
Die Pharmazie befasst sich mit der Herstellung von Arzneimitteln, mit deren Eigenschaften, Analyse, Prüfung und Vertrieb. Im Früh- und Hochmittelalter wurde die Arzneimittelherstellung in Europa von Ärzten oder anderen Heilpersonen als Teilgebiet der Heilkunde betrieben. Ab dem 11. Jahrhundert fanden Rezepturen aus dem arabischen Raum Eingang in die Arzneimittelkunde (Heilkräuter). Die Entstehung der Pharmazie geht auf die 1231 von Kaiser Friedrich II. erlassene Konstitution von Melfi bzw. die um 1241 von ihm erlassene Medizinalordnung zurück. Diese schrieb die obrigkeitliche Kontrolle über die Apotheker vor, die Verwendung eines Arzneibuches und einer Gebührenordnung sowie die Trennung der ärztlichen und pharmazeutischen Tätigkeiten.

Im Gebiet der Schweiz sind erste Apotheker um 1270 in Basel und Genf bezeugt. Als erstes pharmazeutisches Reglement gilt der Basler Apotheker-Eid, der in der Zeit von Bürgermeister Thüring Marschalk (1271-1322) erlassen wurde und auch in dessen Amtszeit, vermutlich zwischen 1309 und 1321, abgefasst wurde. Innert kurzer Zeit wurden in den grössten Schweizer Städten Ordnungen erlassen, welche die Tätigkeiten der Apotheker festlegten. Sie enthielten Weisungen über die Ausbildung und forderten die Trennung der Berufe der Apotheker und Ärzte, das Benützen offizieller pharmazeutischer Formelsammlungen, zum Beispiel der salernitanischen "Antidotarium Nicolai", die Inspektionen der Offizinen und das Einhalten fester Medikamentenpreise. Anders als die Apotheker in Basel und Bern waren jene in Zürich und Genf nicht nur Angehörige der Heilberufe, sondern nahmen auch einen wichtigen Platz im Grosshandel ein und spielten eine zentrale Rolle im wirtschaftlichen und politischen Leben. Bis gegen Ende des 15. Jahrhunderts organisierten sie sich mit anderen Berufsleuten in Zünften (in Basel und Zürich in der Safranzunft). Die Ausbildung verlief im Rahmen des handwerklichen Zunftwesens, wobei die Obrigkeit die Zulassung zur Berufsausübung erteilte. In der Renaissance und in den folgenden Jahrhunderten wurde der Arzneischatz gründlich umgewälzt, was auch die Institution der Apotheke festigte. Mit den erstmals in Europa eingeführten amerikanischen Pflanzen, wie zum Beispiel Guajak, entstanden durch die Erneuerung der Botanik verschiedene Herbarien, unter anderem von Otto Brunfels, Leonard Fuchs und Hieronymus Bock. Zudem wurden – angeregt durch die Theorien von Paracelsus und seinen Anhängern – neue, spagyrische Medikamente eingesetzt. In der Aufklärung entledigte sich die Therapie der polypharmazeutischen Praxis sowie der zahlreichen obsoleten Produkte, was in der Schweiz in zwei Arzneibüchern Ausdruck fand, der Basler "Pharmacopoea Helvetica" von 1771 mit einem Vorwort von Albrecht von Haller und der um 1780 erschienenen "Pharmacopoea Genevensis".
Im Zuge der Diversifizierung der Wissenschaften im 19. Jahrhundert gehörten zahlreiche Apotheker – zum Beispiel der Genfer Henri-Albert Gosse – zu den Gründern von gelehrten Gesellschaften naturwissenschaftlicher Ausrichtung. Die ersten kantonalen Berufsverbände und der von Ernst Friedrich Theodor Hübschmann 1843 gegründete Schweizerische Apothekerverein ersetzten die Zünfte. Im 19. Jahrhundert erfuhr das Berufsbild des Apothekers durch die Einbindung der Pharmazie in die Universitäten eine Veränderung. Bis 1877 ergänzten einige Vorlesungen in Arzneikunde, Botanik und Chemie die handwerkliche Ausbildung. Dann schrieb das Bundesgesetz betreffend die Freizügigkeit des Medizinalpersonals für die Apotheker eine akademische Ausbildung vor. Wichtige Hochschullehrer wie Friedrich August Flückiger und Alexander Tschirch in Bern, Carl Hartwich in Zürich und Robert Chodat in Genf erlangten einen internationalen Ruf durch ihre pharmakognostischen und botanischen Arbeiten. Ebenfalls im 19. Jahrhundert wanderten viele deutsche Apotheker in die Schweiz ein, übten wichtige Funktionen an den Hochschulen aus und prägten die Berufspolitik. Die "Pharmacopoea Helvetica" von 1865 traten an die Stelle der oft benützten deutschen und französischen Arzneibücher und der kantonalen Formularien. Seit 1964 nimmt die Schweiz an der Bearbeitung der "Pharmacopoea Europea" teil. 1989 untermauerte ein eidgenössisches Pharmakopöegesetz den offiziellen Charakter des Schweizerischen Arzneibuches. Ab 2003 gelten die 4. Ausgabe der "EuroPharmazie Pharmakopöe" und die 9. Ausgabe der "Schweizerische Pharmakopöe".
Mit den ersten synthetischen Medikamenten und dem damit verbundenen Aufstieg der pharmazeutischen Industrie (Chemische Industrie) ersetzten die Fertigarzneimittel ab Ende des 19. Jahrhunderts allmählich die in der Offizin hergestellten Medikamente. Der Apotheker wandelte sich vom Hersteller zum spezialisierten, wissenschaftlich ausgebildeten Berater. Pharmazeutische Institute wurden kurz vor und nach 1900 an den Universitäten Zürich, Basel, Bern, Lausanne und Genf gegründet. Das Pharmazeutische Institut der Universität Bern wurde 1996 geschlossen. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts studierten die ersten Frauen Pharmazie. Ihr Anteil stieg rasch an und erreichte um 1940 rund 50%. 2001 wurden insgesamt 145 Studienabschlüsse in Pharmazie verzeichnet.
Die Grundsätze der Verfassung von 1848 erlaubten eine Liberalisierung des Gesundheitswesens und führten dazu, dass die Abgabe von Arzneimitteln durch Ärzte in einigen Kantonen weniger restriktiv gehandhabt wurde, was im Vergleich zu anderen europäischen Ländern eine schweizerische Eigenheit darstellt. Dies löste in der Deutschschweiz zwischen Ärzten und Apothekern einen Streit um die Selbstdispensation (Abgabe von Medikamenten in der Arztpraxis) aus, der noch nicht abgeschlossen ist. Die Zulassung neuer Medikamente unterstand der 1900 gegründeten Interkantonalen Kontrollstelle für Heilmittel. Diese nahm auch die Einteilung der Medikamente in rezeptpflichtige und rezeptfreie Heilmittel vor und war somit mitverantwortlich für die Abgabekontrolle. Verschiedene Medikamente unterstehen dem 1924 in Kraft getretenen ersten eidgenössischen Betäubungsmittelgesetz. Seit 2002 ist das neue Heilmittelgesetz, welches das Pharmakopöegesetz ablöste, in Kraft. Dessen Vollzug überwachen die Kantone und das Schweizerische Heilmittelinstitut Swissmedic, das zu diesem Zweck aus der früheren Kontrollstelle und der Facheinheit Heilmittel des Bundesamts für Gesundheit gebildet worden ist.