Ritterliches Ministerialengeschlecht des 13. bis 15. Jahrhunderts, 1173 erstmals bezeugt mit Walter I. Die Genealogie ist ab 1240 mit Walter II. über sieben bis acht Generationen relativ gesichert. Bekannt als Wohnsitze und Verwaltungsmittelpunkte sind die Burgen Hünenberg (Lehen der Freiherren von Rüssegg), Wildenburg sowie St. Andreas in Cham (Lehen der Freiherren von Wolhusen) und die Twingherrschaft Waldsberg mit der Kirche Luthern. Der Besitz an Eigen und Lehen sowie an Rechten im Raum zwischen Limmat und Vierwaldstättersee mit Zentrum um den Zugersee war heterogen und unterschiedlicher Herkunft. Kirchensatz und Hof zu Arth waren Lehen der Grafen von Kyburg, später der Habsburger. Weitere Güter besassen die Hünenberger von den Freiherren von Ramstein und den Grafen von Thierstein. Die Kirchenvogtei in Wädenswil und Richterswil wurde Ende des 13. Jahrhunderts von den Freiherren von Wädenswil, die Herrschaft Merenschwand 1293 von den Grafen von Rapperswil erworben. Heiratsbeziehungen bestanden zu den Freiherren von Wädenswil, von Affoltern, von Rüssegg sowie unter anderem zu den Ritteradligen von Heidegg, von Reinach, von Hertenstein, von Büttikon, von Hallwyl, von Glarus und Mülner. Insgesamt sind sechs Linien bekannt.
Mitte des 13. Jahrhunderts begründete eine Herrschaftsteilung die beiden Hauptlinien zu Arth und auf St. Andreas. 1309 erfolgte die weitgehende Herrschaftsteilung zwischen den Brüdern Peter II., Gottfried III. und Hartmann II. Die Hauptlinie auf St. Andreas lässt sich kurz nach 1400 nicht mehr nachweisen. Die Linie auf der Wildenburg verzweigte sich in Nebenlinien in Baar und in Schaffhausen (mit Götz von Hünenberg) und verliert sich im 15. Jahrhundert. Der lehensherrliche Dienst für die Grafen von Kyburg und Habsburg spielte für die Stellung der Hünenberger nur eine nebensächliche Rolle. Gottfried II. (erwähnt 1271-1309) war noch ein eindeutiger Parteigänger Habsburg-Österreichs, obschon er bereits Beziehungen zur Stadt Zürich pflegte. Ab Mitte des 14. Jahrhunderts lavierte die Familie aufgrund der geografischen Lage ihres Besitzes zwischen Habsburg und den Eidgenossen, ohne dass sich ein Zweig eindeutig einer Partei zuschreiben lässt. Zwölf der in jenem Zeitraum bekannten männlichen Hünenberger verburgrechteten sich in den 1360er und 1370er Jahren in Zürich. Politisches Kapital liess sich aus dieser numerischen Vormachtstellung innerhalb des Zürcher Ritteradels trotzdem nicht schlagen. Peter III. war 1352, Gottfried IV. 1355 Ratsmitglied, sein Sohn Hartmann V. bekleidete 1383-1395 das Schultheissenamt. Nach einem steilen wirtschaftlichen und sozialen Aufstieg im 13. Jahrhundert waren die Hünenberger noch um 1300-1330 das bedeutendste Ritteradelsgeschlecht der Region. Ab 1350 nahm ihre Verschuldung zu. 1370 wurde die Herrschaft St. Andreas an Österreich verkauft. Bis zum Ende des 15. Jahrhunderts war der Besitz fast vollständig aufgelöst.