Der am 14.4.1798 geschaffene Verwaltungsbezirk der Helvetischen Republik umfasste die ehemaligen Vogteien B., Leventina, Riviera und Blenio und bestand bis zum 19.2.1803. Mit einer sehr begrenzten Autonomie ausgestattet, war B. nicht nur Interventionen aus dem Ausland ausgesetzt, sondern stand auch unter dem Druck der Konfliktparteien nördlich der Alpen. Wenige Tage nach der Gründung der Kantone B. und Lugano beschloss der helvet. Gr. Rat, sie zu vereinigen. Um nicht den offenen Ausbruch von Konflikten und lokalen Auseinandersetzungen zu provozieren, wurde die Massnahme rückgängig gemacht. Die Leitung des Kantons wurde dem Regierungsstatthalter Giuseppe Antonio Rusconi übergeben, einem Repräsentanten der helvet. Zentralregierung, der mit umfassenden Machtbefugnissen ausgestattet war. Im Okt. 1801 wurde er durch Giacomo Antonio Sacchi abgelöst. Wie in allen Kantonen der Helvet. Republik übernahm eine Verwaltungskammer die Regierungsgewalt. In den Senat entsandte der Kanton zwei, in den Gr. Rat acht Vertreter.
Bei der Mehrheit der Bevölkerung war das neue polit. System unbeliebt. Die Gründe lagen v.a. in der Einführung von direkten Steuern, im obligator. Militärdienst, im Abbau der alten Gemeindestrukturen und in den gegen Klerus und Klöster gerichteten Massnahmen. Die Grundprobleme der Helvet. Republik zeigten sich auch im Kt. B.: in den Kämpfen zwischen Föderalisten und Unitariern und in antifranz. Unruhen, die 1799 in der Leventina ausbrachen. Dazu gesellten sich bei einem Teil der Leventiner sezessionistische, urifreundl. Tendenzen. Der Durchmarsch der franz. und österr.-russ. Truppen, verbunden mit Requisitionen und Einquartierungen, liess das Volk unter schweren Entbehrungen leiden und führte zu einer wachsenden Entfremdung des Tessins von den anderen Landesteilen. 1801 wurde in B. eine "kleine Tagsatzung" (Dietina) einberufen, welche die Vereinigung zwischen den Kt. B. und Lugano beraten sollte; das Projekt scheiterte sowohl aufgrund unüberbrückbarer Differenzen zwischen den beiden Kantonen als auch wegen der polit. Entwicklung auf eidg. Ebene. Die Mediationsakte setzte dem Kt. B. formal ein Ende und machte den Weg frei für die Entstehung des Kt. Tessin.