Die Donau ist mit einer Länge von 2850 km der zweitlängste Fluss Europas. Ihr Einzugsgebiet umfasst Staaten Mittel- und Osteuropas (Deutschland, Österreich, die Slowakei, Ungarn, Serbien, Rumänien, Bulgarien und die Ukraine). Die Schweiz gehört mit dem Inn, der bei Passau in die Donau fliesst, zum Flusssystem der Donau. Teile der heutigen Ostschweiz bildeten zusammen mit dem süddeutschen Alpenvorland die römische Provinz Raetia. Durch die grossen, für den Fernhandel wichtigen Strassen, von denen die eine von Vindonissa über Arbon östlich des Bodensees nach Augsburg und die zweite westlich des Bodensees über Zurzach in das Gebiet der Donauquellen führte, war das Mittelland mit dem Donauraum verbunden. Auf der Donau wurde Handel mit Eisen, Terra Sigillata (Keramik) und Baumaterial betrieben. Im 3. Jahrhundert verloren die Römer das Gebiet nördlich der Donau an die Alemannen. Die Donau bildete mit Iller und Rhein die neue Verteidigungslinie und -zone (Limes), welche durch ein Strassennetz mit dem westlich und südlich gelegenen Hinterland verbunden war.
Im Mittelalter waren die an der Donau gelegenen Städte bedeutende Handelszentren. Von Ulm aus wurde unter anderem auf Ruderschiffen flussabwärts Handel betrieben; Salz war das wichtigste Handelsgut. Die Schweiz war über die Verbindung von Konstanz oder Schaffhausen nach Ulm direkt mit dem Fernhandelsverkehr verbunden. Auf dem Inn wurde Holz aus dem Engadin ins Tirol geflösst. Im Mittelalter war das Inntal ausserdem eine Verbindung zwischen dem Donauraum und der Lombardei: innabwärts und auf der Donau wurden Waren sowie Personen nach Wien befördert. Seit dem 16. Jahrhundert diente die Donau verschiedentlich als militärischer Verbindungsweg nach Mittel- und Osteuropa, so 1595 für Schweizer Kriegsleute, die sich an den Türkenkriegen beteiligten. In den Koalitionskriegen floh der Fürstbischof von Basel 1798 mit dem fürstbischöflichen Archiv von Basel nach Ulm und 1800 weiter auf der Donau nach Wien. Auch im 19. Jahrhundert wurde der Fluss noch als Personentransportweg benutzt, etwa von ausreisewilligen Schweizern, die nach Russland gelangen wollten.
Im 17. Jahrhundert begann die Entwicklung einer Nutzung der Donau als internationale Transportstrasse und die Unterstellung ihres gesamten schiffbaren Laufes unter das Völkerrecht. Der Pariser Frieden von 1856 sicherte allen Staaten – nicht nur den Anrainern – die freie Schifffahrt auf der Donau zu (Donau-Internationalisierung). Auch für die Schweiz wurde nach dem Ersten Weltkrieg aus wirtschaftlichen Gründen ein freier Zugang zu den Meeren wichtig. Mit der Sowjetunion wurde 1941 ein Handelsvertrag abgeschlossen, der die Donau als Handelsweg der Schweiz vorsah. Das Abkommen wurde jedoch wegen des Kriegsausbruchs zwischen Deutschland und der Sowjetunion nicht umgesetzt. Nach Beendigung des Zweiten Weltkriegs war der Rechtsstatus der Donau umstritten. Die Schweiz erhielt 1948 entgegen ihrem Wunsch keinen Sitz in der internationalen Donaukommission.
Seit Karl dem Grossen gab es Versuche, die Donau mit dem Rhein zu verbinden (Fossa Carolina). In der Nachkriegszeit sollten alte Pläne für den systematischen Ausbau eines gesamteuropäischen Wassernetzes realisiert werden. Das Schweizer Projekt eines Rhein-Aare-Bodensee-Donau-Kanals aus dem Jahre 1897 wurde unmittelbar nach dem Zweiten Weltkrieg trotz Interesse der Privatwirtschaft nicht realisiert. Mit der Eröffnung des Main-Donau-Kanals 1992 konnte der Rhein-Main-Donau-Schifffahrtsweg in Betrieb genommen werden.