Die Gesamtheit aller Pflanzenarten eines Gebietes wird als Flora bezeichnet, alle Pflanzenindividuen eines Gebiets bilden die Vegetation oder Pflanzendecke. Flora und Vegetation sind das Resultat dynamischer Prozesse. Für ihre Herausbildung spielen die Ausbreitungsbiologie und die Anpassungsstrategien der Pflanzen an die Standortfaktoren eine wesentliche Rolle. Dazu gehören etwa die Temperatur, die Zusammensetzung der Luft, der Wasser- und Nährstoffgehalt des Bodens, aber auch Einflüsse diverser Lebewesen (Fauna), unter anderem des Menschen. Da diese Faktoren in ständigem Wandel stehen, ist auch die Flora einer steten Veränderung unterworfen. Ihre frühe Entwicklung lässt sich anhand prähistorischer Pflanzenfunde (Fossilien) nachvollziehen. Anhand der Pollenanalyse rekonstruiert die Archäobotanik die Pflanzenwelt der letzten 100'000 Jahre. Der Pollen (Blütenstaub) der verschiedenen Pflanzen bleibt in Mooren oder Seekreide, wo er vom Sauerstoff abgeschlossen ist, über lange Zeit erhalten. Die Fundschichten werden mit Hilfe der Radiokarbonmethode datiert und die Pollenfunde chronologisch zu einem Diagramm zusammengestellt. Genauere schriftliche Aufzeichnungen zu Pflanzenvorkommen und Belege getrockneter Pflanzen in Herbarien sind seit dem 16. Jahrhundert bekannt. Grössere Pflanzensammlungen und floristische Aufzeichnungen liegen seit etwa 200 Jahren vor (Botanik).
In der letzten Million Jahre bewirkten Veränderungen im Klima eine tiefgreifende Umformung der Vegetationszusammensetzung. Vor etwa 18'000 Jahren zogen sich die Eismassen der letzten Eiszeit (Würm) infolge einer Warmzeit aus dem zu einem grossen Teil vergletscherten Mittelland zurück. Die fortschreitende Erwärmung führte zu einer Wiedereinwanderung von Pflanzen aus ihren Rückzugsgebieten, die sich vor allem südlich der Alpen befanden. Nacheinander bedeckten Tundra, Kältesteppe, Föhren-Birkenwälder, Haselgebüsche, Eichenmischwald und Buchenwald das Mittelland.
Als Sammler (Sammelwirtschaft), Jäger und Fischer wirkte der Mensch auf die Natur kaum stärker ein als andere grössere Lebewesen. Von ungefähr 5000 v.Chr. an wurde er im Gebiet der heutigen Schweiz sesshaft und ging zu Ackerbau und Viehwirtschaft über. Seither hat sein Einfluss auf die Umwelt zugenommen. Nach der nacheiszeitlichen Wiederbewaldung gab es unterhalb der Waldgrenze nur wenig natürliche waldfreie Vegetation, zum Beispiel an Seeufern oder im Überschwemmungsbereich der grossen Flüsse. Die frühen Ackerbauern öffneten den Wald zur Gewinnung von Kulturland (Brandwechselwirtschaft) oder lichteten ihn durch Beweidung und Holznutzung (Holzwirtschaft) aus. Lichtbedürftige Pflanzen konnten sich ausbreiten. Der Tritt und Biss der Weidetiere, der periodische Umbruch des Bodens, die Umverteilung der Nährstoffe (übernutzte Böden, Abfallstellen) und der Schnitt der Vegetation schufen zusätzlichen Arten Lebensmöglichkeiten. Pflanzen, die diese Faktoren erfolgreich ertragen oder nutzen konnten, wanderten aus der Umgebung ein, wurden als bzw. mit Kulturpflanzen oder über den Handel (v.a. aus dem Mittelmeergebiet und Vorderasien) eingeführt. Als neuartige Vegetationen entstanden etwa Wiesen, Weiden, Unkraut- und Schuttgesellschaften oder Weidewälder. In der Römerzeit wurden neue Nutzpflanzen wie die Kastanien angesiedelt und der Weinbau verbreitet. Nach dem Zusammenbruch des Römischen Reichs gewann der Wald vorübergehend wieder an Boden. Im Hochmittelalter (bis zur Pest von 1348-1350) wurde er in der Folge des Landesausbaus erneut zurückgedrängt. Seit der Entdeckung Amerikas gelangten neue Kulturpflanzen (Kartoffel, Tomate, Mais) zu uns. In den neu entstehenden Zier- und Landschaftsgärten wurden fremde Arten kultiviert, die teilweise in die Umgebung verwilderten (Gärten).
