Das Domkapitel Basel ist erstmals um 830 in den Verbrüderungsbüchern der Abteien Reichenau und St. Gallen bezeugt. Spätestens ab der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts war die Vita communis aufgehoben, und die Domherren wohnten getrennt vom Bischof in Häusern um das Basler Münster. Das Domkapitel beteiligte sich vom 12./13. Jahrhundert an zunehmend an der Bistumsverwaltung und übte vom 13. Jahrhundert an das Bischofwahlrecht aus (Fürstbistum Basel). Ab 1261 sicherte es sich sein Mitbestimmungsrecht durch Verträge, sogenannte Wahlkapitulationen, zu deren Einhaltung sich jeder Domherr vor der Bischofswahl verpflichtete. Damit suchte das Domkapitel vor allem einer Verschuldung des Bistums vorzubeugen. Die ältesten Statuten stammen von 1289. Das gemischtständische, geschlossene Kapitel zählte 24 Pfründen und ergänzte sich selbst. Dignitäre waren Propst, Dekan, Kantor, Grossarchidiakon, Kustos und Scholaster. 1337 schlossen die Domherren die bürgerlichen Basler vom Zugang zum Kapitel aus, es sei denn, ein Kandidat war väterlicherseits von adliger Abstammung. Die Zahl der Graduiertenpfründen blieb auf fünf beschränkt. Ab 1453 waren 18 Pfründen dem Adel vorbehalten, die übrigen (darunter die Priesterpfründe) standen graduierten Nichtadligen offen. Gemäss den Statuten von 1466 musste ein adliger Kandidat den Nachweis adliger Herkunft aller vier Grosseltern erbringen.
Ein eigenes Siegel des Domkapitels ist erstmals 1183 belegt, eine von den bischöflichen Gütern getrennte Verwaltung der Kapitelsgüter ab 1185 nachzuweisen. Die vom 12. Jahrhundert an fassbaren Besitzungen lagen in Basel und seiner Umgebung (z.B. Benken, Bubendorf), in der Markgrafschaft Baden (z.B. Istein), im Fricktal und vor allem im Oberelsass (z.B. Hüningen, Michelfelden, Hagenthal, Spechbach). Die Verwaltung des eigentlichen Stiftsguts unterstand der ausschliesslichen Leitung des Dompropstes. Daneben bildete sich aber allmählich Kapitelsgut, das dem ganzen Domkapitel oblag. Vom 14. Jahrhundert an lassen sich fünf voneinander getrennte Verwaltungsbereiche unterscheiden, die unter der Leitung eines Schaffners über eine eigene Administration verfügten: die Dompropstei und die Kapitelschaffnei, aus denen die Erträge der Domherrenpfründen ausgerichtet wurden, die Cottidian und die Präsenz, die den Jahrzeiten- und Präsenzgelderfonds betreuten, und die Münsterfabrik, die für den baulichen Unterhalt zu sorgen hatte.
Die Basler Reformation beraubte das Kapitel seiner in und um Basel gelegenen Besitztümer und Einkünfte. Nicht zuletzt deshalb verlegte es 1529 seine Residenz nach Freiburg im Breisgau, um seinen Besitzungen im Oberelsass, Sundgau und Markgräflerland nahe zu sein. Den Chorgang absolvierten die Domherren im Freiburger Münster. Die Hoffnung auf eine baldige Rückkehr nach Basel zerschlug sich, als Fürstbischof Jakob Christoph Blarer von Wartensee 1585 im Vertrag von Baden – den das Domkapitel nicht unterzeichnete – für seine Ansprüche in der Stadt Basel entschädigt wurde.
Im Krieg zwischen dem Kaiser und Ludwig XIV. konfiszierten französische Truppen 1675 die Haupteinkünfte des Kapitels im Elsass und Sundgau. Deren Rückgabe wurde unter der Bedingung einer Rückkehr ins Fürstbistum Basel zugesichert. Im Dezember 1678 übersiedelten die Domherren deshalb nach Arlesheim, wo Fürstbischof Johann Konrad von Roggenbach Kapitelhäuser und 1679-1681 eine Domkirche in frühbarockem Stil erbauen liess. Das Domkapitel gab sich 1681 neue Statuten, die als Eintrittsbedingung für adlige Domherren eine 16er Ahnenprobe (ritterliche Herkunft der Ururgrosseltern) forderten. Mit dieser Bestimmung wurde Schweizern der Zugang erschwert. Die adligen Domherren des 17. und 18. Jahrhundert stammten vor allem aus dem Fürstbistum selbst, dem Elsass und dem Breisgau. Weitere Anforderungen an Kandidaten waren Zeugnisse unter anderem über deutsche Abstammung, geleistete Studien (für Graduierte: Studienabschluss und vierjährige Ausbildung) und erhaltene Tonsur.
Nach der Rückkehr in das Territorium des Fürstbistums Basel beteiligte sich das Domkapitel wieder an der weltlichen Regierung. Zwei Abgesandte befanden sich regelmässig am fürstbischöflichen Hof in Pruntrut. Häufig übertrug der Fürstbischof den Domherren diplomatische Missionen. Gemäss den ab 1575 vollständig vorhandenen Wahlkapitulationen bedurften die Ernennungen der Geheimen Räte, des Kanzlers, des Landhofmeisters und des Obervogts der Ajoie der Zustimmung des Kapitels.
Mit seinen Einkünften – der jährliche Ertrag eines Domherrn belief sich im 18. Jahrhundert auf etwa 1000 Gulden – nahm das Basler Domkapitel in der Reichskirche eine mittlere Stellung ein. Im schweizerischen Vergleich war es von allen Domkapiteln am besten ausgestattet.
Nach dem Einmarsch der Franzosen 1792 in Arlesheim unter Hausarrest gestellt, übersiedelten die Domherren im Frühjahr 1793 erneut nach Freiburg im Breisgau. Nach dem Reichsdeputationshauptschluss (1803) versammelte sich das Domkapitel noch einmal 1814 in Offenburg. Mit dem Wiener Kongress (1814-1815) zerschlug sich die Hoffnung auf eine Wiederherstellung des Basler Fürstbistums. 1828 verzichteten die noch lebenden Domherren darauf, in das neue Domkapitel der Diözese Basel aufgenommen zu werden.