19.9.1742 Buus, 25.2.1811 Basel, reformiert, von Basel. Sohn des Andreas, Pfarrers zu Buus, und der Dorothea Beck. 1771 Margaretha Iselin, Tochter des Johann Lukas. Andreas Merian studierte Philosophie und Recht an der Universität Basel; 1764 ist er als juris utriusque candidatus bezeugt. Er wurde 1768 Sekretär der städtischen Kanzlei, 1776 Sechser der Zunft zu Rebleuten und 1782 Weinschreiber und Ingrossist (Hypothekenbuchführer). Der Grosse Rat wählte ihn 1783 in einem widerrechtlichen Verfahren zum Stadtschreiber und 1790 zum Oberstzunftmeister. Er blieb Standeshaupt bis zu seinem erzwungenen Rücktritt während der Basler Revolution von 1798 und zog sich dann auf sein Landgut in Riehen zurück. 1799-1800 hielten ihn die Franzosen in politischen Geiselhaft. Nach seiner Freilassung lehnte er die Wahl in die Munizipalität und in die Gemeindekammer ab. 1802 amtierte er während des antihelvetischen Putsches in Basel als Präsident der städtischen Behörden und reiste als kantonaler Gesandter an die föderalistische Tagsatzung in Schwyz. Wegen der französischen Intervention flüchtete Merian in die badische Nachbarschaft und kehrte erst nach dem Erlass der Mediationsakte zurück. Der Grosse Rat wählte ihn 1803 und dann wieder 1806 zum Bürgermeister; dieses Amt behielt er bis zu seinem Tod. 1806 war er Landammann der Schweiz.
Obwohl Merian sich 1777 an der Gründung der vom Basler Aufklärer Isaak Iselin initiierten Gesellschaft zur Aufmunterung und Beförderung des Guten und Gemeinnützigen beteiligt hatte, war er während der Helvetik der markanteste und wohl auch exponierteste Vertreter der konservativen Kräfte in Basel. Sein hartnäckiger Widerstand gegen Reformen äusserte sich in allen staatlichen Bereichen. Nach dem Scheitern der Helvetischen Republik genoss er ein aussergewöhnliches Prestige in grossen Teilen der Stadtbevölkerung. Demgegenüber stand der Hass, den er sich bei seinen politischen Gegnern und in Frankreich zugezogen hatte. Die Geiselhaft rührte nicht von konterrevolutionären Tätigkeiten, sondern von seiner Verweigerung gegenüber der Republik her. Sein Jahr als Landammann der Schweiz war von Spannungen mit Napoleon geprägt, der Merian und dessen Verwandten Versuche zur Umgehung der Kontinentalsperre vorwarf. Merian war als Bürgermeister breit abgestützt und genoss eine erhebliche Machtfülle; letztlich ist er aber weniger als treibende Kraft einer Restauration «avant la lettre» denn als unbeweglicher Politiker zu sehen, der bis zum letzten Moment auf das Beharrungsvermögen des Ancien Régime setzte und davon ausging, dass überstürzte Neuerungen früher oder später wieder rückgängig gemacht würden.