7.9.1844 Appenzell, 27.1.1890 Appenzell, katholisch, von Appenzell (Rhode Lehn). Sohn des Johann Baptist Floridus (->). Bruder von Anton Albert (->) und Josef Anton Alois (->). 1876 Wilhelmina Sutter, Tochter des Johann Benedikt, Kirchenpflegers. 1857-1862 Mittelschule in Feldkirch und Schwyz, 1863-1865 Studium der Rechtswissenschaften in München, Heidelberg und Zürich. Nach dem Tod seines Vaters Übernahme der elterlichen Betriebe. Ab 1866 Innerrhoder Kleinrat und somit auch Grossrat, 1870-1873 Hauptmann der Rhode Lehn, 1873-1874 und 1875-1877 Kantonsgerichtspräsident, 1874-1875 Statthalter (und Verhörrichter), 1877-1890 Landammann, 1869-1875 und 1877-1890 katholisch-konservativer Ständerat. Johann Baptist Emil Rusch war massgeblich am Entstehen der Kantonsverfassung von 1872 beteiligt. 1872 gründete er die Ländliche Feuerversicherung, 1879 die Ländliche Spar- und Leihkasse. Ab 1872 trieb er den Bau einer Eisenbahn von Urnäsch nach Appenzell voran. Von 1876 bis zu seinem Tod redigierte er den "Appenzeller Volksfreund". 1879 schuf er den Historischen Verein und damit das heutige Museum Appenzell. 1866-1890 amtierte Rusch als erster Landesarchivar des Kantons Appenzell Innerrhoden. Er entdeckte 1867 das sogenannte Landbuch von 1409, eine um 1540 entstandene Abschrift, und publizierte es 1869. Mit Gustav Muheim zählt er zu den geistigen Vätern des Schweizerischen Landesmuseums. Johann Baptist Emil Rusch verfasste zahlreiche volkswirtschaftliche, landesgeschichtliche und literarische Studien.