Im Gegensatz zum Empirismus bezeichnet der Rationalismus eine Position in der Erkenntnistheorie, die dem reinen Denken gegenüber der sinnlichen Erfahrung Priorität einräumt oder in ihm gar den einzigen Weg zu wahrem Wissen sieht. Als charakteristisch für den Rationalismus gelten die Annahme von eingeborenen Ideen (ideae innatae) und die Überzeugung, dass das reine Denken durch vernünftige Einsicht (Intuition) in die Wahrheit von Sätzen sowie durch logische Ableitung (Deduktion) von weiteren Sätzen zumindest ein beschränktes Wissen über die äussere Welt vermitteln könne. Die deduktive Methode der Mathematik wird als Vorbild übernommen, weshalb sie auch in der Naturwissenschaft und in anderen Bereichen zur Anwendung kommt (Aufklärung). Mit Immanuel Kants Kategorienlehre, mit der die in der Erfahrung (Sinneswahrnehmung) gegebene Materie zu allgemein gültiger und notwendiger Erkenntnis wird, gelten der klassische Rationalismus und der Empirismus als überwunden.
Der Rationalismus beschränkte sich im 17. und 18. Jahrhundert nicht auf die Erkenntnistheorie, sondern trat auch in anderen Disziplinen wie der Ethik oder der Ästhetik auf. In der Theologie erhielt der Begriff Rationalismus im 17. Jahrhundert zunächst eine polemische Bedeutung, wenn er zur Bezeichnung von Theologen verwendet wurde, die sich zur Erkenntnis Gottes und zur Interpretation der Bibel auf die natürliche Vernunft stützten. Später setzte sich die Bezeichnung Rationalist bzw. Rationalismus als Selbstbezeichnung derjenigen Theologen bzw. ihres Denkens durch, die sich der Idee einer «natürlichen Religion» verpflichteten und die Offenbarung nur noch als geschichtlich bedingtes Mittel zur Belehrung des unaufgeklärten Teils der Bevölkerung verstanden. In Deutschland wurde der Rationalismus innerhalb der protestantischen Theologie zunächst Neologie genannt, ab 1790 wurde er zur Bezeichnung einer Schule, der der Suprarationalismus gegenüberstand. Erst nachdem der Rationalismus als theologische Bewegung an Bedeutung verloren hatte, wurde der Begriff von der Philosophiegeschichtsschreibung auf die Bezeichnung einer erkenntnistheoretischen Position eingeschränkt und neben der Anwendung auf die philosophischen Systeme von René Descartes, Baruch Spinoza und Gottfried Wilhelm Leibniz auch auf Antike und Mittelalter zurückprojiziert.
In der Schweiz erscheint der Rationalismus in theologischer Gestalt Anfang des 18. Jahrhunderts in den Werken von Jean-Alphonse Turrettini (Genf), Jean-Frédéric Ostervald (Neuenburg) und Samuel Werenfels (Basel). Diese galten als Hauptrepräsentanten der «vernünftigen Orthodoxie» (Protestantische Orthodoxie). Sie kritisierten die Wortgefechte der Schultheologie, nahmen aber gegenüber den deistischen und skeptizistischen Tendenzen in England und Frankreich eine apologetische Haltung ein, indem sie die Übereinstimmung von Glaube und Vernunft verteidigten und die Union von Lutheranern, Reformierten und Anglikanern durch die Abkehr von umstrittenen Dogmen wie der doppelten Prädestination oder der Trinität und durch die Konzentration auf sogenannte Fundamentalartikel zu erreichen suchten. Damit trug die «vernünftige Orthodoxie» wesentlich dazu bei, dass die Formula Consensus von 1675 zunächst in Basel und Genf, später auch in Zürich sowie der Waadt und Bern abgeschafft wurde. Die von Jean Le Rond d'Alembert im siebten Band der «Encyclopédie» im Artikel über Genf provokativ vorgetragene Behauptung, verschiedene Genfer Pfarrer hätten keine andere Religion als die Sozinianer, indem sie die Wunder ablehnten und statt von der Notwendigkeit nur noch vom Nutzen der Offenbarung sprächen, gilt als unzutreffend. Wie die übrigen Schweizer Reformierten distanzierten sich die Genfer Pfarrer vom Deismus und hielten an der Übereinstimmung zwischen Vernunft und Offenbarung fest. Weiter als andere trieb der Zürcher Hans Heinrich Corrodi den Rationalismus in der Theologie. Als Schüler des Neologen Johann Salomo Semler verteidigte er gegen Johann Kaspar Lavater die Idee einer vernünftigen Religion. Seiner Auffassung nach unterlag das Christentum in seiner geschichtlichen Entwicklung einem Prozess der Vervollkommnung von der Sinnlichkeit zur Vernunft. Daraus schloss er, dass die Offenbarung für Menschen, die sich im Zustand der Kindheit befänden, zwar weiterhin notwendig bleibe, für Philosophen, die fähig seien, die Religion allein durch die Vernunft zu erfassen, hingegen überflüssig werde.
