Ehemalige politische Gemeinde des Kantons Zürich, 1893 in die Stadt Zürich eingemeindet. Hofsiedlungen und Vorstadt am Abhang des Zürichbergs, seit dem 19. Jahrhundert Villenquartier. Um 1000 Flobotisreine (unsicher), um 1150 Fluentrin. 1637 312 Einwohner; 1762 640; 1800 365; 1836 1236; 1880 3280; 1900 3984; 1960 9775; 1990 7040, 2000 7267.
Wohl ursprünglich Bestandteil der 1218 aufgelösten Reichsvogtei Zürich, bildete Fluntern den Kern der Grundherrschaft des Grossmünsterstifts, das auch die niederen und hohen Gerichte besass. Nur wenige Güter waren von der Gerichtsbarkeit des Grossmünsters exemt. Die Besiedlung folgte in etwa der Ausfallstrasse auf den Zürichberg, die 1585 erneuert wurde. Sitz des Henkers war der Witingerhof oder die Weibelhube, wo "Schlegel und Barte" als Gerichtssymbole hingen. Fluntern war auch für die übrigen Dörfer und Höfe des Grossmünsters Gerichtsstätte. Nach der Reformation ging die Gerichtskompetenz über Fluntern an den Zürcher Rat. 1127 wurde das regulierte Chorherrenstift St. Martin auf dem Zürichberg gegründet, das in der Reformation aufgehoben wurde. Kirchlich war Fluntern fest mit dem Grossmünster verbunden. 1614 wurde es der Kirchgemeinde Predigern zugeteilt. 1762 erfolgte der Bau des Bethauses. 1893 wurde Fluntern selbstständige Kirchgemeinde; die Kirche datiert von 1920. Die katholische Pfarrei St. Martin wurde 1940 geschaffen.
Offnungen des 14. und 15. Jahrhunderts sind lateinisch und deutsch in den Grossmünsterquellen aufgezeichnet. Sie geben unter anderem Auskunft über die Beziehungen zwischen Grundherren und Bauern: So mussten die Leute von Fluntern die verstorbenen Chorherren zur Kirche tragen und sich an Totenwache und Grabvisitationen beteiligen. Die Gemeindebildung wurde 1408 mit der Zuteilung Flunterns zu den Vier Wachten gefördert. Das im 16. Jahrhundert erwähnte Gemeindehaus mit Trinkstube wurde 1836 veräussert. Nach der Schleifung der Schanzen 1833 wandelte sich zunächst nur das Plattenquartier mit dem neuen Kantonsspital (1842) zur städtischen Siedlung, während man im übrigen Gebiet Flunterns 1850 noch 56 Landwirte zählte. Reiche Stadtbürger hatten schon früh einzelne Landsitze angelegt (1513 Susenberg des Apothekers Anton Klauser), doch die Überbauung des Zürichberghangs mit Villen setzte erst im letzten Viertel des 19. Jahrhunderts ein. 1895 wurde die Zentrale Zürichbergbahn in Betrieb genommen, die seit 1905 der Stadt gehört. Da sich die Gemeinde zusehends nach Zürich orientierte, befürwortete sie 1893 mit Zweidrittelsmehrheit ihre Eingemeindung in die Stadt. Die Zunft Fluntern besteht seit 1895, der Quartierverein seit 1898. Wegen der Nähe zum Zürcher Hochschulquartier siedelten sich zahlreiche Forschungsanstalten wie zum Beispiel das Physikgebäude der ETH (1890) und die Schweizerische Meteorologische Anstalt (1949) in Fluntern an. Der Zoologische Garten wurde 1929 eröffnet.