In der Helvetischen Republik waren die Kommissäre mit ausserordentlichen Vollmachten ausgestattete Abgesandte der Zentralregierung. Sie durften nach französischem Vorbild in den Kompetenzbereich von Zivilbehörden eingreifen und besassen Verfügungsgewalt über militärische Einheiten. In den Verfassungen von 1798 und 1802 war die Institution des Kommissärs nicht verankert. Regierungskommissäre, wie diese Sondergesandten in der Helvetik hiessen, wurden in erster Linie zur Wiederherstellung der helvetischen Staatsordnung eingesetzt. Dies war zum Beispiel während der Aufstandsbewegung 1799 oder während des Stecklikrieges 1802 der Fall. Daneben setzte die helvetische Exekutive die ihr direkt unterstellten Kommissäre für den Verkauf von Nationalgütern, als Verbindungsleute zum französischen Oberkommando in der Helvetischen Republik und für diplomatische Missionen ein. Als Regierungskommissäre wirkten Parlamentarier, Beamte, Offiziere und Regierungsmitglieder.
Die weder in der Mediationsakte von 1803 noch im Bundesvertrag von 1815 vorgesehenen Kommissäre tauchten nach der Helvetik vor allem im Zusammenhang mit eidgenössischen Interventionen auf. In der Mediation ernannte der Landammann der Schweiz, nach 1814 der Vorort oder die Tagsatzung Kommissäre zur Gewährleistung der öffentlichen Ordnung in einzelnen Kantonen, so 1833 in den Trennungswirren in Schwyz und 1845 anlässlich des Freischarenzugs in Luzern. Ausserdem wurden die Kommissäre zur Beilegung von Spannungen zwischen zwei Kantonen oder für diplomatische Verhandlungen mit dem Ausland eingesetzt. Zu Vertretern der Bundesgewalt, welche die kantonale Staatshoheit beschränken konnten und über eidgenössische Truppen verfügten, wurden mehrheitlich Tagsatzungsgesandte bestimmt.
In Artikel 90 der Bundesverfassung (BV) von 1848 wurde die Funktion der eidgenössischen Kommissäre unter Ziffer 6 aufgeführt, jedoch ohne Umschreibung ihrer Befugnisse. Nach 1848 entsandte der Bundesrat Kommissäre in verschiedene Kantone, um seine Asylpolitik durchzusetzen – zum Beispiel 1849 nach Basel oder 1851 nach Genf – oder um nach beschlossener eidgenössischer Intervention nötigenfalls mit einem Militäraufgebot Ruhe und Ordnung wiederherzustellen, so 1856 im Royalistenaufstand in Neuenburg und 1890 nach dem Putsch gegen die Tessiner Regierung. Mandate als Kommissäre übernahmen eidgenössische Parlamentarier, Bundesräte und eidgenössische Offiziere. In der BV von 1874 waren die Kompetenzen zur Einsetzung der Kommissäre nicht ausdrücklich festgehalten. Die Kommandanten der Ordnungsstreitkräfte während des Generalstreiks 1918 wurden, obwohl im Rahmen einer Bundesintervention tätig, nie als Kommissäre bezeichnet. In der BV von 1999 ist zwar nichts über die Befugnisse zur Einsetzung der Kommissäre statuiert, doch besteht ein Recht zur Bundesintervention (Artikel 52, Absatz 2).