Obwohl die Verfassung an der Wehrpflicht festhält, sieht sie seit 1992 bei Dienstverweigerung anstelle der persönlichen Militärdienstleistung einen nicht-militärischen Ersatzdienst vor. 1903 reichte Pfarrer Paul Pettavel erstmals eine Petition zur Schaffung eines Zivildienstes ein, die der Bundesrat jedoch ablehnte. Auch die 1923 von Leonhard Ragaz, Pierre Cérésole und 40'000 Mitunterzeichnern vorgelegte Petition, die eine um einen Drittel längere Zivildienstpflicht verlangte, scheiterte am Widerstand von Parlament und Bundesrat. Weitere erfolglose Vorstösse folgten, unter anderem der aufgrund der Münchensteiner Initiative 1977 zur Abstimmung gebrachte Vorschlag des Bundesrats für einen gleichwertigen Ersatzdienst, der mit 62,4% Nein-Stimmen verworfen wurde, und 1984 die mit 63,8% Nein-Stimmen abgelehnte sogenannte Tatbeweis-Initiative. Erst die Revision des Militärstrafgesetzes, die sogenannte Barras-Reform, die 1991 in einer Referendumsabstimmung mit 56% Ja-Stimmen angenommen wurde, brachte die Einführung eines Arbeitsdienstes für Dienstverweigerer. Nur ein Jahr später wurde eine auf Helmut Hubacher zurückgehende Eingabe zur Einführung des Zivildienstes durch Verfassungsänderung mit 82,5% Ja-Stimmen gutgeheissen. 1996 traten das Zivildienstgesetz und die Zivildienstverordnung in Kraft.
Der Zivildienst ist keine frei wählbare Alternative zum Militärdienst. Grundvoraussetzung sind die Militärdiensttauglichkeit und die Berufung auf Gewissensgründe. Der Zivildienstleistende absolviert einen anderthalbmal längeren Dienst als ein Militärdienstleistender. Er arbeitet für öffentliche oder gemeinnützige Betriebe und Organisationen im Gesundheits- und Sozialbereich, in der Kulturgütererhaltung, im Umwelt- und Naturschutz, in der Landwirtschaft, im Forstwesen, in der Entwicklungszusammenarbeit und in der Katastrophenhilfe. Ab 1996 wurden jährlich rund 1450 Personen zum Zivildienst zugelassen. Gesuchsteller mussten ihre Gewissensgründe vor der Zulassungskommission darlegen; diese Gewissensprüfung wurde 2009 abgeschafft, worauf die Zahl der Zulassungen deutlich anstieg (2009 6720 Personen). Daraufhin senkte der Bundesrat die Attraktivität des Zivildienstes auf dem Verordnungsweg und die Zulassungen gingen zwischenzeitig wieder zurück (2011 4670 Personen). Bis 2017 wuchs jedoch die Zahl der Zivildienstleistenden wieder kontinuierlich bis auf 6785 Personen an, wobei nicht nur neu Auszuhebende den Zivildienst vorzogen, sondern auch Soldaten nach bestandener Rekrutenschule, Offiziere und Fachspezialisten der Armee (z.B. Ärzte) zum Zivildienst wechselten. So wurden 2017 zum Beispiel 401 Unteroffiziere und 88 Offiziere zum Zivildienst zugelassen. Die zunehmende gesellschaftliche Akzeptanz des Zivildienstes schlug sich auch in der 2019 erfolgten Ablösung der Vollzugsstelle durch das neu geschaffene Bundesamt für Zivildienst (Zivi) nieder.
Um dieser Entwicklung entgegenzuwirken, strebten die bürgerlichen Parteien ab 2017 eine Änderung des Zivildienstgesetzes an. Dem Grundsatz, dass keine freie Wahl zwischen Militär- und zivilem Ersatzdienst besteht, sollten zusätzliche Anforderungen an den von Militärdienstverweigerern aus Gewissensgründen zu leistenden Tatbeweis zu mehr Achtung verhelfen. Durch acht vorgeschlagene Massnahmen wie den Verboten von Hilfsleistungen im Ausland oder von Einsätzen, die einen human-, zahn- oder veterinärmedizinischen Studienabschluss erforderten, sollte der Zivildienst an Attraktivität verlieren und insbesondere der Wechsel von Armeeangehörigen in den Zivildienst erschwert werden. Die Vorlage scheiterte 2020 überraschend in der Schlussabstimmung des Nationalrats.