Seit 2020 befinden sich die Akten der Stiftung Historisches Lexikon der Schweiz im Bestand J2.362-01 im Schweizerischen Bundesarchiv (BAR). Damit hat das HLS das letzte Kapitel der Stiftungsgeschichte abgeschlossen. Der Bestand umfasst unter anderem Dokumente zu Projektphase, Stiftungsrat und Zentralredaktion aus dem Zeitraum 1988-2016. Dazu gehören auch 36 zufällig ausgewählte Artikeldossiers – ein Promille aller Artikeldossiers –, die exemplarisch die oft wechselhafte Entstehungsgeschichte der einzelnen Lexikonartikel dokumentieren. Auch andere Bestände des BAR enthalten Informationen zum HLS, z.B. jene des Bundesamts für Bildung und Wissenschaft (1979-2004) und der Schweizerischen Akademie der Geistes- und Sozialwissenschaften.