1.1.1779 Lutzenberg, 2.12.1843 Genf, reformiert, von Lutzenberg. Sohn des Hans Jakob Niederer, Zimmermanns, und der Katharina Jacob. 1814 Rosette Kasthofer. Dorfschule in Lutzenberg, zusätzlich Sprachunterricht in Wolfhalden, 1794-1796 Theologiestudium in Basel. 1798-1800 Pfarrer in Bühler, 1800-1803 in Sennwald. Nach früheren Begegnungen und mehrjährigem Briefwechsel schloss sich Niederer 1803 Johann Heinrich Pestalozzi an; während 14 Jahren arbeitete er in Pestalozzis Instituten in Burgdorf, Münchenbuchsee und Yverdon. Er vermittelte und verteidigte die Anliegen seines Meisters, als dessen Jünger er sich sah; in dieser Zeit entstanden zahlreiche Veröffentlichungen, welche Niederer Anerkennung im Kreis um Pestalozzi und im deutschsprachigen Ausland verschafften (Pädagogik). 1813 erhielt er das Doktorat in Philosophie der Universität Tübingen, 1815 das Ehrendoktorat der Hochschule Giessen. Anhaltende Konflikte und unterschiedliche Auffassungen in Fragen der Institutsleitung führten 1817 zur Trennung von Pestalozzi im Streit, worauf Niederer ans Töchterinstitut seiner Frau wechselte. Er führte in der Folge einen mehrjährigen Prozess gegen Pestalozzi und dessen Mitarbeiter Joseph Schmid. Nach dem Umzug des Töchterinstituts nach Genf 1838 gründete Niederer gemeinsam mit Albert Galeer und anderen in Genf lebenden Deutschschweizern den patriotischen Grütliverein als Diskussionsverein für Handwerksgesellen. Niederer galt bereits zu Lebzeiten als wichtigster Mitarbeiter und Schüler Pestalozzis, der dessen sozialpolitische Auffassungen und pädagogische Erneuerungen philosophisch begründete und gegen Kritik behauptete; eine Reihe von Büchern und Streitschriften belegen die fachliche und sprachliche Gewandtheit des Theologen, Philosophen und Pädagogen.