Als Glarnerkrieg oder Tschudikrieg wird das Aufflackern der konfessionellen Gegensätze in Glarus im 16. Jahrhundert bezeichnet, die durch den Versuch einer gewaltsamen Rekatholisierung des Landes entstanden waren (Konfessionalismus). Im Verlauf des Glarnerhandels spitzte sich die Lage in der Eidgenossenschaft um die Jahreswende 1559/1560 so zu, dass der Wiederausbruch des Glaubenskriegs bevorzustehen schien.
Ab 1531 war die Zahl der Katholiken in Glarus zurückgegangen. Die inneren Orte, die durch ein reformiertes Glarus und dessen Einfluss in Gaster und Uznach ihre Flanke und Zufuhr bedroht sahen, trachteten dieser Entwicklung entgegenzuwirken. Sie kündigten den neugläubigen Glarnern die Bünde, weigerten sich an Tagungen neben glarnerischen Gesandten zu sitzen und wollten keine Glarner Landvögte akzeptieren. Unterstützung fanden sie bei Aegidius Tschudi, dem Landammann der Jahre 1558-1560. Er scheint Urheber oder mindestens Mitinitiant des Plans gewesen zu sein, Glarus mittels Waffengewalt der fünf Orte zu rekatholisieren. 1560 informierten die katholischen Orte Papst Pius IV. über ihr Vorhaben und baten ihn um finanzielle Unterstützung. Dass Spanien den fünf Orten die Kriegshilfe verweigerte und sowohl der französische König als auch der Nuntius Giovanni Antonio Volpe, der den Intentionen des Papstes folgend den Krieg nicht befürwortete, den kriegerischen Eifer der Waldstätte dämpften, erleichterte eine friedliche Regelung des Glarnerhandels. Tschudi wurde 1560 durch den gemässigten Katholiken Gabriel Hässi ersetzt und zog sich 1562 ins Exil nach Rapperswil (SG) zurück. Auf Betreiben der sieben nicht direkt beteiligten Orte kam die Vermittlung wieder in Gang. Am 3. Juli 1564 unterzeichneten die Orte (ausser Schwyz) den Zweiten Glarner Landesvertrag. Er nahm die Vereinbarungen von 1531-1532 wieder auf und regelte Fragen betreffend Kultus und Geistlichkeit. Bei der Ämterbesetzung sollten die Katholiken in Glarus gebührend berücksichtigt werden und in den Landvogteien Gaster und Uznach die Alleingeltung des katholischen Glaubens gewährleistet sein. Mit diesem Landesvertrag wurde die Gleichberechtigung (Parität) der beiden Glaubensparteien in Glarus festgelegt.