Als Kirchengeschichte wird die wissenschaftliche Erforschung von Kirche und Christentum bezeichnet. Institutionell ist sie in der Schweiz und im deutschen Sprachraum in der Theologie verankert. Kirchengeschichtliche Themen werden – zumeist unter profaner Perspektive – auch von der allgemeinen Geschichtswissenschaft (Geschichte) untersucht.
Kirchengeschichte wurde bereits in frühchristlicher Zeit und im Mittelalter betrieben. Dabei galt sie als integraler Teil der Weltgeschichte und wurde einer heilsgeschichtlichen Deutung unterstellt. Humanismus und Reformation trugen zur Ausbildung einer eigenständigen Kirchengeschichte bei: Der Humanismus wertete die antiken Quellen auf und förderte das Verfassen von Stadtchroniken, während die Glaubensspaltung die Protestanten zur Legitimierung der Kirchenreform, die Katholiken zur Verteidigung des Hergebrachten antrieb. Der Zürcher Theologe Johann Heinrich Hottinger schrieb eine «Historia ecclesiastica» (1651-1667), sein Sohn Johann Jakob die «Helvetische Kirchengeschichten» (4 Bde., 1698-1729). Auf katholischer Seite verfasste der Ittinger Kartäuser Heinrich Murer eine «Helvetia Sancta» (1648), der Frauenfelder Pfarrer Johann Kaspar Lang einen «Historisch-theologischen Gründ-Riss der alt- und jeweiligen christlichen Welt» (2 Bde., 1692). Konfessionspolemik, die sich besonders an den frühchristlichen und mittelalterlichen Legenden entzündete, kennzeichnete diese Darstellungen (Konfessionalismus). Zu erwähnen sind auch die Klostergeschichten der grossen Benediktinerabteien jener Zeit. Abraham Ruchat, Professor der Eloquenz an der Akademie Lausanne in der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts, gilt als erster Kirchenhistoriker der Waadt.
Eine neue Epoche leitete die historisch-kritische Forschung des 19. Jahrhunderts ein. Als Quellen wurden Märtyrer- und Mönchsviten (Hagiografie), Chroniken, Annalen und die im Spätmittelalter entstandenen Stadtchroniken, später auch archäologische Zeugnisse ausgewertet. Der in Bern lehrende Ernst Gelpke schrieb eine «Kirchengeschichte der Schweiz», die er aber nur bis zur Karolingerzeit führen konnte (2 Bde., 1856-1861). Nicht über die Reformation hinaus gingen die «Studien und Beiträge zur Schweizerischen Kirchengeschichte» (3 Bde., 1902-1908) des Luzerner Geistlichen Bernhard Fleischlin. Einen kräftigen Schub erhielt die wissenschaftliche Forschung durch die Gründung der Zeitschriften «Zwingliana» (1897) und der katholischen «Zeitschrift für schweizerische Kirchengeschichte» (1907, seit 2004 «Schweizerische Zeitschrift für Religions- und Kulturgeschichte»). Auch die Organe der kantonalen und regionalen Geschichtsvereine publizierten zahlreiche Arbeiten zur Kirchengeschichte. Eine knappe Gesamtdarstellung der Schweizerischen Kirchengeschichte – für die nachreformatorische Zeit auf die katholische Kirche beschränkt – veröffentlichte 1935 der Einsiedler Benediktiner Theodor Schwegler. Auf reformierter Seite verfasste der Zürcher Pfarrer und Honorarprofessor Rudolf Pfister eine «Kirchengeschichte der Schweiz» (3 Bde., 1964-1684), die auch die katholische Kirche und andere Religionsgemeinschaften miteinbezieht. An der «Ökumenischen Kirchengeschichte der Schweiz», die 1994 erschien, arbeiteten Vertreter der christlichen Kirchen und der jüdischen Gemeinschaft mit. Für die Kirchengeschichte sind auch die frühen Periodika, die Kantonsgeschichten und die Geschichten der einzelnen Bistümer von Bedeutung. Das vom Schweizerischen Nationalfonds unterstützte, seit 1964 erscheinende Nachschlagewerk «Helvetia Sacra» stellt die Geschichte der kirchlichen Institutionen auf eine neue Grundlage.
Als eigenes Lehrfach wird Kirchengeschichte an allen theologischen Fakultäten der Schweiz gelehrt (ausser in Neuenburg), in Freiburg, Luzern und Chur in Verbindung mit Patrologie (wissenschaftliche Beschäftigung mit den Schriften der Kirchenväter). Während die reformierte Seite in der Erforschung der Kirchengeschichte traditionell stärker theologiegeschichtlich ausgerichtet war, betonte die katholische Seite die institutionellen Aspekte. In jüngerer Zeit werden in beiden Konfessionen vermehrt sozial-, mentalitäts- und alltagsgeschichtliche Themen bearbeitet.