Die Schifffahrt und die Flösserei waren im schweizerischen Raum bis zur Mitte des 18. Jahrhunderts von herausragender Bedeutung. Daher waren Häfen als Einrichtungen für den Personen- und Warenverkehr nötig. Häufig förderten sie die Entwicklung und die wirtschaftliche Prosperität einer Siedlung.
Für das Neolithikum und die Bronzezeit kann noch nicht von eigentlichen Hafenanlagen gesprochen werden. Zu Bedeutung gelangten solche aber in der Römerzeit, weil die Römer trotz ihrer Fähigkeiten als Strassenbauer wo immer möglich Wasserwege benutzten und Siedlungen, Kolonien und Heerlager an Flüssen oder Seen bauten. Schon aus dieser Zeit sind Flösser- und Schiffervereinigungen für die Rhone, die Aare, den Genfer- und den Comersee belegt. Benutzt wurden aber auch gewisse andere Alpenrandseen nördlich und südlich des Gebirges und die Seen am Jurasüdfuss. Bisher bekannte römische Hafenanlagen sind der 123-107 v.Chr. erbaute Hafen von Genf, die Häfen in Lausanne und Aventicum sowie die 2002 bzw. 2010 entdeckten Flusshäfen in Vindonissa am Reuss- und in Petinesca am Aareufer.
Im Mittelalter erhielten die Wasserwege und die Häfen, die bis ins 18. Jahrhundert in der Regel mit wenig baulicher Infrastruktur ausgestattet waren, wieder eine grössere Bedeutung. Die Häfen hatten die Funktion von Susten (Warenumschlagsplätzen), wo Waren von einer Transportgesellschaft an die nächste übergeben und gelegentlich auch gestapelt wurden. Die dazu notwendigen Lagerräume wiesen beispielsweise in Luzern im 13. Jahrhundert offene Vorderfronten und von Balken gestützte Laubengänge auf. Zur Anlage gehörte meist auch ein Schiffshaus, wo zum Beispiel die Zollformalitäten abgewickelt wurden, da viele Häfen auch Zollstationen (Zölle) waren. An gewissen Häfen wurden für die Kommis (Hafenwärter) Wohnhäuser mit Backhaus und Gemüsegarten erstellt, an wichtigen Plätzen eine Schiffswerft angebaut. Neben den Gebäuden musste eine möglichst bequeme Ein- und Ausladestelle eingerichtet werden. Meist war das ein mit Steinfliesen bedeckter Vorplatz und eine je nach Tiefe des Wassers mehr oder weniger lange Brücke aus Holz, üblicherweise auf Pfählen.
Ortschaften mit Hafenfunktion waren Walenstadt und Weesen am Weg Zürich-Chur, Yverdon und Morges am Verkehrsweg Bern-Genf, Flüelen an der Gotthardachse und Horgen und Zug an der Route zwischen Zürich und Luzern. Wichtige Häfen waren ausserdem Bern, Aarberg, Freiburg, Villeneuve (VD), Vevey oder Lausanne als Nahtstellen zwischen Wasser- und Landwegen, Rheineck als Umladeort am Weg von und nach Chur sowie Basel, Konstanz und Luzern als Haupthandelshäfen grosser Regionen.
Infolge der Umlagerung der Waren- und Personentransporte auf die Strasse und Schiene im 18. und 19. Jahrhundert verkümmerten viele Hafenanlagen. Ausgebaut wurden touristisch genutzte Häfen, die oft zu Repräsentationszwecken eine Quaianlage erhielten (z.B. am Genfersee und am Zürichsee). Im Laufe des 20. Jahrhunderts entstanden an allen grösseren Seen Freizeithäfen für Wassersportler; entweder als Neubau oder als Umbau bestehender Hafenanlagen.
Der einzige Hafen von internationaler Bedeutung ist der Basler Rheinhafen. Ab der Römerzeit war Basel Etappenort im Nord-Süd-Verkehr auf dem Wasser und blieb dies auch im Mittelalter. Im 16. Jahrhundert verlor der Basler Rheinhafen stark an Bedeutung, erhielt sie aber mit der Einführung der Dampfschifffahrt auf dem Rhein 1832 zurück. 1905-1939 wurde der Hafenkomplex an zahlreichen Orten ausgebaut (1905 St. Johann, ab 1919 Kleinhüningen und Klybeckquai, ab 1936 Birsfelden und Muttenzer Au). 1912 wurden erstmals 100'000 t Güter, hauptsächlich Kohle, pro Jahr umgeschlagen (1957 2 Mio. t Kohle). In den letzten 25 Jahren war die Menge der umgeschlagenen Waren rückläufig, da insbesondere die Kohle immer stärker durch Erdölprodukte ersetzt worden war. Das Hafenbild war zu Beginn des 21. Jahrhunderts durch Tankanlagen und Container-Terminals geprägt.