Im Gegensatz zur umfangreichen Diözese Konstanz war das weltliche Herrschaftsgebiet der Fürstbischöfe von Konstanz klein und zersplittert. Es beschränkte sich zur Hauptsache auf Ämter und Orte beidseits von Bodensee und Hochrhein. Eine Landeshoheit in einem grossen und geschlossenen Territorium aufzubauen, war den Fürstbischöfen im Lauf des Mittelalters nicht gelungen, vor allem aufgrund der Lage des Bischofssitzes zwischen den Reichsabteien Reichenau und St. Gallen.
Die älteste Besitzbestätigung ist überliefert im Privileg Kaiser Friedrichs I. von 1155, das die Diözesangrenzen umschrieb und den Besitz der Konstanzer Bischofskirche benannte. Im 13. Jahrhundert vermochten aktive Prälaten wie Fürstbischof Eberhard von Waldburg die Besitzungen und Herrschaftsrechte des Hochstifts noch einmal entscheidend zu vermehren, unter anderem indem sie verloren gegangene Herrschaften und Lehen zurückkauften. Bischof Heinrich von Klingenberg liess um 1302 ein Urbar anlegen, das den konstanzischen Besitz auf seinem Höhepunkt erfasste. Die Besitzschwerpunkte blieben danach im Wesentlichen bis zur Aufhebung des Fürstbistums bestehen.
Die Reformation brachte dem Hochstift keine territorialen Verluste, doch gingen die kirchlichen Einkünfte vor allem in Württemberg und in den reformierten Gebieten der Eidgenossenschaft verloren. Einen gewissen Ausgleich brachten die Inkorporationen des Augustinerstifts Öhningen (1534) und der Abtei Reichenau (1540). Dank ihren Besitzungen und Rechten entstand am Untersee ein fast geschlossenes Konstanzer Herrschaftsgebiet. Allerdings schränkte die Stellung des Fürstbistums Konstanz zwischen der expandierenden Eidgenossenschaft, dem Reich und dem Haus Habsburg den politischen Spielraum ab Mitte des 15. Jahrhunderts stark ein.
Schwierig gestalteten sich die staatsrechtlichen Verhältnisse, nachdem der Schwabenkrieg 1499 zur faktischen Unterscheidung zwischen Reichsboden und Schweizer Boden geführt hatte. In nur wenigen Herrschaften besass der Fürstbischof von Konstanz auch das Hochgericht, ein wichtiges Element der Landeshoheit: auf Schweizer Boden bis 1798 einzig in den Städten Arbon (samt Horn) und Bischofszell. Die Militärhoheit lag dagegen bei der eidgenössischen Landvogtei Thurgau. Zur Abgrenzung von den später erworbenen Reichenauer Gütern wurden die seit dem Mittelalter bestehenden Konstanzer Herrschafts- und Besitzrechte im Thurgau als «altstiftisch» bezeichnet. Neben zahlreichen Einzelgütern und Kirchen verblieben dem Fürstbischof von Konstanz zur Hauptsache grundherrliche Niedergerichtsbarkeiten. Zudem war er im Thurgau der Leibherr mit den meisten Leibeigenen. Im gesamten Fürstbistum gebot er Ende des 18. Jahrhunderts über rund 12'000 meist bäuerliche Untertanen.
Der Fürstbischof von Konstanz gehörte zu den geistlichen Reichsfürsten; eine Verleihung der Regalien ist erstmals 1248 überliefert. Bedeutung verlieh seiner weltlichen Stellung in der frühen Neuzeit, dass er im Reichskreis Schwaben zusammen mit dem Herzog von Württemberg seit 1543 das Kreisausschreibeamt führte, das ihn zum wichtigen Partner für den Kaiser machte. Im Zug der Säkularisation von 1802-1803 fiel das Hochstift gemäss dem Reichsdeputationshauptschluss von 1803 als Ganzes an Baden, das bereits Ende 1802 davon Besitz genommen hatte. Verhandlungen in Schaffhausen führten zum badisch-schweizerischen Staatsvertrag von 1804, der den konstanzischen Besitz links des Rheins per 1. Januar 1805 auf die Kantone Zürich, Schaffhausen, St. Gallen, Aargau und Thurgau übertrug. Diese entschädigten Baden mit 440'000 Gulden und errichteten einen Diözesanfonds von 300'000 Gulden, aus dem zunächst der schweizerische Anteil an den Pensionen des letzten Fürstbischofs Karl Theodor von Dalberg und der Konstanzer Domkapitulare bestritten wurde.