sich der Meeresbiologie. Den grössten Erfolg hatte er mit seinen Arbeiten zur Haustierentstehung aus Wildtieren (Domestikation). Pionierleistungen auf dem Gebiet der experimentellen Vererbungslehre erbrachten gegen Ende des 19. Jahrhunderts Arnold Lang und Max Standfuss, auf demjenigen der Entwicklungsbiologie, vor allem von Amphibien, im 20. Jahrhundert Fritz Baltzer und sein Schüler Ernst Hadorn. Nachdem Hadorn an das Zoologische Institut der Universität Zürich berufen worden war, machte er dieses zu einem der bedeutendsten Zentren der Drosophilidenforschung. Adolf Portmann schuf sich einen Namen mit Studien zur vergleichenden Ontogenese bei Vögeln und Säugetieren sowie durch seinen integralen Ansatz bei der Deutung biologischer Phänomene.
Die meisten zoologischen Institute an Schweizer Hochschulen wurden im 19. Jahrhundert gegründet. Zwar waren sie den philosophischen Fakultäten (phil. nat., phil. II) angegliedert, standen bezüglich Lehre und Forschung aber der Medizin näher. Frühe Zoologen wie Gessner, Schinz, Oken oder Georg Büchner waren denn auch Mediziner. Die Zusammenarbeit von nicht-klinischer Medizin und Biologie hält bis heute an. Bis gegen Ende des 20. Jahrhunderts war Zoologie propädeutisches Pflichtfach für akademische Medizinalberufe. An der ETH Zürich war die Tierkunde vor allem für die Land- und Forstwirtschaft wichtig, die sich für Schad- und Nutzinsekten interessierten. Die Berufung des Haustierforschers Keller 1898 unterstrich dies genauso wie die Eröffnung des Zoologischen Instituts 1938 (Aufhebung 1977).
In der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts erlebten die zoologischen Institute einen Aufschwung. Fortschritte in den bildgebenden Methoden, der Statistik, Informatik, den Präparationstechniken, der Biochemie und Molekularbiologie einerseits und neue Forschungsgebiete wie Ethologie, Sinnesphysiologie, Kognitionsforschung und DNA-Sequenzierung andererseits machten die Zoologie für Studierende attraktiv. Dies führte zu einem Ausbau des Fachs. Aufgrund tief greifender Umstrukturierungen verschwanden zu Beginn des 21. Jahrhunderts die zoologischen Institute zunehmend. An ihre Stelle traten Institute bzw. Departemente für Ökologie und Evolution (Bern, Lausanne), Genetik und Evolution (Genf) sowie Evolutionsbiologie und Umweltwissenschaften (Zürich).
Da wissenschaftliche Sammlungen von präparierten oder in Flüssigkeit konservierten Tieren für die Zoologie von Bedeutung sind, besitzen unter anderen die Museen in Basel, Bern, Genf, Lausanne, Neuenburg und Zürich sowie die Entomologische Sammlung der ETH Zürich mit zwei Millionen Belegen bedeutende Kollektionen. Diese trugen unter anderen Fritz Sarasin (Basel), Hans Bluntschli und Theophil Studer (Bern) sowie Albert Mousson (Zürich) zusammen. Auch wenn Lehre und Forschung in der Zoologie in erster Linie den Hochschulen obliegen, arbeiteten diese seit jeher mit nicht-universitären Museen wie in Basel (Stadt), Bern (Burgergemeinde), Genf (Stadt), Lausanne (Kanton) und Neuenburg (Stadt), mit zoologischen Gärten und Tierparks oder mit Institutionen wie der 1924 gegründete Vogelwarte Sempach zusammen. Letztere war ursprünglich als Beringungszentrale zur Erforschung des Vogelzugs eingerichtet worden und entwickelte sich zu einem international renommierten Institut zur Erforschung und zum Schutz der einheimischen Vogelwelt.
Dachorganisation der wissenschaftlichen Zoologie ist die 1893 ins Leben gerufene Schweizerische Zoologische Gesellschaft mit ihrem Organ "Revue Suisse de Zoologie". Sitz der Redaktion ist seit Anbeginn das Musée d'histoire naturelle in Genf. Mit ihren rund 1300 Mitgliedern (2013) dürfte die 1909 gegründete Ala, Schweizerische Gesellschaft für Vogelkunde und Vogelschutz die grösste Vereinigung sein, die sich mit frei lebenden Tieren beschäftigt. Sie gibt die Zeitschrift "Der ornithologische Beobachter" heraus.