Seit die Menschen von der Jäger- und Sammlerwirtschaft auf die produzierende Wirtschaft mit Ackerbau umgestellt hatten, besteht das Problem der Regeneration der Bodenfruchtbarkeit. Zunächst geschah dies durch den häufigen Wechsel des bebauten Bodens (Brandwechselwirtschaft), wobei die nach der Rodung erfolgte Brandlegung des Unterholzes dem Boden düngende Stoffe zufügte.
Als der Ackerbau stationär geworden war, entstand die Notwendigkeit, die Böden entweder durch lange Brachperioden (Brache) ruhen zu lassen oder sie bei intensiver Nutzung zu düngen. Die dem Boden durch die Ernte entzogenen Nährstoffe mussten ersetzt werden. Tierischer Dung stand in der mittelalterlichen und frühneuzeitlichen Landwirtschaft nicht ausreichend zur Verfügung, weil man die Tiere vom Frühjahr bis zum Herbst auf Allmenden, abgeernteten Feldern und in Wäldern weiden liess. Der Kot wurde unsystematisch zerstreut, lediglich ein Teil kam den Äckern zugute. Nur in den Wintermonaten stand das Vieh im Stall, die Misthaufen waren entsprechend klein. Da der auf den Bauernhöfen erzeugte Dünger nicht ausreichte, um das gesamte Kulturland zu düngen, wurden am Rande der Dorfmark liegende Flächen für wenige Jahre ohne Dünger als Äcker angebaut und anschliessend für längere Zeit als Weiden liegen gelassen. Vom chronischen Düngermangel zeugen auch obrigkeitliche Vorschriften aus dem 16. Jahrhundert, die den Bauern verboten, Heu und Streue vom Hof weg zu verkaufen. Diese sollten auf dem Betrieb, auf dem sie wuchsen, verfüttert werden, damit der Dünger auf dem Hof blieb.
Wo es die topografischen Verhältnisse zuliessen, wurden auch hoffremde Düngemittel eingesetzt. Eine lange Tradition besitzt die Bodenverbesserung durch Mergel, einem Kalk-Ton-Gemisch. Sie wird vom römischen Schriftsteller Varro im 1. Jahrhundert v.Chr. für den germanischen Raum bezeugt. Auch für die Zeit des hochmittelalterlichen Landesausbaus ist sie belegt. Im zürcherischen Wehntal wurden im 18. Jahrhundert mit Mergel der Lägern magere Wiesen in fette Kleewiesen verwandelt und so die Mästung von Ochsen ermöglicht. Eine besonders geschätzte Art der Düngung war die Bewässerung der Wiesen, die im eher niederschlagsreichen Mittelland dazu diente, die Böden fruchtbar zu machen. Die aus dem Gebirge stammenden Fliessgewässer enthalten fein zerriebenes Gesteinsmaterial, das reich an Mineralien ist; zudem führte das Wasser früher bedeutende Mengen an organischen Stoffen aus Siedlung und Wirtschaft mit sich. Den Bauern der frühen Neuzeit war diese Methode so wichtig, dass viele Gemeinden im Gemeinwerk und unter hohen Kosten weit verzweigte Bewässerungssysteme anlegten.
Mit der starken Bevölkerungszunahme im 18. Jahrhundert wurde das Problem des Düngermangels immer akuter. Die Flächenerträge konnten nur angehoben werden, wenn mehr Dünger produziert wurde. Auch der sich allmählich verbreitende Kartoffelbau erforderte grosse Mengen an Stallmist. Einen bedeutenden Fortschritt brachte die Einführung der verbesserten Dreifelderwirtschaft (Fruchtwechselwirtschaft) im ausgehenden 18. Jahrhundert, bei der die Brachäcker nicht mehr unbebaut blieben, sondern mit Futtergräsern (Luzerne, Klee) angesät wurden. Diese hatten die Fähigkeit, mit Hilfe der Knöllchenbakterien Stickstoff aus der Luft zu gewinnen und damit den Boden anzureichern. Die Produktion von Kunstgras ermöglichte zudem, auf Ganzjahresstallhaltung umzustellen. Der Dünger blieb nun nicht mehr irgendwo liegen, er konnte rationell gesammelt und auf Wiesen und Äckern verteilt werden. Die Erfindung der Jauche oder Gülle (mit Harn verflüssigter Stalldünger) soll von einem unbekannten Zürcher Bauern in den 1720er oder 1730er Jahren gemacht worden sein. Die Jauchewirtschaft erforderte einige Investitionen: Jauchegruben mussten angelegt und die Stallböden möglichst wasserdicht gemacht werden, um das Versickern des Viehharns zu verhindern. Am Ende des 18. Jahrhunderts war diese Methode der Düngung in der Gegend des Zürichsees weit verbreitet.
