Der Religionsunterricht an den Schulen verstand sich – als konfessionell-kirchlicher Unterricht – während Jahrhunderten als Vermittler des Christentums, seiner wesentlichen Traditionen und wichtiger Formen christlichen Lebens, als Ergänzung familialer religiöser Erziehung durch geplante Erfahrungs- und Lernprozesse. Bemerkenswerte gesellschaftliche Veränderungen in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts (Globalisierung, Multikulturalität und religiöser Pluralismus) führten auch in der Schweiz neben oder sogar anstelle konfessioneller und interkonfessioneller Formen zu einem Religionsunterricht als Religionskunde im Rahmen von Sammelfächern wie zum Beispiel im Kanton Bern, wo Ethik und Religion als Teil des Fachs Natur-Mensch-Mitwelt fungieren. Die Gefahr eines so verstandenen Religionsunterrichts ist es, nur noch über Religion und Religionen zu orientieren, während die Frage nach der Wahrheit, die für jede Religion wesentlich ist, ausgespart bleibt.
Vorläufer des Religionsunterrichts als Schulfach öffentlicher und privater Schulen, die sich als Ort der Vermittlung des christlichen Glaubens einer bestimmten Konfession verstanden, finden sich in den Stifts- und Klosterschulen des Hochmittelalters. In St. Gallen, Einsiedeln, Muri (AG), Zürich (Gross- und Fraumünster), Luzern und Solothurn legten die Geistlichen Wert auf die Tradierung des Glaubens, die Einführung in das Verständnis der Bibel und die Ausbildung zur Mitwirkung im Gottesdienst der zum Priesterberuf bestimmten Schüler, andererseits auf das antike Bildungsgut und dessen Bedeutung für das Christentum. Auch in den städtischen Latein- und volkssprachigen Schulen des Spätmittelalters (z.B. in Basel, Genf, Freiburg, Thun) wurde der Glaube durch Auswendiglernen eingeprägt, ausserdem sollten die Zöglinge zur gottesdienstlichen Mitwirkung befähigt werden. Noch in der Reformation führte der Verlust kultureller Tradierung des Glaubens innerhalb einer einzigen Kirche zur systematischen Unterweisung der Schüler mithilfe eines neuen Mediums, des Katechismus. Wichtige Lehrbücher waren jene von Leo Jud in Zürich, Kaspar Megander und Abraham Musculus in Bern sowie Johannes Calvin in Genf. Gegen Ende des 16. Jahrhunderts war im Gebiet der reformierten Schweiz der auch ins Französische übersetzte Heidelberger Katechismus weit verbreitet. In den katholischen Landesteilen hatten die Geistlichen ab 1576 in der Christenlehre den "Kleinen Katechismus" des Petrus Canisius zu lehren. Im Übrigen standen in allen Schulen, die einer Kirche angeschlossen waren, bis ins 18. Jahrhundert kirchliche Inhalte im Zentrum. Erst mit der Einführung der allgemeinen Schulpflicht (Primarschule) im ausgehenden 18. Jahrhundert wurde der Religionsunterricht zu einem Schulfach neben anderen. Unter Betonung konfessioneller Abgrenzung fügte er sich in einen Fächerkanon ein, der die Religion – ungeachtet ihrer weiterhin zentralen Bedeutung – in den Dienst der jeweiligen Obrigkeit stellte, obwohl die Schulaufsicht den Pfarrern oblag.
Die politischen Ereignisse von 1798 stellten einen Bruch dar. Die Helvetische Republik übernahm Schule und Kulturförderung in eigener Regie und verkündete die unbeschränkte Kultusfreiheit. Der Aufklärung verpflichtet, setzte sich die Schule zum Ziel, ohne Betonung der Religion alle Kräfte im Menschen zu entwickeln. Der Religionsunterricht diente nicht mehr direkt dem Schulzweck, sondern galt als Sache der Konfessionen. Auch nach der Reintegration in den Schulunterricht um 1830 blieb er in vielen Kantonen als religiös-sittliche Erziehung zwischen Schule und Kirche bestehen. Letztere eröffnete für jüngere Kinder Sonntagsschulen. In der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts war der Religionsunterricht vor allem in den katholischen Kantonen, welche die Möglichkeit eines überkonfessionellen Unterrichts bestritten, streng konfessionell organisiert. Die weitere Entwicklung war durch die Auseinandersetzungen zwischen konfessionellem und überkonfessionell-christlichem Religionsunterricht geprägt. Überall trat neben das Auswendiglernen die Besprechung von religiösen Themen mit Rücksicht auf das Auffassungsvermögen der Schüler.
Im 20. Jahrhundert bildeten sich vier Typen von Religionsunterricht heraus, die bis heute das Bild bestimmen: ein konfessioneller Religionsunterricht ausserhalb des Lehrplans, aber zum Teil in den Räumen der Schule (z.B. in Genf), ein konfessioneller Religionsunterricht im Rahmen des schulischen Lehrkanons, aber in kirchlicher Verantwortung (z.B. in Graubünden, Basel-Landschaft und den katholischen Kantonen), ein konfessioneller Religionsunterricht in gemeinsamer Verantwortung von Kirche und Schule (z.B. im Wallis, in St. Gallen) und ein überkonfessioneller christlicher Religionsunterricht unter Einschluss von konfessionell-kooperativen Versuchen. Alle Typen sind aus verfassungsrechtlichen Gründen (Artikel 15 Absatz 4 der Bundesverfassung) nicht obligatorisch. Abgesehen davon gibt es seit dem Ende des 20. Jahrhunderts in zahlreichen Gemeinden Religionsunterricht unterschiedlichen Zuschnitts. Zu Beginn des 21. Jahrhunderts wurde in der Westschweiz (ausser in Genf und Neuenburg) das Lehrmittel der Gesellschaft Enseignement biblique et interreligieux romand (Enbiro) eingeführt. Die katholische Kirche und auch einige reformierte Kantonalkirchen haben über den Sakramentenunterricht und den traditionellen Konfirmandenunterricht (Konfirmation und Firmung) hinaus eigene Angebote religiöser Bildung und Erziehung ab dem 1. Schuljahr entwickelt, um eine kirchliche Sozialisation zu gewährleisten.