Politische Gemeinde des Kantons Bern, Amtsbezirk Burgdorf, Verwaltungskreis Emmental. Die weitläufige Gemeinde umfasst die Dörfer Wynigen und Bickigen-Schwanden im Tal und die Weiler Rüedisbach, Kappelen, Mistelberg, Ferrenberg, Breitenegg und Brechershäusern sowie Hofgruppen und Einzelhöfe im Hügelland auf 500-849 m. 1887 wurde Brechershäusern, 1911 Bickigen-Schwanden eingemeindet, 1889 die Exklave Lünisberg an die Gemeinde Ursenbach abgetreten. 1185 Winingen. 1764 1550 Einwohner; 1850 2897; 1880 3085; 1900 2735; 1950 2386; 1980 1827; 2000 2037.
In Wynigen traten ein hallstattzeitlicher Grabhügel auf Füstlenberg, latènezeitliche Grabfunde in Bickigen, das prähistorische Erdwerk Heidenstatt sowie die mittelalterlichen Burgstellen Grimmenstein, Friesenberg und Schwanden zutage. Es gehörte zum zähringischen, ab 1218 kyburgischen Gebiet im 1261-1263 erwähnten officium Gutisberg. Kyburgischer Dienstadel sicherte mit seinen Burgen die Übergänge von Willisau ins Emme-Aaregebiet, so die Herren von Wynigen, die Fries von Friesenberg (12.-14. Jh.) und die Grimmenstein (13.-14. Jh.), die sich im 13. Jahrhundert in Bern (Wynigen, Fries, Grimmenstein) und Thun (Grimmenstein) einbürgerten und im 14. Jahrhundert ausstarben. Ihre Burgen kamen schon vorher an andere kyburgische Ministeriale, so die Burg Grimmenstein an die von Rohrmoos und Friesenberg an die von Mattstetten. Im Burgdorferkrieg 1383-1384 zwischen den Grafen von Kyburg und der Stadt Bern verlor Kyburg seinen Besitz in Wynigen. Bern belagerte die Burgen und zerstörte Friesenberg und eventuell Schwanden. Grimmenstein hingegen wurde übergeben und der Lehnshoheit Berns unterstellt. 1402 musste Kyburg sein Gericht Bickigen-Schwanden an Burgdorf sowie jenes in Wynigen mit der Allmend und den Wäldern Hirseren, Kastel und Waldacker an Petermann von Rohrmoos auf Grimmenstein verkaufen. Ab 1406 unterstand Wynigen in der Grafschaft Wangen der bernischen Landesherrschaft. Im 14. Jahrhundert gab es in Wynigen viele bernische Ausburger, doch gelangte Wynigen 1431 zum Ausburgerbezirk Burgdorf und wurde dorthin steuerpflichtig. 1497 kaufte Bern die Herrschaft Wynigen mit der Burg Grimmenstein, dem Niedergericht Wynigen sowie Wäldern und Höfen und übergab sie 1502 der Verwaltung des bernischen Schultheissenamts Burgdorf.
Die Rechte an der 1275 erstmals erwähnten Kirche Wynigen, die im frühen 16. Jahrhundert neu errichtet und 1671 umgebaut wurde, gehörten dem Haus Kyburg. 1383 kamen sie ans Ursenstift in Solothurn, das die Kirche inkorporierte und 1539 tauschweise Bern übergab. Die in Kappelen gelegene Kapelle (1275 Cappell) der Burg Friesenberg war eine Eigenkirche mit Pfarreirecht und keine Filiale von Wynigen. Sie dürfte mit der 1426-1447 bezeugten Kapelle St. Ulrich im Graben bei Wynigen identisch sein, die nach der Reformation einging.
Das mittelalterliche Zelgdorf Wynigen, ohne Bickigen und Höfe, hatte Weidenutzung in den Herrschaftswäldern (1502). 1503 teilten die Bauersamen von Wil, Alchenstorf und Wynigen ihre Allmend, wodurch sie die westliche Gemeindegrenze festlegten. Einschläge in der Allmend mussten der Obrigkeit mit Urteil von 1521 und 1658 verzinst werden. 1520 fanden Rodungen im Kastelwald, 1574 im Eichwald statt, 1627 entstand eine Zelg am Mieschberg. 1771-1772 gerieten die Bauern und Tauner um die Aufteilung der Allmend in Streit, die 1815 endgültig vollzogen wurde. Alle grossen Einzelhöfe mit Getreidebau und Viehwirtschaft sind schon im 13. und 14. Jahrhundert bezeugt. Das dörfliche Handwerk war zum Teil grossräumig organisiert, so 1578 in der oberaargauischen Schneiderorganisation. Trotz guter Verkehrslage an der Landstrasse Burgdorf-Langenthal und der 1857 eröffneten Station der Bahnlinie Olten-Bern sowie Gewerbe fasste die Industrie in Wynigen nie richtig Fuss. Entweder wanderten Firmen wie die mechanische Werkstätte Aebi nach Burgdorf oder eine Bisquitfabrik nach Hindelbank ab, oder sie gingen wie eine Bierbrauerei, Mosterei und Weichkäserei wieder ein. Die 1930 gegründete Spar- und Leihkasse Wynigen existiert nach wie vor. Die Landwirtschaft im Hügelland stellte zuerst auf Milchwirtschaft um mit Käsereien in Friesenberg, Breitenegg und Wynigen. Die Gemeinde umfasste die Schulkreise Dorf Wynigen mit der 1835 gegründeten Sekundarschule, Kappelen, Mistelberg und Rüedisbach. Sinkende Schülerzahlen führten ab 2007 zur Zentralisation des Schulbetriebs im Dorf Wynigen und in Kappelen.