Hauptort des französischen Departements Doubs und Hauptstadt der Franche-Comté, deutsch früher Bisanz. 1688 14'209 Einwohner; 1791 32'180; 1926 58'525; 1990 113'828.

Die Beziehungen zwischen Besançon und dem heutigen Schweizer Gebiet reichen bis in die Antike zurück. In der Spätantike reorganisierte Kaiser Diokletian (284-305) die Provinzeinteilung des Römischen Reichs. Er schuf eine grosse, den Jura übergreifende Einheit, die Provinz Maxima Sequanorum, in der er die Sequaner, die Rauriker und die Helvetier zusammenfasste; die Hauptstadt dieser Provinz wurde Besançon. Die spätantike Provinzorganisation lebte in der mittelalterlichen Kirchenorganisation weiter: Besançon wurde Sitz des grossen, weit in die Schweiz hineinreichenden Erzbistums Besançon mit den Suffraganbischöfen von Basel und Lausanne. Im weltlichen Bereich lösten sich mehrere kurzlebige Königreiche ab: Im 7. Jahrhundert scheinen Herzöge von Besançon über das Gebiet nordwestlich des Juras geherrscht zu haben. Im 9. Jahrhundert jedoch wurden Saint-Maurice und Payerne zu Zentren des Zweiten Burgundischen Königreichs, zu dem Besançon gehörte. Dieses schwache Gebilde wurde 1032 aufgelöst und dem Heiligen Römischen Reich angegliedert. König Rudolf I. warnte die Einwohner von Besançon 1275 an einem Hoftag in Lausanne vor den Verführungsversuchen des französischen Königs. Da sie ihm nicht Folge leisteten, setzte er schliesslich 1289 ein Heer von Schwyzern gegen die Stadt ein. Diese Truppe erreichte Besançon am 28. August, und die Stadt ergab sich.

Enge Verbindungen bestanden damals zwischen Besançon und Neuenburg: 1214 erhielt Neuenburg ein Stadtrecht secundum Bisuntines consuetudines. Es wurde üblich, dass sich die Neuenburger für die Auslegung ihrer Freiheitsrechte in Besançon Rat holten. Dieser Brauch (entrèves) hielt sich bis ins 16. Jahrhundert. Auch die Handelsbeziehungen von Besançon mit Neuenburg und Bern gehen weit zurück. Später kamen, zum grossen Missfallen der verschiedenen Fürsten, die in Besançon jeweils Rechte und Einfluss ausübten, verstärkt politische Beziehungen hinzu. 1518 schlossen Besançon, Bern, Solothurn und Freiburg einen Burgrechtsvertrag, der mehrmals erneuert wurde. Bald darauf sorgte die sich immer weiter ausbreitende Reformation, die auch in Besançon um sich griff, am alten Metropolitansitz für Beunruhigung. 1575 versuchten in Genf zusammengezogene Truppen einen Überraschungsangriff auf Besançon. Der Handstreich scheiterte jedoch, und die Befürchtungen legten sich. 1579 erneuerte die Stadt ihr Bündnis nur mehr mit den katholischen Orten Freiburg und Solothurn. Das 17. Jahrhundert war geprägt von den Zerstörungen des Dreissigjährigen Kriegs. Danach bevölkerten Savoyer und Schweizer die Region wieder, die im 18. Jahrhundert eine Zeit des Friedens und des Wohlstands erlebte.
Auch die Freigrafschaft Burgund, die 1678 Frankreich angegliedert wurde, unterhielt gute Beziehungen zur Schweiz. 1769 wurden Massnahmen getroffen, damit aus Bern und Freiburg kommende Waren nicht als ausländische besteuert wurden, was umgekehrt auch für Ausfuhren aus Besançon in diese beiden Städte galt. Während der Französischen Revolution wurde die Diözese Besançon vom Bischof von Lausanne verwaltet. In dieser Zeit, 1793, gründete der Genfer Laurent Mégevand, der bereits eine Niederlassung in Le Locle besass, mit einigen Landsleuten in Besançon eine Uhrenfabrik. In dieser arbeiteten zeitweise mehrere hundert Schweizer, und sie sollte zum Ursprung der Uhrenindustrie in der Region werden. Während der Hundert Tage wollten sich die Schweizer dem Bündnis gegen Napoleon anschliessen und Besançon einnehmen, doch schlug das Unternehmen fehl. Im Verlauf des 19. Jahrhunderts wurden die Verkehrsverbindungen zwischen Besançon und der Schweiz verbessert. 1884 wurde eine Eisenbahnlinie eröffnet, die bis nach Le Locle reichte. Ständig von der Schliessung bedroht, hält sie sich noch immer mit drei Zügen pro Tag zwischen den beiden Städten. Im 20. Jahrhundert wurden neue Verbindungen zwischen Besançon und Neuenburg geknüpft, die 1975 zu einer Städtepartnerschaft führten. Die kulturellen und wirtschaftlichen Beziehungen haben seit dem Zweiten Weltkrieg stark zugenommen. Auch zwischen den beiden Universitäten besteht eine Partnerschaft, und die Bildung des «Jurabogens» lässt für die Zukunft auf noch engere grenzüberschreitende Beziehungen hoffen.