Seebecken im Zürcher Oberland, das während der letzten Eiszeit (14. Jt. v.Chr.) durch den sich zurückziehenden Linthgletscher geformt wurde (Hoch- und Flachmoore, Birken- und Föhrenbestände als Relikte). Fläche 3 km2, grösste Tiefe 36 m, Einzugsgebiet 40 km2. Der Zufluss erfolgt durch den Kemptnerbach, der Abfluss durch den Aabach, der gemäss der Konzession von 1880 reguliert wird.
Der Pfäffikersee war Teil eines früh besiedelten Raums. Spuren mesolithischer (Silexfunde) und mehrerer neolithischer Ufersiedlungen finden sich in Pfäffikon und Wetzikon, mittel-spätbronzezeitliche Landsiedlungen in Pfäffikon und Kempten, römische Villen in Bürglen und Irgenhausen (2. Jh.), ein Kastell (ca. 370) bei Irgenhausen. Die 965 erwähnte Fischenz gehörte um 1300 den Habsburgern, nach 1452 der Stadt Zürich. Ab ca. 1830 wurde der Pfäffikersee als Stausee für die Spinnereien im Aatal und in Uster genutzt. 1948 samt Umgebung unter kantonalen Natur- und Landschaftsschutz gestellt, wurde das Gebiet 1977 ins entsprechende Bundesinventar aufgenommen. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts ist der Pfäfikersee von Bedeutung als Stausee (Energiegewinnung), Rückhaltebecken, Naturschutz- und Erholungsgebiet (Rundwanderweg, Verbot für Motorboote).