Politische Gemeinde des Kantons Genf, am linken Rhoneufer, 1793 unter dem Namen Bernex-Onex-Confignon gebildet, 1850 von Onex und Confignon getrennt. Die Gemeinde umfasst Bernex sowie die Weiler Chèvres, Loëx, Lully, Sézenove und die Wüstung Vuillonnex. 1256 Brenay. 1860 986 Einwohner; 1900 1004; 1960 1679; 1970 3870; 1980 8055; 2000 9076.
1968 kamen im Gebiet En Saules ein römischer Gutshof (1.-2. Jh.) und Pfostenlöcher von frühmittelalterlichen Hütten zum Vorschein. Die erste nachweisbare, dem heiligen Matthäus geweihte Kirche (erster Bau frühmittelalterlich) lag in Vuillonnex und war ab dem 12. Jahrhundert Sitz eines Dekanats der Diözese von Genf. Die Pfarrkirche Saint-Maurice in Bernex ist seit dem 13. Jahrhundert belegt. Im 14. Jahrhundert übten verschiedene Vasallen der Grafen von Genf (u.a. de Lully, de La Naz, de Confignon) Rechte im Gebiet von Bernex aus. Eine Dorfgenossenschaft mit gewissen Freiheiten formte sich im 14. und 15. Jahrhundert. Nach dem Aussterben der Grafen von Genf gingen deren Herrschaftsrechte in der Gegend von Bernex 1401 an die Grafen und späteren Herzöge von Savoyen über. 1536 eroberte Bern Teile der ehemaligen Grafschaft Genf und führte dort die Reformation ein. Bis 1567, als der Lausanner Vertrag (1564) in Kraft trat, gehörte Bernex zur bernischen Landvogtei Ternier. Gemäss diesem Abkommen erstattete Bern dem Herzog von Savoyen die besetzten Gebiete teilweise zurück. Eine Klausel sah aber vor, dass der reformierte Gottesdienst dort, wo er eingeführt worden war, weiter bestehen sollte. 1589 widerrief Karl Emmanuel von Savoyen den Vertrag, und es wurde in Bernex ein katholischer Priester eingesetzt. Trotz zahlreicher Übertritte zum katholischen Glauben konnte sich in Bernex der reformierte Gottesdienst halten, wenn auch nur mit Mühe und Unterbrüchen. 1600 wurden die katholischen Pfarreien Bernex, Confignon und Vuillonnex zusammengefasst. Schon 1617 besass die Kirche von Confignon wieder einen Pfarrverweser. Während der Turiner Vertrag (1754), der die Gerichtsbarkeit über die dem Priorat Saint-Victor sowie dem Domkapitel Saint-Pierre gehörenden Gebiete regelte, für Bernex kaum Folgen hatte, brachte die Annexion Savoyens durch Frankreich 1793 die Entstehung der Gemeinden Bernex-Onex-Confignon. 1816 kam Bernex zum Kanton Genf.
Ab 1889 brachte die Tramlinie Genf-Bernex die Gemeinde der Stadt näher (1961 durch Busse ersetzt). Das 1896 erstellte Wasserkraftwerk Chèvres wurde 1943 durch jenes von Verbois ersetzt. 1899 erfolgte die Gründung der kantonalen Anstalt für unheilbar Kranke (Maison de Loëx). Im Jahrzehnt nach dem Zweiten Weltkrieg führte die starke Bevölkerungszunahme der Stadt Genf zu Wohnungsnot; ihr begegnete man mit dem Bau von Wohnblocks zunächst an der Stadtperipherie, später auch in den Gemeinden des Umlands. Im Zuge dieser Entwicklung wurde in Bernex ab 1959 Agrarland der Bauzone für niedrige Gebäude zugewiesen. 1960-1980 nahm die Einwohnerzahl um fast 400% zu. Angesichts dieses Wachstums erliessen die Behörden 1979 ein Baureglement, das darauf abzielte, der Ortschaft ihre bauliche Geschlossenheit und möglichst viel Grünfläche zu erhalten. Trotz der schnellen Verstädterung, einer fortgeschrittenen Tertiarisierung und der Entwicklung zur Wohngemeinde (1990 80% Wegpendler) ist Bernex viertgrösste Rebbaugemeinde Genfs geblieben (Rebberge zum Teil im Besitz des Staats Genf) und hat seinen ländlichen Charakter bewahren können. Noch immer machen landwirtschaftliche Nutzfläche (Getreide, Gemüse, Raps) und Wald 64% bzw. 19% des Gebiets der drittgrössten Gemeinde des Kantons aus.