Nach der Unabhängigkeit von Spanien 1821 war E. 1823-40 Teil der Zentralamerikan. Föderation, 1841 wurde die Republik proklamiert. Zerrissen von inneren Machtkämpfen wurde E. ab 1931 wiederholt von Militärmachthabern beherrscht. Mit der Verfassung von 1983 wurde das Land eine zentralistische präsidiale Demokratie.
Für Schweizer Handelsinteressen und Auswanderer war E. in den ersten Jahrzehnten seiner Unabhängigkeit kein attraktives Ziel. Erst mit dem Aufschwung der Kaffeewirtschaft begann sich in den 1870er Jahren eine kleine Schweizer Kolonie anzusiedeln. 1883 schlossen E. und die Schweiz einen Freundschafts-, Niederlassungs- und Handelsvertrag. 1913 ernannte der Bund den ersten Honorarkonsul in San Salvador. 1920 wurde das Konsulat nach San Miguel verlegt, wo sich inzwischen einige Schweizer als Kaffeepflanzer etabliert hatten. 1948 wurde der Posten wieder in der Hautpstadt San Salvador angesiedelt, 1959 zum Generalkonsulat und 1968 zur Botschaft erhoben. Diese wurde Ende der 70er Jahre in den Bürgerkrieg zwischen der linksgerichteten Guerilla und der Armee verwickelt. Die Ermordung von Hugo Wey, Geschäftsträger in San Salvador, führte 1979 zur Schliessung der Botschaft. Erst 1982 eröffnete der Bund wieder eine Vertretung in Form einer Konsularagentur (seit 1997 Honorargeneralkonsulat).
Zur Verbesserung der Handelsbilanz versuchte E. in den 1920er und 30er Jahren, Importe aus der Schweiz (v.a. Schokolade, Käse, Uhren und Stickereien) mit Zollzuschlägen zu belegen, was mit Gegendrohungen verhindert wurde. Die Schweizer Exporte nach E. nahmen auch nach dem Auslaufen des ersten Handelsvertrages (1937) wertmässig zu. Nach 1945 trugen dazu neben Textilien v.a. Maschinen und chem. Produkte bei. 1954 wurde ein weiteres Handelsabkommen zwischen E. und der Schweiz geschlossen, 1992 und 1994 wurden Zahlungsbilanzbeihilfen vereinbart. Der Saldo der Handelsbilanz fiel Anfang des 21. Jh. zugunsten der Schweiz aus. Wichtigstes Importgut aus E. ist Kaffee. Mit dem Ende des Bürgerkrieges 1992 verbesserten sich die bilateralen Beziehungen. Die Schweiz verstärkte ihr entwicklungspolit. Engagement. 1996 schlossen beide Staaten ein Investitionsschutzabkommen. 2009 waren in E. 506 Personen schweiz. Nationalität gemeldet, 457 von ihnen besassen die doppelte Staatsbürgerschaft. In der Schweiz lebten im gleichen Jahr 161 Personen aus E.