Pfarrhäuser sind Wohnhäuser katholischer oder reformierter Geistlicher, die eine Pfarrei oder eine Kirchgemeinde betreuen. Ihre Entwicklung der unterscheidet sich je nach Epoche und Region, weshalb sie in unterschiedlichen architektonischen Ausprägungen vorkommen. Wurde im Mittelalter eine Pfarrei gegründet, sicherten Schenkungen den Lebensunterhalt des Pfarrers, die meist aus einem Gut mit Wohnhaus und Ökonomiegebäuden sowie zahlreichen Grundrechten bestanden. Der Pfarrer verwaltete seine Pfründen selbst und sorgte für den Unterhalt der Gebäude. Musste ein Neubau errichtet werden, gingen diesem schwierige Verhandlungen mit den Mitgliedern der Pfarrei und dem Inhaber des Patronatsrechts voraus. Das Pfarrhaus wurde ursprünglich oft als Nebengebäude des Gotteshauses gebaut. Im Mittelalter wurde es an den Rand der Friedhöfe verlegt. Nach der Reformation behielten die katholischen Kantone und die paritätischen Regionen diese Anordnung bei. Wie Beispiele im Wallis belegen, scheiterte manches Neubauprojekt an der Kostenaufteilung. Da die Ressourcen und die Funktionen der Pfarrer (Unterricht, Verwaltung, Seelsorge) nicht einheitlich waren und die Pfarreien über eine gewisse Unabhängigkeit verfügten, entstanden sehr unterschiedliche Gebäudekomplexe. Die Spanne reichte vom Holzhaus bis zur Patrizierresidenz. Hingegen wurden religiös genutzte Bauten immer in Kirchennähe gruppiert – dies gilt auch noch im 21. Jahrhundert –, was die Rolle des Pfarrhauses als Sinnbild der kirchlichen Gemeinschaft unterstreicht.
In den Stadtstaaten, die in ihren Herrschaftsgebieten die Reformation einführten und das kirchliche Leben unter Aufsicht der Regierungen stellten, scheint die Situation homogener zu sein. Da es keine umfassenden Untersuchungen gibt, sind nur punktuell Einblicke möglich. Obschon die Pfarrer in Zürich sich in der Verwaltung ihrer Pfründen eine gewisse Autonomie bewahrt hatten, konnte die Stadt ab dem 16. Jahrhundert durch das Patronatsrecht über mehrere Pfarrämter mit dem Bau von Pfarrhäusern städtische Neuerungen in ländliche Gebiete einführen. In Basel schienen die Pfarrhäuser eine Spur Modernität zu verbreiten. Dort lässt sich zumindest für das 18. Jahrhundert zeigen, dass sich die Architekten der Pfarrhäuser von einem bestimmten Haustypus inspirieren liessen. Bern mit seiner ab dem 16. Jahrhundert bestehenden effizienten Bauverwaltung prägte sein weitläufiges Territorium stark. Insbesondere im Waadtland verwirklichte die Berner Regierung ihre Vorstellungen, zumal sie sich hier nicht genötigt sah, historisch Gewachsenes zu bewahren. Nachdem sie 1536 die Kirchengüter beschlagnahmt hatte, teilte sie die Pfarrkreise neu ein. Die Pfarrer erhielten fixe Einkommen in Form von Geld und Naturalien sowie einen Teil der Pfründen, die im Mittelalter zum Pfarrhaus gehört hatten (Säkularisation). Für die vor allem im 18. Jahrhundert errichteten zahlreichen Neubauten galten klare Vorgaben: Die Architektur musste elegant und funktional sein, die Räume grosszügig und gepflegt, jedoch nicht luxuriös. Noch zu Beginn des 21. Jahrhunderts sind diese Pfarrhäuser in ihrer Gesamtheit (rund 100 Gebäude) architekturhistorisch besonders wertvoll. Sie veranschaulichen den Willen der reformierten Stände, die Religion in alle Aspekte des täglichen und persönlichen Lebens einfliessen zu lassen.