Die Intensivierung des Ackerbaus als Folge der Agrarrevolution steigerte den Bedarf an Düngemittel. Weil der betriebseigene Dünger (Hofdünger inklusive menschlicher Dünger) nicht mehr ausreichte, begann man – allerdings in geringen Mengen – Handelsdünger anzuwenden, zum Beispiel das anfänglich in gewerblichen Knochenstampfwerken hergestellte Knochenmehl oder Guano aus Südamerika. Die von Justus von Liebig begründete wissenschaftliche Lehre von der Mineraldüngung (1840) ermöglichte den Übergang zur modernen Düngerwirtschaft. Das Pflanzenwachstum liess sich nun gezielt durch den Einsatz leicht löslicher Mineralsalze fördern, die schon bald fabrikmässig hergestellt wurden. 1860 begann die Chemische Düngerfabrik in Marthalen mit der Produktion eines Phosphatdüngers aus Knochenmehl und von Superphosphat, ab 1871 stellte auch die Fabrique d'engrais chimiques in Freiburg Superphosphat und verschiedene Mischdünger her.
Zu einem bedeutenden Faktor der bäuerlichen Wirtschaft wurde der Handelsdünger erst im letzten Viertel des 19. Jahrhunderts. 1875 wurde der Handelsdüngerverbrauch auf 60'000 q geschätzt, bereits 1884 betrug er 260'000 q. Die Einfuhr stieg in der Zeitspanne 1877/1880 bis 1906/1910 beinahe auf das Neunfache, von 126'000 q im Jahresdurchschnitt auf 1'119'000 q. Die neu gegründeten landwirtschaftlichen Genossenschaften propagierten die Anwendung von Handelsdünger und senkten durch Ankauf grosser Mengen dessen Detailhandelspreis. Das Vertrauen der Bauern in die neuen Hilfsstoffe wurde auch durch die Tätigkeit der 1878 gegründeten agrikultur-chemischen Untersuchungsstation des Polytechnikums in Zürich (heute ETH) gestärkt, welche in den Verkauf gelangte Düngemittel nach den tatsächlich vorhandenen Pflanzennährstoffen untersuchte. Weil die Viehbestände grösser wurden und die Tiere besser ernährt waren, nahm auch die Stallmistproduktion stark zu. Die enorme Steigerung der Hektarerträge im ausgehenden 19. und zu Beginn des 20. Jahrhunderts ist wesentlich der besseren Düngung zu verdanken.
Der Verbrauch von Handelsdünger nahm bis ins ausgehende 20. Jahrhundert stark zu. In den 1970er Jahren wurden im Jahresdurchschnitt 4'774'000 q importiert, mehr als viermal so viel wie zu Beginn des Jahrhunderts. Während der Verbrauch an Stickstoff, der seit 1913 synthetisch hergestellt werden kann, hauptsächlich durch die in den 1930er Jahren entstandene inländische Düngerindustrie gedeckt werden konnte, mussten Phosphat- und Kaliumdünger zum grossen Teil importiert werden. Versorgungsschwierigkeiten gab es während der beiden Weltkriege beim Phosphatdünger. Trotz des enorm angestiegenen Handelsdüngereinsatzes konnten in den 1970er Jahren rund 70% des gesamten Düngerverbrauchs der Landwirtschaft durch betriebseigenen Dünger (Stallmist, Gülle) gedeckt werden. Eine Trendwende im Düngerverbrauch zeichnete sich gegen Ende des 20. Jahrhunderts ab. Der Einsatz von Mineraldüngern ist seit etwa 1980 bei Phosphor und Kalium, seit den frühen 1990er Jahren beim Stickstoff rückläufig. Auch beim Hofdünger ist um 1980 wohl ein Maximum erreicht worden.
Seit der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts treten die negativen Folgen des gewaltigen Düngereinsatzes für die Umwelt zu Tage. Aus der Gülle gelangen Nitrate in das Grundwasser und gefährden örtlich die Trinkwasserversorgung. Ammoniak wird an die Luft abgegeben, kehrt als Dünger auf die Erde zurück und führt zur Versauerung der Böden. Phosphate verursachen die Eutrophierung der Gewässer, wodurch das Algenwachstum gefördert, der Sauerstoffgehalt und damit die Fischbestände verringert werden. Das Gewässerschutzgesetz von 1991 bekämpft die Überdüngung, indem die landwirtschaftlichen Betriebe zu einer ausgeglichenen Düngerbilanz verpflichtet werden. Pro Hektar Nutzfläche dürfen nicht mehr als drei Dünger-Grossvieheinheiten ausgebracht werden.