Der Greifensee (ursprünglich Glattsee), ein Relikt des Linthgletschers, liegt am oberen Ende des Glatttales. Zuflüsse sind die Mönchaltorfer Aa und die aus dem Pfäffikersee kommende Ustermer Aa, Abfluss ist die Glatt. Bis zu Beginn des 15. Jahrhunderts besass die Herrschaft Grüningen im oberen und jene von Greifensee im (grösseren) unteren Teil des Sees das Fischereirecht. Ab 1408 stand es ganz der Stadt Zürich zu. Sie überliess es als Lehen elf Fischereiberechtigten, die in einer Art Genossenschaft zusammengeschlossen waren. Diese sogenannten Weidlüt gaben sich Vorschriften (Einungen), die auch obrigkeitliche Normen enthielten und periodisch vor dem Vogt beschworen werden mussten. Die älteste noch vorhandene Einung stammt von 1428. Zu den örtlich abgegrenzten, durch Erbgang und Verkäufe zunehmend aufgesplitterten Fischenzen gehörte auch das Recht auf Streuenutzung (Ernte von Riedgras) der angrenzenden Gebiete, dessen Bedeutung vom 19. Jahrhundert an oft überwog. 1890-1909 kaufte der Staat die Fischenzen auf, teilte den See in acht Reviere auf und verpachtete sie. 1857 wurde die Angelfischerei freigegeben. Bis 1896 diente der See den Schützen von Greifensee als Kugelfang und 1927-1987 der Flugwaffe als Zielgebiet. Der See wurde 1888-1990 infolge der Glattkorrektion um einen Meter abgesenkt. Er diente bis weit ins 19. Jahrhundert dem Gütertransport mit Ruderschiffen. 1890 erfolgte die Gründung einer Schifffahrts-Aktiengesellschaft und die Inbetriebnahme des ersten Dampfschiffes, der Möwe. 1895 wurde das zweite Dampfschiff Greif angeschafft, das heute im Besitz einer Stiftung und im Originalzustand wieder in Betrieb ist. 1941 wurde die Aktiengesellschaft in eine Genossenschaft umgewandelt.
Die im Aatal aufkommende Industrie führte zu einer Verschmutzung der Ustermer Aa unter anderem mit Öl, Russ und Textilfasern, wodurch sich der Zustand des fischreichen Greifensees zu Beginn des 20. Jahrhunderts markant verschlechterte. Dank scharfer Vorschriften trat Besserung ein. Nach dem Zweiten Weltkrieg nahm die Verschlechterung wegen Überdüngung wieder zu. Erst die Einführung der vierten Reinigungsstufe 1982-1985 in den Kläranlagen, bei der kleinste Schwebestoffteilchen und ungelöstes Eisenphosphat aus dem Abwasser eliminiert wurden, brachte erneut Besserung. Der Greifensee ist seit 1929 Jagdbanngebiet und seit 1941 durch eine kantonale Verordnung unter Naturschutz gestellt (Uferschutz mit Bau- sowie Motorbootverbot). 1994 wurde die Schutzverordnung strenger gefasst.