Politische Gemeinde des Kantons Schaffhausen, Hauptort des Bezirks Oberklettgau. Musterbeispiel für eine planmässige Stadtgründung des 13. Jahrhunderts, heute mit einem Ortsbild von nationaler Bedeutung. 850 Niuchilchun. Um 1300 ca. 170 Einwohner; 1530 460 (92 Häuser); 1798/1799 1087 (140 Häuser); 1850 1640; 1900 1206; 1950 1217; 2000 1722.
Funde in Brühlhof aus der Urnenfelderzeit deuten auf eine Landsiedlung mit kleinrassigen Pferden hin. Eine Siedlung in Staagli datiert in die frühe Bronzezeit. Auf dem Vorderhäming südöstlich des Orts befand sich eine hallstattzeitliche Höhensiedlung, in Tobeläcker eine späthallstattzeitliche Grubensiedlung. In Rietwiesen stand ein römischer Gutshof. Ein alemannischer Friedhof fand sich beim Kirchhügel, die karolingische Kirche stellte vermutlich den Kern einer früheren Siedlung auf dem Hügel dar.
Im Mittelalter gehörte Neunkirch zur Herrschaft der Herren von Krenkingen. Die Klöster Allerheiligen und Katharinenthal sowie die Bischöfe von Konstanz verfügten über Besitz, 1122 wird ein bischöflich-konstanzischer Vogt erwähnt. Ab Mitte des 13. Jahrhunderts erwarb Bischof Eberhard von Waldburg ein bischöflich-konstanzisches Territorium zwischen dem Randen und den Flüssen Rhein und Aare. 1254 und 1260 kaufte er für insgesamt 350 Mark Silber die Vogtei Neunkirch von den Herren von Krenkingen und gründete unmittelbar nach 1260 das heutige Städtchen als militärischen Stützpunkt seiner Klettgauer Besitzungen. Auf einem Rechteck von 256 x 138 m entstanden die Stadtmauern, an die innen die Häuser angebaut wurden. Vorgelagert war ein Graben, der zumindest auf der Südseite Wasser führte. Dendrodatiert sind Kernbauten an der Innenseite der Stadtmauer, unter anderem das Haus Zum Winkel (1277) und das Haus an der Oberhofgasse 99 (1263). Bereits um 1300 zeigte sich ein städtisches Gepräge: belegt sind Lehrer, Schulpfründe, Leutpriester, die Einwohner werden als cives bezeichnet. Neunkirch besass ein Spital und ein Sondersiechenhaus. Die ungefähr von Osten nach Westen verlaufende Vordergasse bildet die Hauptachse. Das Obertor stammt von 1574 und enthält Inschriften von Wein- und Kornpreisen, das Untertor wurde 1472 erbaut, 1825 nach einem Brand geschleift. In der Mitte der Vordergasse lag zunächst das 1508 erwähnte Rathaus, bis 1568 das Gemeindehaus erstellt wurde. Der bischöfliche Dinghof in der Nordostecke wurde 1330 bezeugt, vor 1436 erfolgte der Ausbau zum Schloss, das in Neunkirch Oberhof genannt wird.
Die Offnung von 1330 hielt die Rechte und Pflichten der Bürger fest und beschrieb die Grenzen des Orts. Zwar erscheint erstmals die Bezeichnung Stadt, doch handelte es sich nicht um ein freies Stadtbürgertum, da sich die Rechte kaum von denjenigen anderer Hofhöriger unterschieden. Mit der Gründung von Neunkirch ist eine Reihe von Siedlungen im Umkreis aufgehoben worden, unter anderen Ergoltingen. Dieses 1093 erstmals erwähnte Bauerndorf gehörte ab 1317 zur Hälfte dem Kloster Allerheiligen; diese Ansprüche wurden jedoch von Neunkirch bestritten. 1415 folgte die Bestätigung der Neunkircher Rechte durch König Sigismund. 1497 traten die Grafen von Sulz dem Bischof die hohe Gerichtsbarkeit zu Neunkirch, Unter- und Oberhallau ab. Mitte des 15. Jahrhunderts kam es zur Annäherung an die Eidgenossen, die während des Schwabenkriegs 1499 die Stadt aber trotzdem besetzten und brandschatzten. 1525 verkaufte Bischof Hugo von Landenberg Neunkirch zusammen mit Hallau für 8500 Gulden an die Stadt Schaffhausen. Neunkirch wurde zu einer Schaffhauser Obervogtei, die rechtlich bis 1798 Bestand hatte. Die Offnung von 1568 regelte das Verhältnis von Neunkirch zur Stadt Schaffhausen. Dem Städtchen fehlten – ausser der Ummauerung – alle Merkmale der mittelalterlichen Stadt, insbesondere das Marktprivileg. Die Einwohner waren gezwungen, den Wochenmarkt in Schaffhausen zu benutzen. In den 1790er Jahren wurden verschiedene Petitionen diesbezüglich an den Rat in Schaffhausen abschlägig behandelt, erst 1795 wurden zwei eintägige Jahrmärkte in Neunkirch bewilligt. Am Neujahrstag 1798 hob der Rat in Schaffhausen die Leibeigenschaft auf, trotzdem ging am 1. Februar 1798 die Initiative zum Umsturz des Schaffhauser Stadtstaates von Neunkirch aus: Auf dem sogenannten Kongress zu Neunkirch nötigten 22 Gemeinden den Schaffhauser Rat, die Freiheit und Gleichheit von Stadt und Land zu proklamieren, worauf der letzte Landvogt Neunkirch verliess.
Die Bergkirche ausserhalb des heutigen Städtchens wurde im 12. Jahrhundert auf dem karolingischen Vorgängerbau erstellt. 1155 wird sie urkundlich erwähnt (Patrozinium: Maria), die Glocke stammt von 1299. Die Stadtkirche St. Johann, welche auf die erste Bauphase zurückgeht, war Filialkirche der Bergkirche. 1529 führte Schaffhausen die Reformation durch. Mit der neuen Gewerbe- und Niederlassungsfreiheit stiegen die Bevölkerungszahlen zu Beginn des 19. Jahrhunderts zunächst, doch die Wirtschaftskrise von 1848 zwang viele Einwohner auszuwandern. Allein 1852 emigrierten 46 Personen nach Amerika. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts wurde die Infrastruktur kontinuierlich ausgebaut: Ab 1840 gab es einen täglichen Postverkehr nach Schaffhausen, 1844 wurde eine unterirdische Wasserleitung gebaut, 1860-1863 entstand die Eisenbahnlinie Waldshut-Konstanz der grossherzoglich-badischen Eisenbahn sowie das Telegrafenbüro, 1909 folgte die Elektrifizierung. Allerdings vermochten die neuen Transport- und Kommunikationsmittel nur wenig Industriebetriebe anzuziehen. Bis nach dem Zweiten Weltkrieg hatte sich Neunkirch – trotz Zentrumsfunktion – kaum über den mittelalterlichen Stadtkern hinaus entwickelt. Grund dafür war die schwierige Beschäftigungssituation: Die Landwirtschaft bot kaum noch Auskommen, die kleinen industriellen Betriebe konnten die Nachfrage nach Arbeitsplätzen kaum decken. Erst in den 1950er Jahren siedelten sich neue Fabriken an und Einfamilienhausquartiere ausserhalb des Stadtkerns entstanden. 1996 wurde ein neues Einkaufs- und Verwaltungszentrum beim Bahnhof eröffnet.