Als Begriff ist die Konfessionelle Parität zunächst im Reichsrecht des Westfälischen Friedens von 1648 zu verorten. Die katholische und die evangelische Konfession sind einander in diesem gänzlich gleichgestellt. Deshalb ist in Religionsangelegenheiten der Mehrheitsentscheid ausgeschlossen; die Gesandten des Reichstags bilden je ein Corpus Catholicorum bzw. Corpus Evangelicorum, die religiöse Angelegenheiten getrennt beraten; eine Entschlussfindung ist nur durch Konsens möglich. Analog hat das Reichskammergericht aus einer gleichen Zahl von Beisitzern zu bestehen und die Gleichrangigkeit der beiden Konfessionen zu respektieren. In einem allgemeineren Sprachgebrauch wird auch das kirchenrechtlich und politisch geregelte Zusammenleben lokaler Konfessionsgruppen als Konfessionelle Parität bezeichnet. Insofern die Bildung gemischtkonfessioneller Gemeinschaften in der Ära der Konfessionalisierung (Konfessionalismus) mit Konflikten verbunden war, förderte sie die Ausbildung der Konfessionellen Parität auf gesamtstaatlicher und auf lokaler Ebene.
Insbesondere in den östlichen Teilen der Schweiz (Thurgau, Toggenburg, Rheintal, Graubünden) kam es bis ins frühe 17. Jahrhundert zur Bildung gemischtkonfessioneller Gemeinschaften. Im Zuge der Bewältigung damit verbundener Konflikte entwickelte sich die Konfessionelle Parität bis ins frühe 18. Jahrhundert sowohl in den Kirchgemeinden als auch in den einzelnen Kantonen und auf eidgenössischer Ebene. Auf lokaler Ebene ergaben sich in der Nordostschweiz typische Konfliktlagen aus dem Zweiten Landfrieden von 1531 (Landfriedensbünde), demzufolge selbst eine kleine katholische Minderheit in einer Kirchgemeinde die Aufrichtung eines eigenen Kults verlangen konnte. Diese Bestimmung wurde zum Teil gezielt zu gegenreformatorischen Bestrebungen (Gegenreformation) sowie – besonders im Herrschaftsgebiet des Fürstabts von St. Gallen – zur Herrschaftsausweitung genutzt. Ferner waren die Ehegerichtsbarkeit sowie die Kollatur (Zuständigkeit für die Pfarrerwahl) häufig Gegenstand lokaler Konflikte, die meist auch aussenstehende Akteure involvierten. Konfliktregelungen im Sinne der Konfessionellen Parität auf kommunaler Ebene, die vor allem im 17. Jahrhundert getroffen wurden, sahen typischerweise entweder die Aufteilung des Kirchenvermögens auf die beiden Gemeinschaften oder – falls die Ressourcen nicht zum Aufbau zweier getrennter Kirchgemeinden ausreichten – die genaue Regelung der gemeinsamen Nutzung des Kirchenguts, unter Einschluss von Kirchengebäuden und Kirchengeräten vor (simultaneum). Darüber hinaus wurden gelegentlich Regelungen hinsichtlich der Besetzung der kommunalpolitischen Ämter sowie der Nutzung des Gemeindeguts durch die beiden Konfessionsgemeinschaften getroffen. Das alltägliche Zusammenleben der zwei Gemeinschaften bot jedoch auch nach den Regelungen zahlreiche Reibungsflächen und stellte für die Zeitgenossen eine problematische kulturelle Grenze dar.
Auf der Ebene der einzelnen Orte bildeten sich höchst unterschiedliche Muster heraus. Rasch und ohne grössere Konsequenzen für die Ausbildung der Konfessionellen Parität vollzog sich 1597 die konfessionelle Teilung von Appenzell. In Glarus kam es vor allem aufgrund der geringen Verankerung der katholischen Elite in den einzelnen Gemeinden nicht zur Kantonsteilung. Auslöser des Glarnerhandels war das Bestreben der reformierten Mehrheit, durch Mehrheitsentscheid die evangelische Konfession verbindlich zu machen. Dies bedeutete einen Bruch älterer Zusagen an die fünf katholischen Orte Luzern, Uri, Schwyz, Unterwalden und Zug. Der Landesvertrag von 1564 sicherte in institutionell noch offener Weise die Koexistenz der beiden Konfessionsgruppen. In den drei Landesverträgen von 1623, 1638 und 1687 erfolgte eine zunehmende Festschreibung des Anteils der beiden Konfessionen an den politischen Ämtern. Ferner kam es zum Aufbau von Gerichtsinstitutionen zur paritätischen Konfliktlösung.
