Vor dem Ende des 17. Jahrhunderts sind kaum Beziehungen zwischen Berlin, der Residenzstadt des Kurfürsten von Brandenburg und ab 1701 des Königs von Preussen, und der Schweiz festzustellen. Eine Ausnahme bildet Leonhard Thurneysen von Basel, der in Berlin 1571-1584 als Arzt, Alchimist, Buchdrucker und Verleger zu Geld und Ansehen kam, aber alles wieder verlor. Erster Direktor der 1696 eröffneten Akademie der Künste und mechanischen Wissenschaften war bis 1700 der Berner Miniaturenmaler Joseph Werner. 1684-1710 liessen sich aufgrund einer Vereinbarung reformierter Schweizer Orte mit dem brandenburgischen Kurfürsten 92 Schweizer Handwerker, unter ihnen 23 Vertreter des Textilgewerbes, mit ihren Familien in Berlin nieder. Die Auswanderung nach Berlin aus wirtschaftlichen Gründen hörte im 18. Jahrhundert nie ganz auf; so siedelten sich 1770 nochmals 33 Schweizer Familien in Berlin an. Friedrich II., der ab 1743 die Akademie der Wissenschaften neu belebte, holte zahlreiche Schweizer Gelehrte nach Berlin. Ca. 1750-1780 gaben sie der Akademie das Gepräge und erbrachten zum Teil bedeutende Leistungen. Zweisprachigkeit, solide Bildung, kosmopolitische Gesinnung machten sie für eine Wirksamkeit in Berlin, wo der aufgeklärte Herrscher die französische Kultur stark bevorzugte, besonders geeignet. Zu nennen sind Leonhard Euler, Nicolas von Béguelin von Lichterfelde, Johann Georg Sulzer, Johann Bernoulli (1744-1807), Johann Heinrich Lambert, Jakob Wegelin, François Achard. In die vor allem die 1750er Jahre beherrschenden wissenschaftlichen Auseinandersetzungen zwischen Newtonianern und Leibnizianern waren mehrere schweizerische Mitglieder der Akademie in Berlin verwickelt. Aber auch später entfalteten einzelne Schweizer, vor allem Historiker, in der Stadt ihre Talente: Johannes von Müller und Johann Heinrich Gelzer nahmen einflussreiche Positionen ein, Jacob Burckhardt und im 20. Jahrhundert Jean Rudolf von Salis und Edgar Bonjour studierten an der 1810 gegründeten Berliner Universität und nutzten die Möglichkeit, vielfältige Beziehungen zu knüpfen.
Das Bildungs- und Kulturangebot Berlins zog vor allem auch seit der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts immer wieder junge Schweizer an. Umgekehrt hatten zur Zeit der Restauration bedeutende Wissenschaftler, die sich in Berlin aus politischen Gründen nicht halten konnten, in der Schweiz ihren Wirkungskreis gefunden, wie der Theologe Wilhelm Martin Leberecht De Wette und der Germanist Wilhelm Wackernagel. Die Metropole Berlin war und ist auch für Schweizer Künstler und Autoren von Bedeutung. Hier erschien nach dem Tod von Jeremias Gotthelf die Gesamtausgabe seiner Werke. Für Gottfried Keller waren die Berliner Jahre (1850-1855) die kreativste Phase seines Lebens. Die 1889-1910 in Berlin wirkende Opernsängerin Emilie Welti-Herzog genoss hier wie in ihrer Heimat gleichermassen Verehrung. Hugo von Tschudi, 1896-1908 Direktor der Nationalgalerie, kämpfte für die Anerkennung des Impressionismus. Robert Walser gelang 1907 in Berlin der literarische Durchbruch. Die während des Ersten Weltkriegs von emigrierten Künstlern in Zürich ausgerufene Parole «Dada» wurde im Frühjahr 1917 von dort nach Berlin gebracht. Sie gewann hier provokative Kraft und stärkere politische Konturen. Bert Brechts Theaterarbeit in Ostberlin zog bis 1956 Schweizer Schauspieler (u.a. Benno Besson, Regine Lutz) an.
1867 hatten die eidgenössischen Räte einer Gesandtschaft in Berlin zugestimmt, die dann bis 1945 bestand. Die bei Kriegsende noch in der Stadt lebenden Schweizer schlossen sich zu einer Schweizer Kolonie zusammen. Die sogenannte Heimschaffungsdelegation betreute ab 1945 von der schweizerischen Gesandtschaft aus die über 10'000 in der sowjetisch besetzten Zone lebenden Schweizer. Nach Anerkennung der DDR durch die Schweiz wurde in Berlin-Ost 1972 eine Schweizer Botschaft eingerichtet. 1993 wurde Unter den Linden das 1936 gebaute Haus der Schweiz, eine Art Schaufenster der Schweizer Wirtschaft, neu eröffnet. Da nach dem Zusammenbruch der DDR Berlin zur Hauptstadt Deutschlands proklamiert worden war, wurde 1999 die Schweizer Botschaft von Bonn nach Berlin verlegt. Zuerst im «Haus am Wasser» untergebracht, zog sie Ende 2000 in das umgebaute und erweiterte frühere Botschaftsgebäude im Spreebogen ein.