Der Limmeren- und der Sandbach aus dem Tödigebiet vereinigen sich oberhalb der Pantenbrücke zur Linth. Vor dem Bau des Linthkanals floss sie von Mollis gegen Ziegelbrücke, wo sie sich mit der Maag, dem Abfluss des Walensees, zusammenschloss. In gewundenem, oft wechselndem Lauf erreichte sie als Lindemagus oder Lintmag durch die Linthebene den Tuggenersee, den um 1550 verlandeten Teil des Obersees (oberer Teil des Zürichsees). In den Dörfern des Glarnerlandes diente die Linth Gewerbebetrieben zur Energiegewinnung und als Transportweg, ab Mitte 19. Jahrhundert trieb sie Maschinen der Textilindustrie an. Der zur Römerzeit benutzte Wasserweg Limmat-Zürichsee-Linth-Walensee zählte im Spätmittelalter als Königs- oder Reichswasserstrasse zu den wichtigen Verkehrsverbindungen. 1498 stellten Schwyz, Glarus und Zürich eine Schifffahrtsordnung für den Gütertransport auf. 1532 schlossen sie sich zur Einung der Oberwasserschifffahrt zusammen und betrieben bis 1798 im wöchentlichen Turnus den durch Tarifordnungen geregelten Warentransport. Haupttransportgüter waren Salz, Wein, Eisen vom Gonzen, Tuch, Steine, Kies, Vieh sowie Holz, Käse, Butter und Ziger aus dem Glarnerland. Im Rechnungsjahr 1794-1795 wurden über 1500 t befördert. Mit dem Bau der Eisenbahn 1859-1877 ging der Verkehr auf der Linth zurück, 1937 wurde er eingestellt. Bis zur Linthkorrektion befanden sich die wichtigsten Brücken bei Mollis, Ziegelbrücke und Grinau.
Ab den 1750er Jahren hemmten Sandbänke und Geschiebe der Glarner-Linth den Abfluss der Maag bei Ziegelbrücke. Als es aus klimatischen Gründen zu häufigen Hochwassern kam, stieg der Pegel des Walensees. Weesen und Walenstadt wurden regelmässig überschwemmt, die Linthebene versumpfte, und Malaria bedrohte die Bevölkerung in den Dörfern am Rand der Linthebene. Abhilfe brachte das nationale Werk der Linthkorrektion 1807-1823, basierend auf dem Vorprojekt von 1783 des Berners Andreas Lanz, der als Erster die Linth in den Walensee leiten wollte, um Geschiebe abzulagern. Der Bau wurde vom badischen Ingenieur Johann Gottfried Tulla geplant und von Hans Conrad Escher geleitet. Der Escherkanal (5 km, 1811 eröffnet) leitet die Glarner-Linth in den Walensee und anschliessend durch den Linthkanal (17 km, 1816 eröffnet) zum Zürichsee. Für den Unterhalt sorgte 1862-2003 die eidgenössische Linthkommission mit Sitz in Lachen, seit 2004 regelt ein Konkordat der Kantone Glarus, Schwyz, St. Gallen und Zürich die Zuständigkeiten. Im Mai 1999 und im August 2005 widerstanden die Dämme dem Hochwasser.
Die obere Linthebene wurde während des Zweiten Weltkriegs im Zuge der Anbauschlacht melioriert, die untere bis 1965. Als Teil der Linth-Limmat-Stellung kam der Linthebene 1939-1945 eine militärische Bedeutung zu. Sie hätte überflutet werden können, und in die Linthdämme wurden Infanteriewerke eingebaut.