Das Bevölkerungswachstum nach 1750 hatte eine Ausdehnung der Wiesen und Weiden zur Folge. Die erstmalige Verwendung von Hofdünger im Acker- und Wiesenbau milderte die Aushagerung der Böden nur teilweise. Besonders Wälder sowie abgelegenere Felder und Wiesen wurden übernutzt und den Böden Nährstoffe entzogen. Zahlreiche Arten, die unter guten Nährstoffbedingungen nicht konkurrenzfähig sind, breiteten sich in dieser Zeit aus. Die zusätzliche Nutzung von Nassböden zur Streugewinnung hat auch die Verbreitung von Sumpf- und Moorpflanzen gefördert.
Mitte des 19. Jahrhunderts erreichte die Artenvielfalt einen Höhepunkt; von da an nahm sie – besonders stark nach dem Zweiten Weltkrieg – wieder ab. Die Anlage von standortfremden Fichtenforsten, die Drainage von Mooren und Riedwiesen ab ca. 1850, die Kanalisierung der Flüsse und Bäche, die Auffüllung der Flachufer von Seen und die Regulierung ihrer Wasserstände, die unbegrenzten Düngungsmöglichkeiten dank Kunstdünger und erhöhtem Hofdünger (Futtermittelimporte), die Saatgutreinigung und Anwendung von Herbiziden, die grossflächigen Monokulturen sowie die Versiegelung weiter Teile der bewohnten Landschaft führten zu einer ausgeprägten Verarmung der Flora. Insbesondere Riedwiesen, Moore, Ufer- und Wasservegetationen sowie Magerwiesen und Unkrautfluren sind bis auf kleine, unter Naturschutz stehende Reste verschwunden. Magere Standorte fehlen heute fast vollständig, und der Wald wächst wegen des hohen Stickstoffeintrags aus Verkehr und Landwirtschaft (20-50 kg Stickstoff pro Hektar und Jahr) so dicht, dass nur noch schattentolerante Arten wachsen können.
Arten, die ohne Zutun des Menschen in einem Gebiet vorhanden sind, bezeichnet man als ursprünglich einheimische Arten oder Idiochorophyten. Solche, die im Gefolge des Menschen zwischen etwa 3000 v.Chr. und 1500 n.Chr. eingewandert sind, werden Archäophyten, jene ab 1500 Neophyten genannt. In der Schweiz gehören heute etwa 7% der Arten zu den Neophyten und rund 20% zu den Archäophyten. Städtische Agglomerationen weisen einen bedeutend höheren Anteil (bis über 20%) an Neophyten auf.
Zwischen 1960 und 1980 wurden alle Pflanzenarten der Schweiz in einem Raster von jeweils ca. 100 km² kartiert. Für 130 stark gefährdete Arten bestehen heute genaue Verbreitungskarten, die eine ständige Überwachung ermöglichen. Gegenwärtig decken vier neuere Bestimmungswerke, sogenannte «Floren», das Gebiet der Schweiz und ihrer unmittelbaren Umgebung ab. Für die Vegetation über die Schweiz liegt eine Vegetationskarte von Emil Schmid vor. Im Zusammenhang mit den Bestrebungen zur Erhaltung der Artenvielfalt wurde 1993 ein «Atlas schutzwürdiger Vegetationstypen der Schweiz» zusammengestellt.
Von den ca. 2700 zwischen 1830 und 1980 in der Schweiz nachgewiesenen Pflanzenarten sind 51 (2%) ausgestorben. Über ein Drittel aller Arten gilt landesweit als ausgestorben, gefährdet oder selten (d.h. potentiell gefährdet). Im Mittelland fallen fast zwei Drittel in diese Gruppe. Regelmässig aufdatierte sogenannte rote Listen geben über den Gefährdungsstand jeder Art Bescheid. In den letzten Jahrzehnten wurde dem raschen Artenrückgang mit Gegenmassnahmen begegnet. Von Bund und Kantonen gesetzlich vorgeschrieben und finanziell unterstützt, sind neue fachgemäss gepflegte und überwachte Naturschutzgebiete entstanden. Der Staat bemüht sich auch, dem Artenschwund auf landwirtschaftlich genutztem Boden mit der Schaffung von ökologischen Ausgleichsflächen, Bunt- und Wanderbrachen, neuen Hecken und Auengebieten, mit der Ausdohlung von Bächen oder der Aufwertung von Waldrändern zu begegnen. Ob und wieweit der Artenschwund aufgehalten bzw. rückgängig gemacht werden kann, ist offen. Gegenwärtig ist als rasche Reaktion auf die allgemeine Klimaerwärmung eine Einwanderung wärmebedürftiger Arten aus Mittelmeerländern, aber auch aus fernen Kontinenten festzustellen. Neu eingeführte Gartenpflanzen oder fremde Arten aus Saatmischungen erhöhen zudem ständig den Anteil von Neophyten an der Gesamtflora.