In Graubünden entwickelten sich erste Ansätze zur Konfessionellen Parität in den Auseinandersetzungen um die Reformation in den Vier Dörfern (Fünf Dörfer) zu Beginn des 17. Jahrhunderts. 1613 protestierten katholische Ratsboten gegen Mehrheitsbeschlüsse des Bundstags in dieser Sache und trafen sich dann mehrmals separat. Ein daraus hervorgehendes paritätisch besetztes Religionsgericht konnte in den Folgejahren jedoch kaum etwas bewirken. In den 1640er Jahren entwickelte sich um die Fragen der kirchlichen Zustände in den Vier Dörfern, die Ausweisung der Kapuziner sowie daraus abgeleitet um die Frage der Rechtsqualität der Ilanzer Artikel von 1526 ein neuer intensiver Konfessionskonflikt. Ab 1641 lässt sich deshalb für einige Zeit wieder das Wirken eines paritätischen Schiedsgerichts feststellen, dem allerdings kein Erfolg beschieden war. So fanden ab 1642 regelmässig nach Konfessionen getrennte Sitzungen der Ratsboten statt, die sich mit der Zeit in Anlehnung an die Verhältnisse im Reich als Corpus catholicum bzw. Corpus evangelicum bezeichneten. Eine formelle Institutionalisierung paritätischer Verfahren ist aber nicht bezeugt; in den 1640er Jahren spielte jedoch auch die paritätische Eidgenössische Vermittlung eine wichtige Rolle.
Auf der eidgenössischen Ebene entstand Konfessionelle Parität aus der Frage der eidgenössischen Schiedsgerichtsbarkeit im Glarnerhandel ab der Mitte des 16. Jahrhunderts sowie insbesondere aus dem lange währenden Konflikt zwischen Zürich und dem Fürstabt von St. Gallen unter Beteiligung der fünf Orte um Kollaturrechte und die ehegerichtliche Zuständigkeit in den gemeinen Herrschaften der Nordostschweiz im frühen 17. Jahrhundert (Schiedsgericht). Einen Eckpunkt bildete der Badener Vertrag von 1632. Dieser stipulierte erstmals allgemein, dass von evangelischen Religions- und Glaubenssachen herrührende Streitfragen dem Tagsatzungsmehr zu entziehen und einem Schiedsgericht zu gleichen Sätzen – eben einem paritätischen Schiedsgericht – zu unterwerfen seien. Der Dritte Landfrieden (1656) wies auch die Vorfrage, d.h. den Entscheid darüber, ob eine Frage konfessioneller Natur und damit einem paritätischen Schiedsgericht zu unterwerfen sei oder nicht, der paritätischen Schiedgerichtsbarkeit zu. Der Vierte Landfrieden (1712) entzog für die gemeinen Herrschaften neben den konfessionellen Angelegenheiten auch die hohen Regalien (u.a. das ganze Mandatwesen) sowie die Landes- und Kriegsordnungen dem eidgenössischen Mehr und unterstellte sie der Konfessionellen Parität. Auf lokaler Ebene wurden reformierte Minderheiten rechtlich der katholischen Mehrheit gleichgestellt. Damit war die Konfessionelle Parität sowohl auf lokaler wie auch auf eidgenössischer Ebene voll ausgebildet. Im letzteren Bereich ermöglichte sie für die beiden reformierten Orte Zürich und Bern einen weit über ihren Stimmenanteil hinausgehenden machtpolitischen Einfluss in der Tagsatzung. Da die Konfessionelle Parität im Wesentlichen die Entscheidungsfindung zwischen den fünf Orten einerseits und Zürich und Bern andererseits regelte, kam es in der Eidgenossenschaft trotz häufiger nach Konfession getrennter Zusammenkünfte nicht zur formellen Bildung konfessioneller Corpora wie in Graubünden.
Mit dem Ende des Ancien Régime verschwand die Konfessionelle Parität als staatsrechtliches Konzept (Konfessioneller Friede). In den Kirchgemeinden dauerte jedoch die enge Verzahnung unterschiedlicher Konfessionen fort. Erst der starke Einkommensanstieg im 20. Jahrhundert erlaubte die weitgehende Reduktion von Simultankirchen und den Aufbau getrennter Kirchgemeinden.