Der Rationalismus von Leibniz wurde im 18. Jahrhundert in Deutschland von Christian Wolff weitergeführt, der wie sein Vorgänger die Überzeugung vertrat, dass alle Wahrheiten aus zwei Prinzipien abzuleiten seien, nämlich dem Prinzip vom Widerspruch (notwendige Wahrheiten) und dem Prinzip vom zureichenden Grund (kontingente Wahrheiten), die ihrerseits a priori erkannt werden können. Wolff wandte die deduktive mathematische Methode auf alle Gebiete der Philosophie an und baute Leibniz' Grundsatz von der rationalen Erklärbarkeit der Welt zu einem in sich geschlossenen System aus.
In der Schweiz traten Louis Bourguet und Emer de Vattel als Anhänger der sogenannten Leibniz-Wolff'schen Philosophie auf. In der Abhandlung «Défense du système Leibnitien […]» (1741) verteidigte Vattel das System von Leibniz und Wolff gegen die Kritik, die Jean-Pierre de Crousaz in seinem «Examen de l'essay de Monsieur Pope sur l'homme» (1737) dagegen vorgebracht hatte. Vattel wandte sich dabei in erster Linie gegen den Vorwurf, das Leibniz-Wolff'sche System zerstöre die Grundlagen von Moral und Religion, und nahm deren Anhänger vor der Anklage des Libertinismus und Atheismus in Schutz. In dieser Verteidigung ging es also weniger um erkenntnistheoretische Probleme als um die Frage, ob das System des Rationalismus mit der Freiheit des menschlichen Willens und der Entlastung Gottes von der Verantwortung für die Übel in der Welt zu vereinbaren sei. Crousaz hatte beides bestritten und dem Leibniz-Wolff'schen System deshalb Fatalismus vorgeworfen. Seine Kritik richtete sich jedoch nicht gegen jede Form des Rationalismus: Er war selbst ein überzeugter Anhänger der Philosophie von Descartes, die er seinen Lehrbüchern zur Mathematik und Physik zugrunde legte. Obwohl die Wolff'sche Philosophie in der deutschsprachigen Schweiz breit rezipiert wurde, fand der Rationalismus strikter Observanz hier wenig Anhänger. Johann Jakob Bodmer und Johann Jakob Breitinger anerkannten zwar, dass Wolff viel zu verdanken war, traten jedoch im Literaturstreit zwischen Zürich und Leipzig als Kritiker der eng rationalistischen Ästhetik des Wolffianers Johann Christoph Gottsched hervor. Eine gemässigte Form der rationalistischen Ästhetik Wolff'scher Prägung vertrat der an der Berliner Akademie lehrende Bodmer-Schüler Johann Georg Sulzer.
In seiner erkenntniskritischen Bedeutung lebt der Begriff des Rationalismus bis in die Gegenwart fort, wird aber im Allgemeinen nicht mehr als Schulbezeichnung verwendet. Eine Ausnahme bildet der von Karl Popper in den 1930er Jahren begründete und von Hans Albert weitergeführte kritische Rationalismus. Ausgehend von der These, dass alle Erkenntnis fehlbar sei, wendet sich dieser gegen alle Formen des Dogmatismus, sucht einen Mittelweg zwischen Positivismus und Skeptizismus und postuliert eine offene Gesellschaft, in der Konflikte durch rationale Diskussion gelöst werden. Er hatte auch in der Schweiz einen gewissen Einfluss auf die Gesellschafts-, Politik- und Wirtschaftswissenschaften der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts.