Politische Gemeinde des Kantons Genf, links des Sees an der Grenze zu Frankreich gelegen, umfasst die Ortsteile Thônex, Bel-Air, Fossard, Moillesulaz, Petit-Thônex und Villette. 1225 Tonnay. 1443 180 Einwohner (auf dem heutigen Gemeindegebiet); 1550 80; 1698 110; 1768 230; 1801 700; 1870 532; 1900 1051; 1950 1953; 2000 12'141; 2010 13'315; 2020 14'064.
Funde aus der Jungsteinzeit, Grabstätte aus der jüngeren Eisenzeit, Aquädukt aus dem 1. Jahrhundert n.Chr. Ab der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts war Thônex Teil des savoyischen Mandements Gaillard. 1536 eroberten die Berner die Region, die erst wieder 1567 an Savoyen fiel. 1615-1792 unterstand Thônex gerichtlich dem Grafen von Rossillon. Im 18. Jahrhundert bildete Thônex zusammen mit Villette und Fossard den Verband der Trois-villages, dessen kommunale Geschäfte vom Kirchgemeinderat verwaltet wurden. Infolge der Annexion durch Frankreich entstand 1792 die Gemeinde Chêne-Thônex, die der Vertrag von Turin 1816 mit Ausnahme der linksufrigen Gebiete des Foron Genf zusprach. 1869 wurde sie wegen politischer und religiöser Differenzen während des Kulturkampfs in die zwei Teile Chêne-Bourg und Thônex geteilt. Im Mittelalter gehörte der Weiler Thônex zur gleichnamigen Grosspfarrei, die das Dorf Chêne, den Marktflecken Gaillard sowie die Weiler Vallard und Vernaz umfasste. Die Fundamente der 1412 erstmals erwähnten Kapelle Saint-Nicolas blieben unentdeckt. Die Kirche Saint-Pierre wurde im 10. Jahrhundert errichtet und später mehrmals erweitert; 1707 erfolgte ein Neubau. Die Reformation wurde zwar 1536 eingeführt, doch kehrte die Gemeinde nach ihrer Rückgabe an Savoyen zum Katholizismus zurück. Ab dem 16. Jahrhundert besassen viele Genfer Grundstücke in Thônex, das durch drei häufig über die Ufer tretende Flüsse gut bewässert war und zahlreiche Wiesen und Sumpfgebiete aufwies. Der starke Durchgangsverkehr, der bereits im 18. Jahrhundert einsetzte, begünstigte das Wachstum des Weilers Moillesulaz und seine Entwicklung zum Strassendorf. Die psychiatrische Klinik Bel-Air wurde 1900 eröffnet. Sie wurde später dem Universitätsspital von Genf angegliedert (Kliniken Bellé-Idée, Chêne-Bourg und in Thônex). Vom Zweiten Weltkrieg an entwickelte sich Thônex zum Genfer Wohnvorort.