Politische Gemeinde des Kantons Zug und Dorf zwischen Reuss, Lorze und Zugersee. 1173 de Hunberg (Fälschung), 1185 de Hunoberg, 1239 de Hunaberc. 1771 812 Einwohner; 1850 1032; 1900 943; 1950 1409; 1970 1819; 1980 4105; 2000 6987.
Eine jungsteinzeitliche Siedlung lag bei Chämleten am Zugersee (Horgener Kultur), ein alemannisches Gräberfeld beim Hof Marlachen. Im Frühmittelalter gehörte das Gemeindegebiet wohl zum karolingischen Königshof in Cham, der 858 an das Zürcher Fraumünster überging. Einzelne Rechte und Güter besassen im Hoch- und Spätmittelalter die Klöster Schänis, Muri, Kappel, Frauenthal und Eschenbach. Die grösste Bedeutung hatten die Herren von Hünenberg mit ihrer gleichnamigen, als Ruine erhaltenen Stammburg, welche im 13. und 14. Jahrhundert als Lehensträger der Herren von Rüssegg und der Habsburger eine starke regionale Position aufbauen konnten. 1414 und 1415 verkauften sie ihre Güter und Rechte im Twing Hünenberg an die Gemeinde, die sich aus Nutzungsverbänden innerhalb des Niedergerichts herausgebildet hatte. 1416 schlossen die Twingleute ein Burgrecht mit der Stadt Zug, das ihnen viel Autonomie verschaffte (eigene Vogtwahl, Gericht mit Untervogt und Vierern), aber langfristig in die Abhängigkeit führte. Konflikte zwischen den Gemeindeteilen Ober- und Unterhünenberg sowie zwischen Genossen und Beisassen, deren Streit um Nutzungsrechte erst 1816 beigelegt wurde, ermöglichten der Stadt Zug den Ausbau ihrer Stellung. Ein Streit um die gerichtliche Autonomie der Vogtei führte Anfang des 18. Jahrhunderts zum sogenannten Vogthandel, einer schweren Krise zwischen Stadt und Amt Zug. 1640-1641 baute die Stadt Zug die als Verbindung ins Freiamt verkehrsgeografisch und militärisch wichtige, mit einer Zollstätte verbundene Sinser Reussbrücke. Das aus Weilern und Einzelhöfen bestehende Hünenberg besass bis ins späte 20. Jahrhundert kein Zentrum. Kirchlich gehörte Hünenberg bis 1975 zur katholischen Pfarrei Cham, die 1798 zur Grundlage der Munizipalitätsgemeinde Cham-Hünenberg wurde. 1799 trennte sich Hünenberg von dieser, ist aber bis heute ein Teil der gleichnamigen katholischen Kirchgemeinde. Politische Mitte der Vogtei und der neuen Gemeinde war das sogenannte Gesellenhaus zur Wart. Der Weiler St. Wolfgang, zugleich eine Kaplanei, war bis 1934 eine Exklave der Stadt Zug.
Ab 1866 führte die Nachfrage der Kondensmilchfabrik in Cham zu einer Ausdehnung der Milchwirtschaft in der bisher vom Ackerbau geprägten Gemeinde. Bis in die zweite Hälfte des 20. Jahrhunderts blieb Hünenberg eine stagnierende, bäuerliche Gemeinde, die 1900 nicht mehr Einwohner hatte als 100 Jahre zuvor. Noch 1965 zählten fast drei Fünftel der Arbeitsplätze zur Landwirtschaft, deren Anbaufläche in der grossen Reussverbauung der 1910er und 1920er Jahre erweitert worden war. In den 1970er Jahren setzte ein rascher Strukturwandel ein (Autobahnanschluss 1979). 1970-1980 wuchs die Bevölkerung um 125%, die Zahl der Arbeitsplätze verdoppelte sich fast, jene der Pendler stieg auf mehr als das Dreifache. Das Wirtschaftswachstum hielt in den folgenden Jahrzehnten an, und zwar sowohl im industriell-gewerblichen wie im Dienstleistungsbereich. 2004 erfolgte der Anschluss an die Stadtbahn Zug.