Als einer der bevölkerungsreichsten und grössten Staaten der Erde umfasst der äquatoriale Inselstaat Indonesien unter anderem Kalimantan (Borneo), Sumatra (Aceh), Sulawesi (Celébes), Java und einen Teil der Insel Neuguinea. Die Kolonialisierung Indonesiens setzte 1511 nach der Eroberung Malakkas durch die Portugiesen ein. Nach der Gründung der Vereinigten Ostindischen Companie 1602 lösten die Holländer die Portugiesen sukzessive ab. Es gelang ihnen, das Monopol über den indonesischen Handel zu erzwingen und bis ins 19. Jahrhundert das ganze Land unter ihre Kontrolle zu bringen. Unter der japanischen Besetzung (1942-1944) brach die holländische Kolonialmacht zusammen. 1945 wurde die Republik ausgerufen, 1949 anerkannten die Niederlande die Unabhängigkeit Indonesiens. 1975 annektierte es Osttimor, das portugiesisch geblieben war. Die formelle Unabhängigkeit Osttimors erfolgte nach einer militärischen UNO-Intervention im Mai 2002.
Die ersten Schweizer hielten sich ab dem 17. Jahrhundert als Söldner, Forscher und Kaufleute in Indonesien auf. Aus dem 19. Jahrhundert sind zahlreiche Reiseberichte überliefert: Der in holländischen Diensten stehende Josef Jakob Xaver Pfyffer veröffentliche 1829 seine völkerkundlichen «Skizzen von der Insel Java», der Naturwissenschaftler Heinrich Zollinger 1850 einen Bericht über die Insel Sumba. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts betrieben die Basler Paul Benedikt und Fritz Sarasin in Indonesien ethnografische Forschungen. Die Kultur Indonesiens überragend dargestellt hat der Luzerner Renward Brandstetter, der Untersuchungen über Sprache, Literatur und die geistige Kultur Indonesiens anstellte.
Bereits im 17. und 18. Jahrhundert liessen sich zahlreiche Schweizer in Indonesien nieder. 1863 wurde in Batavia (heute Jakarta) ein Schweizer Konsulat eröffnet. 1930 lebten 673 Auslandschweizer in Indonesien, 1968 waren es nur noch 118, 2005 494 (davon 210 Doppelbürger). Die Mehrzahl der Schweizer lebt heute in oder um Jakarta und ist in einer ausländischen Firma oder in der Hotellerie tätig.
Während des Zweiten Weltkriegs vertrat die Schweiz die niederländische Interessen in den von Japan besetzten Gebieten Südostasiens. Die Anerkennung Indonesiens durch die Schweiz erfolgte nach der Verleihung der Unabhängigkeit durch die Niederlande 1949. In Bern wurde 1951 eine indonesische Gesandtschaft eröffnet, die Schweiz errichtete 1952 eine Gesandtschaft in Jakarta.
Im Juni 1956 besuchte Staatspräsident und Staatsgründer Achmad Sukarno die Schweiz. Unter seinem Regime erreichten die Beziehungen Indonesiens zur Schweiz und allen anderen westlichen Staaten einen Tiefpunkt. Erst der Ausbau des Programms der technischen Hilfe 1971 und der zweite Staatsbesuch eines indonesischen Staatsoberhaupts 1972, von General Suharto, führten zu einer Verbesserung des Verhältnisses zwischen Indonesien und der Schweiz. Letztere anerkannte die Annexion Osttimors durch Indonesien nicht an. Bis 1997 blieb Indonesien jedoch ein Schwerpunktland der schweizerischen Entwicklungszusammenarbeit, die vor allem städtische Projekte und die Förderung der Berufsbildung umfasste. Mehrmals kritisierten Vertreter des Bundesrats und des Parlaments in den 1990er Jahren die Menschenrechtslage in Indonesien und Osttimor. In den 1990er Jahren entwickelte sich Indonesien (v.a. Bali) zunehmend zu einer beliebten Feriendestination für Schweizer Touristen. 2004 hat eine Flutwelle in Aceh (Insel Sumatra) Tausende von Toten und Verletzten gefordert und schwere Schäden angerichtet. Die Schweiz beteiligt sich mit humanitären Projekten am Wiederaufbau der gleichzeitig von einem Bürgerkrieg heimgesuchten Provinz Aceh und unterstützt den Friedensprozess.
1971 schloss die Schweiz mit Indonesien ein erstes Abkommen über die technische Zusammenarbeit ab, dem 1985 und 1991 weitere folgten. 1974 kam ein Investitionsschutzabkommen und 1979 ein Kreditabkommen zu Stande. Die Handelsbeziehungen mit Indonesien fussen bis heute auf einem Abkommen aus dem Jahr 1954. Die Beziehungen zu Indonesien intensivierten sich vor allem ab den 1990er Jahren. Die Schweiz exportierte 1970 für 31,1 Mio. Franken Güter nach Indonesien, 1995 für 455,1 Mio. Franken und 2003 noch für 289,4 Mio. Franken. Sie importierte 1970 Waren im Wert von 46,1 Mio. Franken aus Indonesien, 1995 für 116,3 Mio. Franken und 2003 für 167,1 Mio. Franken (2001 für 213,8 Mio. Franken). Als Herkunftsland von Investoren stand die Schweiz Ende 1997 unter den europäischen Ländern an vierter, weltweit an achtzehnter Stelle (1,4 Mrd. Dollar).