Altes Landleutegeschlecht in Obwalden, Bürger von Sachseln, Kerns und Sarnen (hier ausgestorben). Der Geschlechtsname wurde vom Stammsitz, dem heutigen Flüeli am Sachsler Berg, übernommen. Bereits der 1437 als erster von Flüe in den Quellen genannte Heini und sein Sohn Niklaus (->, später Bruder Klaus genannt) gehörten als freie Bauern auf zinsfreiem Eigengut zu den wirtschaftlich besser gestellten Sachslern. Hans (->), ältester Sohn von Niklaus, gelang 1483 der soziale und politische Aufstieg in die Obwaldner Führungsschicht. Er hatte in die alte Landammännerfamilie der von Einwil eingeheiratet und profitierte zweifellos auch vom Ansehen seines Vaters als «lebendiger Heiliger». Aus dem Landammannamt konnten er und sein Bruder Walter (->), der Hans nach dessen Tod im Amt unmittelbar nachfolgte, auch ökonomischen Vorteil (z.B. ausländische Pensionen) ziehen. Jeweils nicht in direkter Nachfolge und erst in fortgeschrittenem Alter erreichten auch Walters Sohn Niklaus (->) und sein Enkel Niklaus (->) das Landammannamt. Der Sohn des Letzteren, Melchior (1572-1656), wurde 1644 zwar Landeshauptmann, aber nicht mehr Landammann. In der Sachsler Kirchgenossengemeinde und im Landrat blieben die von Flüe bestimmend: Ab der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts hatten sie mit einem kleinen Unterbruch zwischen 1692 und 1698 bis 1798 den ersten und/oder den zweiten Ratsplatz inne, erstmals mit Konrad (spätestens 1605), dem jüngeren Sohn Walters. Um 1750 zählten die von Flüe in Sachseln etwa 30 Familien mit rund 80 Kindern; 1802 waren von 441 stimmberechtigten Sachsler Männern 60 von Flüe. Dabei lassen sich eine grössere, eher arme Gruppe von Bauern und Handwerkern und eine kleinere, zur Obwaldner Führungsschicht zählende Gruppe unterscheiden, die sich auf Konrad zurückführen lässt. Reichtum und Einfluss basierten auf Grundbesitz, französischem Solddienst und Pensionsgeldern sowie auf einer eigenen Kompanie in französischen Diensten (ab 1743). Die aristokratische Linie, die im 18. Jahrhundert zu den führenden Geschlechtern Obwaldens gehörte, stellte zwischen 1704 und 1798 mit sechs Landammännern aus vier Generationen während total 30 Jahren den regierenden Landammann und lenkte während des ganzen 18. Jahrhunderts die Politik Obwaldens in französischem Sinne. Johann Wolfgang (->) baute 1750 das Haus in der Brunnenmatt, Johann Peter (->) nach 1754 im Zuhn ein vornehmes Bürgerhaus. 1830 war mit Michael (->) zum letzten Mal ein von Flüe regierender Landammann von Obwalden. 1874-1882 amtete Nikodem (1819-1886) als bisher einziger Obwaldner Regierungsrat des Namens. Von 22 Sachsler von Flüe, die Geistliche wurden, lebten 18 zwischen 1672 und 1836. Acht stammten aus der Konrad-Linie, 13 besetzten Pfründen in Flüeli und/oder Sachseln.
Die Kernser und Sarner Flüe blieben wirtschaftlich und politisch viel unbedeutender als die Sachsler von Flüe. In Kerns sind seit Ende des 15. Jahrhunderts zahlreiche von Flüe zu finden, deren Verwandtschaft mit den Sachsler Flüe vermutet wird (neuerdings über Landammann Hans). Aus dieser Kernser Familie Flüe stammten in der frühen Neuzeit einige Ratsherren, drei Geistliche und Landammann Josef Simon (->). In Sarnen kaufte Wolfgang, Sohn von Landammann Niklaus (1504-1597) und Gatte von Katharina Wirz, der Tochter von Landammann Johann, 1596 das Freiteilrecht. Sein Enkel Wolfgang bzw. Pater Niklaus (->) war 1641-1649 Abt von Wettingen. Die Sarner von Flüe starben im 18. Jahrhundert aus.