St. Galler Kaufmannsfamilie, die aus Konstanz stammte. Dank des Handels gelangten die Zollikofer zu Vermögen und stiegen zu einer der führenden reformierten Familien in der Ostschweiz auf.
In der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts erwarben die Brüder Hans und Jobst Zollikofer, beide vermögende Kaufleute, das Bürgerrecht der Stadt St. Gallen. Letzterer erlangte 1471 einen Wappenbrief von Kaiser Friedrich III. Schon im 15. Jahrhundert sind Handelsbeziehungen nach Frankreich und Spanien bezeugt (Handel). Die Söhne von Hans Zollikofer und Fida Vogel, Sebastian Zollikofer, Erster der schwarzen Linie, und Ludwig Zollikofer, Erster der roten Linie, gründeten vermutlich die erste Zollikofersche Handelsgesellschaft. Viele Zollikofer gehörten der St. Galler Gesellschaft zum Notenstein an, in der sich Rentiers und wohlhabende Kaufleute versammelten (Handelskammern). Unter den St. Galler Kaufleuten, die in Lyon im 16. Jahrhundert eine herausragende Stellung einnahmen, gehörten die Zollikofer zu den bedeutendsten. Angehörige der schwarzen Linie erwarben 1591 die Höfe und Gerichtsherrschaften Nengensberg (Engensberg) und Karrersholz bei Steinach und nannten sich fortan die Nengensbergischen. 1594 wurden Angehörige der Nengensbergischen von Kaiser Rudolf II. geadelt und erhielten eine Wappenbesserung. Schon 1578 hatten Angehörige der roten Linie von Kaiser Rudolf II. einen Adelsbrief mitsamt Wappenbesserung erworben. Leonhart Zollikofer, Enkel von Ludwig Zollikofer, kaufte 1564 das Landgut Pfauenmoos bei Berg (SG) sowie 1585 Schloss und Gerichtsherrschaft Altenklingen. Dank des 1586 gegründeten Fideikommisses blieb Altenklingen bis ins 21. Jahrhundert in Familienbesitz. In der roten Linie der Zollikofer lassen sich ausgehend von Leonhart Zollikofer und seinen Brüdern Laurenz, Georg und Jost Zollikofer Linien mit den Zunamen von Altenklingen und von Sonnenberg unterscheiden.
Wie für Handelsfamilien aus der Eidgenossenschaft typisch, sind Vertreter der Zollikofer ab der frühen Neuzeit nicht nur in Frankreich, Spanien und Flandern, sondern auch in Südostasien und Mittel- und Nordamerika belegt, teils als Kaufleute (Überseehandel), teils in fremden Diensten. Für Savoyen, Schweden und Dänemark im Solddienst war Hans Ludwig Zollikofer, in holländischen Diensten stand Georg Heinrich Zollikofer von Altenklingen und in Niederländisch-Ostindien (Indonesien) im Militäreinsatz war Gordian Zollikofer. Zollikofer sind im 18. Jahrhundert in der niederländischen Kolonie Berbice (Guyana) als Plantagenverwalter bezeugt (Kolonialismus). Robert Zollikofer bewirtschaftete 1740 unter anderem die Plantagen Altenklingen und Engelenburg, deren Namen sich aus Ostschweizer Besitzungen ableiten. Aus Berbice kehrten Angehörige von St. Galler Handelsfamilien wieder zurück in die Ostschweiz; so heiratete die in Berbice geborene Johanna Magdalena Züblin, Tochter des Paulus Züblin, 1774 Hans Georg Zollikofer. Familienmitglieder wanderten auch nach Nordamerika aus: Jacob Christoph Zollikofer liess sich in North Carolina nieder und begründete einen neuen Familienzweig. Sein Sohn Georg Zollicofer kämpfte als Offizier im Unabhängigkeitskrieg und erhielt für seinen Einsatz Land in Tennessee. Dort siedelte sich dessen Sohn Johannes Jacob Zollicofer an. Dessen Sohn Felix Kirk Zollicoffer war Zeitungsverleger, vertrat Tennessee im Repräsentantenhaus und fiel im Sezessionskrieg in der Armee der Konföderierten Südstaaten, weshalb ihm in Nancy (Kentucky) ein Denkmal errichtet wurde. 1850 sind im US-Zensus sieben Angehörige der Zollikofer als Sklavenhalter bezeugt (Sklaverei). Um 1930 lebten und arbeiteten zahlreiche Familienmitglieder in Frankreich, Deutschland, Belgien, Nord-, Mittel- und Südamerika, aber auch in Südostasien, viele davon als Kaufleute.
Heiratsverbindungen bestanden vor allem zu Handelsfamilien aus St. Gallen wie den von Watt und Zili sowie zur Familie Züblin durch die Schwestern Adriana Dorothea und Anna Margaretha Zollikofer, aber auch zu anderen vermögenden Familien wie die Escher durch Lydia Zollikofer. In der Ostschweiz wirkten ab der frühen Neuzeit zahlreiche Familienmitglieder in Politik und Verwaltung: Bartholomäus Zollikofer vertrat die St. Galler Kaufleute am französischen Hof, Joachim Zollikofer wurde 1613 Bürgermeister der Stadt St. Gallen, ebenso 1783 Julius Hieronymus Zollikofer. Viele Familienangehörige waren Obervogt bzw. Verwalter der St. Galler Herrschaft Bürglen (TG), so Caspar Tobias Zollikofer von Altenklingen und Johann Georg Zollikofer von Altenklingen. Die Zollikofer stellten auch Geistliche wie Georg Joachim Zollikofer und Ärzte wie Caspar Tobias Zollikofer. Johannes Zollikofer gründete in St. Gallen 1789 eine Buchdruckerei, die ab 1841 das Tagblatt der Stadt St. Gallen und der Kantone St. Gallen, Appenzell und Thurgau herausgab. Bis ins 20. Jahrhundert prägte die Familie das Zeitungswesen in der Ostschweiz. Als Regierungsräte wirkten 1803-1829 Julius Hieronymus Zollikofer und 1873-1906 Ludwig Arnold Zollikofer. Caroline Zollikofer-Bayer eröffnete in St. Gallen die erste Spiel- und Korbwarenhandlung, die noch im 21. Jahrhundert unter dem Namen Zollibolli existierte. Die Familie förderte vor allem das Schulwesen in St. Gallen. 2002 wurde die Stiftung Sebastian, Sigmund und Jakob Zollikofer gegründet, die bedürftige Einwohnende von St. Gallen unterstützt, wobei Angehörige der Ortsbürgergemeinde und Nachkommen der Stifter bevorzugt berücksichtigt werden.