21.10.1874 Mézières (VD), 7.4.1960 Pully, reformiert, von Avenches und Mézières (VD). Sohn des Charles-Ernest, Arztes und Majors, und der Louise-Jeanne geborene Bérengier (1875). 1897 Mary Doelker, Tochter des Christ Charles, Bäckermeisters. 1893 Klassische Matura in Lausanne, Besuch der Landwirtschaftsschulen in Ecully (bei Lyon) und Hohenheim (Württemberg). Mitglied des Kadettenkorps von Lausanne, Zofinger. Von 1897 an bewirtschaftete Henri Guisan ein Gut in Chesalles-sur-Oron, bis er sich 1903 als Gentleman-Farmer auf dem Landsitz Verte Rive in Pully niederliess. In der Zwischenkriegszeit gehörte Guisan dem konservativ-föderalistischen, betont antisozialistischen Lager an. Er war Mitglied der Gemeindeexekutive in Chesalles und des Gemeindeparlaments von Pully.
Der Feldartillerie zugeteilt, stieg Guisan 1894 zum Leutnant, 1904 zum Hauptmann, 1908 zum Hauptmann im Generalstab und 1911 zum Major auf. Zu diesem Zeitpunkt trat er auf Ersuchen des Chefs des Generalstabs, Theophil Sprecher von Bernegg, in die Infanterie über. 1916 wurde Guisan Oberstleutnant im Generalstab in der Operationsabteilung in Bern, 1919 Generalstabschef der 2. Division sowie gleichzeitig Kommandant des Infanterieregiments 9, mit dem er im gleichen Jahr den Ordnungsdienst in Zürich versah, und 1921 Oberstbrigadier. Bis zu seiner Beförderung zum Oberstdivisionär 1927 blieb er Milizoffizier. Dank seines kontaktfreudigen Naturells wurde Guisan rasch beliebt. 1932 unterstützte Rudolf Minger, Vorsteher des Eidgenössischen Militärdepartements, seine Ernennung zum Oberstkorpskommandanten. Guisan stand zunächst dem deutschsprachigen 2. Armeekorps vor, dann dem französischsprachigen 1. Korps. Am 30. August 1939 wählte ihn die Bundesversammlung mit 204 von 231 Stimmen zum General; Divisionär Jules Borel erhielt 21 Stimmen, hauptsächlich aus dem sozialdemokratischen Lager. Die Ernennung Guisans wurde – von einigen Berufsoffizieren abgesehen – gut aufgenommen. Seine Verabschiedung als General fand am Ende des Aktivdienstes am 20. August 1945 statt (Zweiter Weltkrieg).
Guisan war kein grosser Stratege, aber er verstand es, auf Ratschläge zu hören, Entscheidungen zu treffen sowie Risiken einzugehen und stand auch gegen Anfechtungen seitens der politischen Behörden oder seiner Untergebenen zum einmal gefassten Entschluss. Sein Realitätssinn zeigte sich im Abrücken vom Prinzip des «strategischen Bewegungskriegs», das in der Schweizer Armee 1939 immer noch galt, zugunsten einer Bekämpfung des Angreifers aus einer zurückgestaffelten Stellung. Die Armee war 1939 nicht voll einsatzbereit, aber die ab 1933 bewilligten Kredite sollten es gestatten, die Schwachstellen im Laufe der Zeit zu beheben. Mit den 1936 angebahnten Generalstabsbesprechungen mit den Franzosen ging Guisan bis an die Grenzen des für einen neutralen Staat Möglichen, um sich deren Unterstützung für den Fall eines deutschen Angriffs zu versichern. Das nach der französischen Niederlage von 1940 lancierte Konzept des Réduit, das eine Rücknahme der Hauptkräfte der Armee in den Alpenraum vorsah, stammte nicht von ihm. Dessen Umsetzung vollzog Guisan in Etappen, weil mehrere Generalstabsoffiziere opponierten. Ausserdem wollte der General den Einwohnern des Mittellands das Verständnis der neuen Strategie («hinhaltender Kampf und Verzögerung») erleichtern.
Sein Festhalten am Status des Milizoffiziers erklärt einerseits die Spannungen mit einigen Berufsoffizieren, vor allem den Oberstkorpskommandanten Ulrich Wille und Jakob Labhart sowie dem Generalstabsobersten Gustav Däniker, und weist andererseits auf seine Vorstellungen von der Menschenführung sowie seine Ablehnung gegen Formalitäten hin. Guisan, der sich oft auf das Feld zu seinen Soldaten begab, legte bei der Ausübung seines Kommandos grossen Wert auf Informations- und Überzeugungsarbeit; er sah den Menschen im Soldaten in einer Zeit, in der die Militärführer noch Abstand zur Truppe hielten. Der Rütli-Rapport vom 25. Juli 1940 ist auch in dieser Hinsicht bedeutsam: Er rief alle Truppenkommandanten vom Grad des Majors aufwärts zusammen, um sie von der Zurücknahme der Armee ins Réduit in Kenntnis zu setzen.
Guisan beseelte Armee und Bevölkerung mit Widerstandsgeist und machte aus dem Réduit ein nationales Symbol, indem er eine Symbiose von Volk und Truppen schuf und den Kontakt zu Zivilisten und den Mannschaftsdienstgraden pflegte. Anfang Mai 1940 ordnete er eine Untersuchung gegen 124 Offiziere an, welche verdächtigt wurden, frontistische oder nationalsozialistische Sympathien zu hegen. Während des ganzen Krieges hatte er ein gutes Verhältnis zu den sozialdemokratischen Parlamentariern. Er mischte sich häufig in den Zuständigkeitsbereich des Bundesrats ein, was dieser nicht schätzte.
Im Gegensatz zu Ulrich Wille, dem General während des Ersten Weltkriegs, war Guisan in der Schweiz unumstritten. Am 12. April 1960 säumten 300'000 Personen, darunter viele Veteranen des Aktivdiensts in Uniform, den Weg seines Begräbniszugs. In seiner Geschichte der Schweizer Neutralität stellte Edgar Bonjour Guisan als Seele des Widerstands einem Marcel Pilet-Golaz gegenüber, der sich nur allzu bereitwillig dem Neuen Europa andiente. Die jüngsten historischen Arbeiten zeigen einen charismatischen General, der weniger einem Mythos entsprach und keinesfalls unfehlbar war. Wie viele seiner Zeitgenossen empfand Guisan Sympathien für Mussolini und sein Regime, in denen er ein Bollwerk gegen den Kommunismus sah. Nachdem die Deutschen in La Charité-sur-Loire die Akten über die französisch-schweizerischen Generalstabsbesprechungen entdeckt hatten, schlug Guisan dem Bundesrat erfolglos Beschwichtigungsmassnahmen gegenüber Deutschland vor und willigte im März 1943 in ein Treffen mit SS-General Walter Schellenberg ein. Diese kleinen Retuschen am Bild des Generals riefen entrüstete Reaktionen bei der Aktivdienst-Generation hervor. 1944 verlieh ihm die Universität Basel den Ehrendoktor.