Ab 1511 war Kuba eine spanische Kolonie. 1898 trat Spanien die Insel an die USA ab, welche 1902 die teilsouveräne Republik Kuba mit Interventionsrecht der USA errichteten. Nach einem mehrjährigen Guerillakrieg übernahm die kommunistische Partei unter Fidel Castro 1959 die Macht. Das sozialistische Kuba wurde als Satellit der Sowjetunion von den westlichen Staaten unter Führung der USA boykottiert.
Kuba gehörte bereits im 19. Jahrhundert zu den Exportdestinationen schweizerischer Handelshäuser. 1827 verlangte der Kanton St. Gallen von der eidgenössischen Tagsatzung, dass auf Kuba ein Konsulat errichtet werde. Aber erst der Bundesstaat eröffnete 1865 ein Honorarkonsulat in Havanna, das 1876 während des Ersten Kubanischen Unabhängigkeitskriegs geschlossen und 1918 erneut eröffnet wurde. 1935 wurde es zum Generalkonsulat, 1951 zur Gesandtschaft, 1957 zur Botschaft erhoben. Während des Zweiten Weltkriegs hatte die Schweiz Schutzmachtmandate für Kuba in Deutschland, Frankreich, Italien und Japan inne, de facto auch in Belgien und der Tschechoslowakei. Als Folge der Kubanischen Revolution von 1959 vertrat die Schweiz in Kuba die Interessen zahlreicher amerikanischer Staaten. So nahm die Schweiz ab 1961 die Interessen der USA in Kuba und ab 1991 auch jene Kubas in den USA wahr, bis die beiden Länder 2015 die diplomatischen Beziehungen wieder aufnahmen.
Bis Anfang der 1860er Jahre entwickelte sich der Export nach Kuba günstig (v.a. Uhren, Käse, Manufakturen). Die Wirtschaftsdepression Kubas in den 1860er Jahren und die darauffolgenden Jahrzehnte der Unabhängigkeits- und Bürgerkriege halbierten jedoch die schweizerische Ausfuhr. Erst Anfang des 20. Jahrhunderts begann Kuba, das nun de facto ein US-Protektorat war, sich wirtschaftlich zu erholen und als Absatzmarkt für Schweizer Exporte (v.a. Textilien) wieder attraktiv zu werden. Obschon der Handel gegen Ende der 1920er Jahre abflaute, eröffnete 1929 der Nestlé-Konzern eine Dosenmilchfabrik auf Kuba, die 1960 verstaatlicht wurde. Um die wirtschaftlichen Beziehungen zu beleben, war die Schweiz am Abschluss eines Handelsvertrags mit Meistbegünstigungsklausel interessiert. Dieser kam aber erst 1954 zustande, nachdem es 1935 nur zu einer Übereinkunft die Minimalzolltarife betreffend gekommen war. Der Handel zwischen der Schweiz und Kuba gedieh auch nach 1959. Die Schweiz lieferte zur Hälfte Chemikalien und pharmazeutische Produkte, Kubas Exporte bestanden zu zwei Dritteln aus Tabak. In den 1980er Jahren entwickelte sich die Schweiz infolge des Handelsembargos der USA gegen Kuba zum bevorzugten Standort amerikanischer Tochterfirmen, die von hier aus ihre Geschäftsbeziehungen mit Kuba aufrechterhielten. Seit 1997 besteht zwischen der Schweiz und Kuba ein Investitionsschutzabkommen.
Die Zahl der in der Schweiz lebenden kubanischen Staatsangehörigen ist insbesondere seit den 1990er Jahren stark angestiegen, von 91 (1990) auf 1062 Personen (2001). Die Schweizer Kolonie in Kuba wuchs von weniger als 50 Personen 1865 bis in die 1950er Jahre auf annähernd 200 an, um dann in den 1960er Jahren auf unter 100 zu sinken. Im Jahr 2001 lebten 129 Schweizer Bürgerinnen und Bürger auf Kuba. Insbesondere seit den 1980er Jahren wird ein kultureller Austausch gepflegt (Film, Literatur, Theater). Dieser wird unter anderen von der Vereinigung Schweiz-Cuba gefördert. Die seit 1992 bestehende Organisation MediCuba liefert von der Schweiz aus Technologie für die kubanische pharmazeutische Industrie, um das Gesundheitswesen in Kuba zu erhalten. Für einen Teil der Schweizer Linken haben die sozialistische Gesellschaft Kubas und die charismatischen Figuren der Kubanischen Revolution, Fidel Castro und Che Guevara, bis in die Gegenwart Vorbildcharakter.