Als Akademien bezeichnet man die in den reformierten Städten der Schweiz im 16. Jahrhundert gegründeten höheren Unterrichtsstätten. Die Erste entstand 1525 in Zürich; sie wurde zuerst Prophezey, später Carolinum genannt. Bern errichtete 1528 eine Hohe Schule, Lausanne folgte 1537, während in Genf das Collège (Progymnasium) und die Akademien 1559 gegründet wurden. Der Typus der Akademien beeinflusste den Protestantismus europaweit; es entstanden Akademien in Frankreich, Polen und Ungarn. Alle diese Schulen verfolgten dasselbe Ziel und hatten vergleichbare Strukturen: Sie dienten der Ausbildung von Pfarrern und Magistraten in den klassischen Sprachen, der Philosophie und der Theologie.
Der Begriff Akademie wurde im 18. Jahrhundert allgemein gebräuchlich (mit Ausnahme von Zürich), als sich die Akademien dem Unterricht der Naturwissenschaften und des Rechts öffneten. Sie glichen nun in manchem den Universitäten, vergaben aber keine akademischen Grade, entbehrten gewisser Fakultäten (z.B. der Medizin) und wiesen stärker vereinheitlichte Studiengänge auf. Im 19. Jahrhundert passten sie sich in Struktur und Namen dem neuen Universitätsmodell an, das der theoretischen und experimentellen Forschung mehr Platz einräumte. Diese Veränderungen (Abtrennung des gymnasialen Unterrichts, Schaffung von Fakultäten und Lehrstühlen, Errichtung von Laboratorien usw.) erfolgten entsprechend den lokalen Gegebenheiten. Sie entsprangen in den regenerierten Kantonen insbesonders dem Willen der neuen politischen Eliten, welche Bildung und Wissenschaften institutionell zu stärken suchten. So führte die liberal-radikale Umwälzung zur Gründung der Universitäten in Zürich (1833) und Bern (1834). In der französischen Schweiz fand dieser Wandel – gleichzeitig mit der Eingliederung der medizinischen Fakultäten – später statt: in Genf 1873, in Lausanne 1890. Die 1838 in Neuenburg gegründete Akademie wurde 1848 geschlossen, 1866 wieder eröffnet und 1909 zur Universität erweitert.